雙方部隊過處，百姓飽受劫難。馮安邦在臨潭舊城，槍斃從河州前來避難的門宦頭目數十人，燒房數十家。元月17日在長拉麻川村落，燒殺居民老幼1000餘人。兵火之後，臨潭縣長魏錫周又勾結藏民首領，對回民橫加壓迫，激起回民馬尕喜順率眾起而反抗。國民軍李鬆昆部前來鎮壓。5月，李鬆昆部擊敗馬尕喜順，將聚在清真寺未逃出的回民，不分良莠，悉數殺掉，並放火燒寺。7月初，以軍事平定，進行“招撫”，假令召集逃出的難民回莊，齊集舊城，聽候點名，全被騙至西門，以18人為1串，押出南門，全部活埋於預先挖好的13個大坑之內，悽慘景象，不堪言狀。馬仲英、韓進祿自隴西、天水敗退後，馬仲英又攻渭源城不克，即在鍬峪鄉、官堡南邊的喬家溝等地大肆濫殺。昔日所發之禁令已置諸腦後。王占林部道經岷縣顆馱村時，派人向堡中要糧，堡中見其人少，拖而不給。一青年開槍打死王占林士兵1人，王占林立即指揮部隊將堡攻開，燒殺1天，堡中80多戶無一人幸免。馬應彪未久投降國民軍，在定西改編，後又叛變，乘虛入隴西縣城及漳縣縣城，搶掠財物甚多。路過山岔鎮時，也因堡內人民發槍抗拒，一怒攻破堡寨，殺得雞犬不留。
拉卜楞寺有省保安大隊100多人，駐守於山上的碉堡中。拉卜楞保安司令黃正清的藏軍則防守於寺院內，當地政府機關單位和回漢紳商以及一些群眾也入寺院躲藏。馬仲英部眾於2月初到來，即向保安大隊猛攻，該隊僅逃出十幾人，其餘被打死。旋攻拉卜楞寺，甘加藏兵來援，亦被馬仲英部包圍，相持一天多。夏河回、漢紳商出麵調停，馬仲英首肯，但馬廷賢要報家眷被劫之仇，不肯罷手，提出與黃正清會麵。原來，馬麒、馬麟與拉卜楞寺為敵時，屬於馬海晏這一係的馬廷勷、馬廷賢兄弟都曾同情、支持過拉卜楞寺，黃正清與馬仲英也是相識，但此時黃不肯出麵，即佯作會麵準備，拖延時刻，馬部即放鬆包圍，黃正清趁機率部撤走。馬仲英等到深夜不見黃來會麵，非常氣憤，下令燒殺。賴有夏河回民紳商向“二馬”叩頭，並陳述夏河回、藏相處甚好，不能開釁結怨。適國民軍李鬆昆部將至，馬仲英倉皇率部退向青海同仁縣境。
六、湟源屠城
當馬仲英部在拉卜楞寺時，同仁縣保安鎮人民即風聞馬仲英即將來到，群情惶恐，不知所措。一個開飯館的回民馬七三出主意，聚眾籌措馬匹牛羊，準備迎接。有位當事者寫下一段文字，記錄了馬仲英進入保安時的具體情況，抄錄如下：
這時馬仲英的部隊，已開始進入保安鎮，他們穿戴著藏民或活佛等的紅黃色長短皮衣和皮帽，騎著馬和騾子，也有些人結隊成群，牽著騾馬，馱著行李及搶得的衣服、氈毯、野牲皮張等類，看來，成員複雜，實為烏合之眾，官兵無從分辨，前擁後擠，蜂擁而來。部隊行列每經過百數十騎，就有舉著大“馬”字的旗號一麵或兩麵，群眾夾道歡迎了七八個小時，始終未見到馬仲英之麵。後來有人說：“司令早已進城。”大家吃了一驚，隻得趕快返回鎮內當麵歡迎。終於在街上見到了馬仲英，當即呈獻馬匹、羊隻等禮物，但馬拒絕不收，我們隻得帶著恐懼的心情，各自分散回家了。我一到家中，看到我家全院房屋，已作為馬仲英的司令部，家人早移住於鄰舍。當晚我們為了略盡東道之誼，就冒險謁見馬仲英，看到他和他的弟弟馬仲傑坐在屋裏休息，所著衣服破爛，猶如一般士兵。另一房內，還有兩個洮岷兩州的小足姑娘，年約十六七歲，後詢之隨從人員，說是“司令太太”。他的參謀長、副官三十餘人，亦分駐各房間，院中係有新疆大馬四匹，聽說他的部屬以這四匹大馬的搭鞍不搭鞍，作為預覘開拔與否的標誌。門口、門道和房頂等處，都有警衛布哨，非親信者，不讓進門。每隔一小時，就有偵探報告情況，看來通訊偵察工作相當嚴密。這一晚據說馬仲英幾次更換房間，以免發生意外，可見他心神不安，疑慮多端，而白天黑夜，都一律戒嚴。
馬仲英的司令部是如此森嚴靜謐，但保安鎮及其周圍十餘華裏則是：
連日搜查民間槍支、馬匹、財物和糧食飼料等……其間到處發生吊打勒索情事……竟使群眾多年積存的一點財力，頓時劫掠一空。凡房屋比較整潔的人家……於搶劫之後，分別逮捕，逼追財物，大半被綁捆懸梁，橫遭毒打，一時號呼哀鳴之聲，遍於保安一帶。而馬仲英則置若罔聞，熟視無睹。