大田至仙居必經上峰山，山南是一狹長穀地，便於伏擊敵人。戚繼光先敵人到達上峰嶺，令每人執鬆枝一束隱蔽身體，嚴陣待敵。倭寇列10千米長隊向仙居方向行進。
戚家軍待倭寇進入伏擊圈，鳥銃齊發，並列成一頭兩翼一尾陣，居高臨下，勇猛衝殺。倭寇措手不及，倉皇應戰，當即有數百人繳械投降。餘倭被迫退至白水洋朱家大院，被戚家軍全部殲滅。
5月15日，戚家軍又取得了藤嶺戰鬥的勝利。5月20日，消滅了竄犯寧海以北團前、團後占據長沙之倭寇。從四月下旬開始，戚家軍以少敵眾，在一個多月的時間裏連續取得了新河、花街、上峰嶺、藤嶺、長沙等戰鬥的勝利，消滅倭寇數千人，使侵犯台州的倭寇遭到毀滅性的打擊。
倭寇竄犯寧波、溫州，戚家軍和其他明軍配合，全殲倭賊，此後，倭寇未再大規模進犯台州地區，浙江的倭患基本平息。浙江倭患平息後，倭寇紛紛南下騷擾福建，福建成為倭患中心。
1562年7月，戚繼光被派往福建剿倭。他入閩碰到的第一個倭巢是橫嶼，這是福建寧德縣城東北海中的一個小島，島上倭寇有數千人，盤踞數年，明軍無可奈何。
戚繼光決心攻拔這一據點。他讓士兵每人拿一束草，隨進隨用草填泥，士兵擺成鴛鴦陣，戚親自擊鼓，士兵在戰鼓聲中踏草前進。
上岸後，兵士奮勇當先，與倭寇展開激戰。後續部隊也涉過泥灘，雙方夾擊，亂了敵倭的陣勢，很快占領了倭巢，並將其焚毀。此戰取得了入閩抗倭的第一次勝利。
橫嶼之戰後，戚家軍在寧德稍作休整，便向福清挺進，相繼攻拔福清境內的數個倭穴。8月29日抵達福清城，9月2日於福清牛田大敗倭寇，大部殲滅。
9月13日，奇襲盤踞林墩的倭賊，消滅了興化一帶的倭賊。10月間，戚家軍班師回浙江，從事休整和補充兵員，以俟再戰。
戚繼光回浙後，倭寇又大肆劫掠福建沿海，攻陷興化府城，在城中燒無惡不作，盤踞兩個多月才棄空城退出，經岐頭攻陷平海衛，以此為巢，四出騷擾。
福建再次麵臨倭患的威脅。明政府調新任福建總兵俞大猷和先期援閩的廣東總兵劉顯與戚繼光一道抗擊閩倭。
1563年4月，戚繼光抵達福建，立即查看倭巢地形。在攻擊平海衛倭寇的戰鬥中，戚家軍為中軍，擔任正麵進攻，俞大猷為右軍，劉顯為左軍，從兩翼配合攻擊。
4月21日，戚家軍以一部為前導分兵三路，以火器打亂倭賊前鋒騎兵，乘勢發動猛攻，兩翼部隊投入戰鬥。倭寇三麵受敵，狼狽竄回老巢。三路明軍乘勝追擊，將敵人圍困巢中，並用火攻，蕩平了倭巢。
平海衛之戰後，戚繼光又率部消滅了原侵擾政和、壽寧的倭寇。隨後，又相繼大敗倭寇於仙遊城下、同安王倉坪和漳浦蔡不嶺，斬獲頗多。至此，福建倭患基本平定。此外，戚繼光與俞大猷配合，殲滅了廣東的倭寇。
至此，明東南沿海抗倭之戰取得了最後勝利。戚繼光率領戚家軍實現了他的滅倭誌向。在剿倭戰爭中，戚繼光與士兵同甘共苦，嚴格要求士兵不準擾害百姓，做到兵民相體。在戰略戰術上，攻其無備，出其不意，進攻重集中兵力打殲滅戰，防禦重積極主動而不是機械地死守，在防禦中伺機反攻。創造了獨樹一幟的“鴛鴦陣”，發揮集體互助、長短兵器結合的機動、靈活、嚴密的作戰力量，有效地打擊敵人。這是戚家軍屢敗倭寇的重要原因，也是戚繼光和戚家軍留給後人的一份寶貴財富。