嚴禁誣拿無辜之人。鬆花江上泛舟之後，兵部議複巡查采參官兵給賞定例，同意“視緝獲多寡，分別議敘”。康熙則認為，“甚為允當”。但“恐非係采參之人，妄有拘執，奪其資財，俾孑身采捕他物者，無故罹害”。於是，令補議條款：“巡蹤章京兵丁，誣拿無辜之人，將章京革職，兵丁枷號兩個月，鞭一百。”若趁機奪取財物者，章京不僅被革職，而且要交與刑部議罪，兵丁再多枷號一個月。從而保證了那些經過批準發給信票的打牲、采集等正常生產活動不受幹擾。
改革官員補授辦法。同年五月初四日，康熙結束為期七十九天的東巡。之後，仍繼續解決在東北發現的種種問題。從前盛京看守陵寢及山海關等處城守章京員缺，俱令其子弟頂補，後停止此例，改由京師補授。這次東巡發現，章京員缺盡從京師補授辦法頗有欠缺，不僅新官闔家北遷，路途遙遠，往返艱難，視為畏途；其前任章京所遺孤孀將房屋田地交給所補之員，生活無依，困苦日甚。因此，康熙於五月初十諭戶、兵、工三部：“嗣後盛京看守陵寢及山海關等處城守章京員缺，不必要自京補授，著於伊等子弟內，令該將軍選擇賢能者，具題引見頂補，以免其往返遷移之苦。倘伊等子弟無人堪用，別有補授發往之員，可另撥田廬給與，其前任章京田房仍行留給，不必掣出，令其孤孀得所。”不久，適值從北京所補的奉天副都統查庫拒不赴任，康熙給查庫以革職處分，提升剛從參領提為昭陵總管的佟寶為奉天副都統。後來又提升佟寶為護軍統領、黑龍江將軍等高級職務。官員補授辦法的改革，出於康熙對官員及其家屬的關心，有助於培養選拔東北地方官員；田廬產業的得以保留，使國有旗地逐漸向私產演變，鼓勵駐防東北的八旗官兵世代安居，建設東北。
革除兵丁部分差徭。康熙至吉林地方訪詢軍民疾苦，見兵丁役重差繁，勞苦至極。回京之日，已降特旨糾正。五月十九日，再諭寧古塔將軍巴海、副都統薩布素、瓦禮祜等，具體規定如下：1.停止最妨農事、徒勞人力之尋捕鷹鸇窩雛之役；2.八月放鷹、寒冬尋覓山雞，人馬勞頓，亦行停止；3.圍獵講武不可無時，並且必須關心貧人，分給其獵獲物，不可時加責罰，不得被狂獸誤傷；4.停止打鱘鰉等魚差役。康熙還特別告誡將軍以下各級官員，體恤兵丁，時加憐憫，鼓勵農業生產。他說，“吉林烏喇田地米糧甚為緊要，農事有誤，關係非細，宜勸勉之，使勤耕種”。
在廣為整頓東北軍政事務的同時，康熙通過與俄國的長期交往，深感沒有強大的武裝，不建立鞏固的邊防，不經過激烈的戰爭，是不可能讓俄國輕易地放棄侵略，撤出中國領土的。同時，他也清醒地認識到：中俄兩國都是實力雄厚的大國，不可能用軍事力量彼此壓服。在初期的軍事鬥爭後，必將通過和平談判，劃定兩國的邊界線，才能最終解決疆界問題，保持長期的和平。因此，康熙帝在東北地區巡視考察後，從實際出發製訂了軍事鬥爭、外交談判和充實邊防三者並舉的戰略方針，並在這一大政方針的指導下製訂了周密的計劃，進行了細致的準備工作。
（一）建立軍事基地，駐兵屯田