行軍元帥楊廣統帥下遊五路，他率領韓擒虎、賀若弼專攻建康，命王世積與燕榮為左右翼協攻江西、三吳。楊廣率軍出六合，廬州總管韓擒虎出廬，吳州總管賀若弼出廣陵，三路集中圍攻建康。
蘄州刺史王世積率舟師出蘄春攻九江掩護楊廣主力。青州總管燕榮率舟師出東海沿海迂回南下入太湖，以奇襲吳縣，深入三吳以支援楊廣主力軍。
589年正月初一，隋將賀若弼乘長江濃霧和陳叔寶正歡慶春節之機，自廣陵即今江蘇揚州，率軍秘密渡江。此前，由於賀若弼曾多次以假象誤敵，所以未被陳軍重視。正月初四，陳叔寶才下詔抗擊，但已為時過晚。
賀若弼攻占重鎮京口即今江蘇鎮江，擒陳南徐州刺史黃恪，分兵再占曲阿即今江蘇丹陽以阻三吳地區增援建康。
韓擒虎攻占姑孰，即今安徽當塗後，與賀若弼夾攻建康。這時的隋軍主力也相繼渡江，最後形成了大軍合圍建康之勢。
與此同時，隋將王世積軍大敗陳將紀瑱於蘄口，即今湖北蘄春境，當地陳軍先後請降。燕榮軍也自海上進入太湖。當時上遊陳軍已被楊素、楊俊軍阻斷，建康以外陳軍無法東援建康，這就更進一步創造了建康之戰的有利條件。
589年正月二十，陳叔寶在“兵久不決，令人腹煩”的情況下，對賀若弼軍發動白土崗之戰。他倉促地派魯廣達、任忠、樊毅、孔範與蕭摩訶率軍出戰，於白土崗南北列長蛇陣10千米，首尾進退互不相知。
賀若弼軍集中兵力，攻破薄弱的孔範軍。陳軍全線潰退，賀若弼從建康宮城的北掖門攻入台城。
韓擒虎軍占領秦淮河南岸石子岡，即今江蘇南京雨花台後，陳將任忠請降，開北岸朱雀門迎韓擒虎入城。
當時陳叔寶身邊大臣隻有尚書左仆射袁憲一人。袁憲建議莊嚴地向隋軍投降，但陳叔寶畏懼而不從，與愛妃張麗華、孔貴人躲到枯井裏麵。最後被韓擒虎俘虜，立國30多年的陳國滅亡。
建康被隋軍攻下後，南朝陳尚領有長江中遊、三吳與嶺南地區。589年正月二十二，楊廣進入建康，命令陳叔寶發令招降各地陳軍投降。堅守江夏的周羅睺、陳慧紀與守備長江中遊諸城的守將陸續投降，三吳、會稽等地不願意歸附隋朝者，被楊廣率軍消滅。
建康之戰，結束了自東晉十六國以來270多年分裂割據、戰亂不止的局麵，使中華大地重新統一。這是隋文帝對我國曆史發展作出的重大貢獻。