馬麒不甚知文，沉靜寡言，善觀風色，能隨機應變，小心謹慎，不輕舉妄動，動則務期有成。又善於使用知識分子，重大舉措，得幕僚之力甚多。
一、始據青海
馬麒之據有青海，頗費心機。
民國初造，袁世凱委趙惟熙為甘肅都督，李鏡清為甘肅臨時議會議長。斯時政局混亂，擁有實力的人物，均乘機攀附，爭地爭權。馬麒時為馬安良精銳西軍的幫統，尚難獨樹一幟，但其雄心勃勃，意在一逞。適值西寧總兵張定邦調職，遺缺尚懸。繼任者起先屬意於馬福祥，馬福祥以服製未滿，不得蒞任。馬麒見機，請馬安良保舉自己，馬安良即代之向趙惟熙說項。但李鏡清以馬安良驕縱跋扈，薦舉非人；又，寧夏人民正控告馬麒在寧夏燒殺淫掠之罪行，李鏡清主持正義，堅持查辦。遂形成李與馬安良、馬麒之間的尖銳對立。馬安良的精銳西軍駐於蘭州，一時謠言紛起，危及李鏡清的安全。後來，李鏡清聽從劉爾炘的勸告，暫回臨洮原籍，以避其鋒。不料在馬安良指使下，馬麒弟兄陰使馬同（曾任精銳西軍管帶）及兵痞數人喬裝到臨洮，身懷利刃，於7月17日深夜，潛入李宅，直撲李鏡清寢室，李急起身抽刀格鬥，終以寡不敵眾，死於亂刃之下，年僅41歲。馬同等截取李的右手返蘭向馬麒複命。事發之後，隴上為之震動。省臨時議會立即推舉議員李步瀛專程赴北京，向袁世凱控告馬安良、馬麒。李慷慨陳詞，聲淚俱下，使袁世凱亦為之動容，但袁正在籠絡地方實力派以實現其奸謀異誌，不肯主持公道，徒以溫詞搪塞而已。李步瀛不得要領，黯然返甘，避居於青海民和縣川口故裏。為民伸張正義的李鏡清就這樣白白被害，查辦馬家兄弟之事亦不了了之。
趙惟熙以西寧鎮遺缺不能久懸，又屬意於忠武軍統領周務學，但周無力納賄，無代價豈能成事？故仍不得決定。馬麒轉托甘肅巡警道賴恩培為之疏通，並派馬麟星夜馳赴拉卜楞寺，向寺主四世嘉木樣的管家李宗哲借得金佛及黃金共二百兩之數，向趙惟熙行賄；同時央請督署科長黎丹從中協助。趙惟熙遂於1912年8月21日任馬麒為西寧鎮總兵。馬麒如願以償，於9月20日率部進駐西寧。
青海地域遼闊，當時約計82萬平方公裏，但經濟文化落後，且權力不集中，行政不統一。東部湟水流域曆史上開發較早，為農業區，設有縣治，但同時存在世襲的土司製。其餘地方，則是由王公統治的蒙旗製度和由部落頭人統治的藏族千百戶製度。清朝時期，除設總兵主軍以外，亦設海東道及青海辦事大臣署主政。但實際是沿襲曆代的羈縻政策，不似內地府縣統治之嚴格。民國初建，改稱青海辦事長官署，長官仍為清時之大臣滿人廉興。總兵馬麒到來，負有統兵守土之責，卻無推行政令之權，這使他不甘於心。於是，他一方麵積極擴充軍隊，壯大實力，以為基礎；另一方麵則設法攫取行政權。
馬麒從擴大其在蒙藏上層中的影響著手。青海每年7月15日有個祭祀青海的大典。原來早在唐玄宗時，即封青海湖神為廣闊公，此後每年秋祀，曆代沿襲不改，清朝更為重視。這種祭祀在民間有很大影響，也實際是上層人物之間相互交往、商洽的一個機會。馬麒即以新任總兵的身份，陪同廉興主持這一大典，並借機對蒙古王公、藏族千百戶極盡拉攏之能事，具備緞匹、茯茶、羊隻等各色禮物，分別饋贈，勉慰有加。大典之後，向袁世凱電稱，此次大典“宣布中央德意，使與祭王公，鹹曉然於民國共和之宗旨”，表示對袁“率屬以景從”。又令李乃棻多次到蘭州，向先後主甘的張炳華、張廣建等大量饋送厚禮。張等禮物到手，即巧立名目，設置青海蒙番宣慰使，1914年呈準袁世凱，委馬麒兼任此職。
但西寧辦事長官總是馬麒攫取行政權的障礙，所以馬麒又積極倒廉。廉興於1914年在西寧設立皮毛公估局，規定凡銷售毛皮畜產品，均須經該局估價，方能出售，該局從中抽取5％的稅率，此事引起牧區蒙藏人民的不滿。又，廉興與清朝陝西巡撫升允有姻親關係（其長女為升允之侄媳），升允於辛亥革命之際與民軍頑抗失敗後，逃匿於廉興處。馬麒即指使蒙藏族王公、千百戶和商業巨擘李耀庭等，赴蘭州督府控告廉興窩藏清室餘孽升允，設皮毛公估局籌措軍費，圖謀不軌（其實升允來西寧時，馬麒也曾前往拜見）。由於張廣建的暗中支持，北京政府命令將廉興先行革職，即解遞蘭州訊辦。1915年10月，又命令將西寧辦事長官予以裁撤，同時改西寧鎮總兵為甘邊寧海鎮守使，任馬麒為鎮守使兼青海蒙番宣慰使，至此，馬麒將青海的軍政大權統一於自己之手。此後，他上靠袁、張更緊，袁世凱稱帝時，他追隨張廣建之後，上表勸進，因此得袁的封賜，授予五等勳位、一等車騎都尉世職，封銳威將軍，獎以一等文虎章。
馬麒的幕府中，有一個“智囊團”，其特點是，任用漢人而避用回人，任用皋蘭、西寧和外省士紳而避用河州同鄉。主要人物有黎丹、周希武、朱繡、李乃棻等，還有黃文浚、朱炳、趙從懿、餘人、明人、魏敷澤、魯秉周、張勤中、李士澄、李鍾美、姚鈞等。