1939年9月1日的早報則競相報道所謂“波蘭誌願人員和上西裏西亞叛亂分子”襲擊靠近邊界的德國格萊維茨廣播電台的消息。實際上，襲擊行動是納粹黨衛隊保安處的特工人員炮製的。
納粹德國發動侵略戰爭後，最高統帥部在作戰部設有國防軍宣傳處，負責軍事新聞檢查和編發國防軍公報。在整個戰爭時期，戈培爾都力圖把國防軍宣傳處變為國民教育與宣傳部的職能部門，以便使政治宣傳和軍事宣傳協調起來，但是未能成功。戈培爾與裏賓特洛甫爭奪對外宣傳權的鬥爭也以妥協告終。盡管如此，戈培爾仍竭力利用手中的宣傳工具，為配合法西斯戰爭而鼓噪呐喊，頗具成效。
戈培爾認為廣播是戰爭時期最重要的宣傳工具，演說比寫作更能吸引人心。由“哈哈勳爵”主持的對英廣播節目，在宣傳納粹戰爭政策、影響英國公眾心理方麵是相當成功的。盟國提出法西斯必須無條件投降的原則之後，戈培爾乘機鼓吹德國不是勝利就是毀滅，此外別無選擇。
1940年6月，在德軍侵蘇戰爭之前，戈培爾試圖讓人們相信3個星期或5個星期之內德軍將入侵英國，告誡人們“不要試圖猜測——你們不會猜著，繼續你們的工作。可以肯定，屆時你們將聽到你們必須知道的消息”。
1943年2月2日，德軍在“命運之城”斯大林格勒戰役中慘敗後，戈培爾下令全國娛樂場所關閉3天，在第一天和第三天停止交通1分鍾。
同年2月18日，在柏林體育館裏，聚集了15000萬精選的聽眾，戈培爾發表著名的煽動性演說《論總體戰》。演說曆時2小時15分鍾，據稱是納粹領導人在戰爭時期所作的最長的演說。演說直言不諱地以“經過國家社會主義教育和訓練的德國人民能夠承受全部真相”開頭；第一部分不講德軍的敗績而強調“猶太人——布爾什維克”的危險，指明德國勝利的必然性，旨在告誡德國聽眾和其他歐洲國家的聽眾；第二部分則旨在說服德國公眾相信勝利必須通過總體戰來贏得，共有10個結論性問題，其中最重要的是第4個問題“你們想要總體戰嗎？你們想讓戰爭比我們所想象的更具總體性和徹底性嗎？”；演說最後以西奧多·科納的詩句“國家屹立而風暴消失”作為結尾，獲得雷鳴般的掌聲。
演說之後，戈培爾下令關閉柏林的豪華飯店和娛樂場所，裝模作樣地帶頭不用寬敞闊氣的客廳、不上高級茶點，並通過紀錄片大肆宣傳。
戈培爾還經常為希特勒朗誦《腓特烈大帝史》，共同期待第三帝國“時來運轉”。
1944年6月，戈培爾出任德國總體戰動員委員會全權總監。7月20日，德國發生謀殺希特勒事件。戈培爾積極組織鎮壓並及時通過廣播電台發布挫敗謀殺的公告，使奄奄一息的納粹政權又緩過勁來，8月24日，為了挽救第三帝國，戈培爾下達總動員令。
1945年1月，戈培爾出任柏林城防司令，鼓吹焦土政策和毒氣戰，下令槍斃被俘盟軍飛行員，主張固守柏林。4月，戈培爾夫婦遷居總理府地下室。這時，希特勒已決定自殺，並立下遺囑任命鄧裏茲為總統、戈培爾為總理。
戈培爾或許已意識到納粹政權的崩潰，寫下《元首政治遺囑的附錄》，聲稱“要在元首身邊結束我的生命”，“在今後的艱苦歲月裏，樹立榜樣比活著更為重要”。5月1日，戈培爾夫婦先讓黨衛隊員毒死他們的6個孩子，然後讓黨衛隊員從背後開槍——結束了他們的生命。