在唐時東林寺達到極盛，唐太宗時敕賜增修，並號以“太平興龍”寺，極具盛名，被列為中國佛教八大道場之一。極盛時期有殿堂僧舍300餘間，寺僧1000多人，藏經1萬餘冊，四周皆為寺田，轄地約2平方公裏。曆史原因使此寺幾經興廢：宋紹興年間兵毀，明洪武元年複修；清順治、康熙年又毀，清末複修。揚州高僧鑒真東渡日本之前，曾來過東林寺，後偕東林寺僧智恩同渡日本，慧遠的功績和東林淨土宗的教義也隨之傳入日本，至今日本東林教仍以廬山東林寺慧遠為始祖。
東林寺的建築，縱軸線上有山門、彌勒殿、神運寶殿。神運寶殿兩側有三笑堂、十八高賢影堂。三笑堂後有藏經閣、聰明泉、白蓮池、清代文物、碑刻等物。彌勒殿有金麵金身的彌勒像和韋馱像。神運寶殿是主殿，殿堂高大，精雕細鏤，廊腰縵回，簷牙高啄，供有釋迦牟尼、文殊、普賢、阿難、迦葉等塑像。五百羅漢堂，東林寺舊稱五百羅漢閣，宋開寶九年，北宋消滅南唐，曹翰下江州，調發巨艦十餘艘，將東林寺五百鐵羅漢置其上，歸至潁川。現五百羅漢堂為後來重修，重塑的五百羅漢為泥塑，形態各異，眉目傳神。十八高賢影堂，是慧遠與共修淨土的十八位佛教徒結白蓮社誦經的地方，故亦稱“念佛堂”。堂內西壁嵌有劉程之、雷次宗、高僧慧遠、梵僧佛陀跋陀羅等“十八高賢”石刻像，雕塑精細，形象逼真，個性鮮明，神態各異，栩栩如生。東林寺東側屹立著一棵蒼勁挺拔、形如圓蓋的鬆樹，該樹為鬆類生長速度最慢的羅漢鬆，相傳為慧遠手植，至今已有一千六百多年樹齡，曾遭火焚，枯而複榮多次，又名“六朝鬆”，其得名於後人所稱道的“蓮社獨尋千載後，鬆柏猶吞六朝前”的詩句。
一般寺院的主殿稱為大雄寶殿，“大雄”是對佛祖釋迦牟尼的尊稱，但東林寺的主殿稱“神運寶殿”，這是什麼緣故？
相傳慧遠初到廬山西麓時，認為東林寺址在叢林之中各處溪流支漫，無法結廬，打算移到香穀山去結廬，夜裏夢見佛祖相告：“此處幽靜，足以棲佛。”當天夜裏，雷雨交加，山洪暴漲，溪流化為平地，平地冒出一泉眼，佳木建材從泉眼中湧出，於是在這平坦而又有木材的地方蓋起了這座神運殿。
其實這隻是人們編造的美麗傳說，來增加寺院的神秘感而已。東林寺到底是誰建造的呢？
早先，慧遠從師道安時，曾和同學慧永相約，將來同去廣東羅浮山建寺傳道。慧遠為道安所挽留，慧永就先走了。途經潯陽郡，慧永為郡人陶範所留，住在廬山北麵陶範為他建造的西林寺中。慧遠別師過江後，便擬往羅浮山。途中經過潯陽時，慧遠原想約請這位同門弟子一起去羅浮山，結果在慧永的勸說邀請下，慧遠在西林寺旁建了一座“龍泉精舍”，住入修行。眼看著慧遠的名氣越來越大，到龍泉精舍求法的人也越來越多。三年以後，有一天慧永對江州刺史桓伊說：“慧遠弘揚佛法，現在信從他的人越來越多，從四麵八方來到這裏。我住的西林寺也沒有辦法接納這麼多的人，不知您有何高見？”聽了慧永這番話，桓伊心領神會，決定要為慧遠另造一座寺院。又過了二年，一座嶄新的寺院便在西林寺東側落成了，這就是後來名揚全國的東林寺。
·東林寺“神水”之謎
世間有水能生出木材嗎？有水能映出人的聰明才智嗎？有水能聽懂人語嗎？有水能驅使老虎咆哮嗎？有！在東林寺就有一股股這樣的“神水”。
東林寺三笑堂前有一“出木池”，名字讓人覺得怪怪的，為什麼叫“出木池”呢？相傳慧遠興建神運寶殿時所缺棟梁之材，就是從這池中源源不斷地流出來的。在神運寶殿後，在一叢滿目蒼翠的修竹的掩映下，一個1米見方的泉池湧出汩汩細泉，晶瑩清澈，似一股玉漿在淌瀉，又像一串串明珠在滾動，水清甘洌，四季不涸，泉旁的石碑上鐫刻著三個剛勁的隸書大字：聰明泉，它記錄了這樣一個故事：東晉有位荊州刺史殷仲堪，久聞慧遠的大名，在東林寺建成後不久便專程來到廬山東林寺拜訪慧遠法師。慧遠與他一起談論易道，終日不倦。殷仲堪非常敬佩慧遠的才學，連聲誇道：“遠公的學識博大精深，實在是無與倫比。”慧遠對殷仲堪的才識也暗暗心折，聽了這話，順手指著鬆林旁的一處流泉，笑著對他說：“你的辯才就像這流泉一樣，泉湧不絕。”後人就將該泉稱為“聰明泉”，這泉水映射出慧遠大師非凡的才智。唐朝詩人皮日休曾以此為題，作詩道：“一勺如瓊液，將愚擬聖賢。欲知心不變，還似飲貪泉。”
在東林寺文殊閣旁，還有一處“古龍泉”，又名“卓錫泉”。早在東林寺建立以前，古龍泉曾在慧遠龍泉精舍處。當初慧遠在龍泉精舍修行，覺得離水源太遠，非常不便，於是就用手中的卓錫杖敲敲地麵，說道：“我如果與這塊地方有緣，這塊土地就應當出現泉水。”話音剛落，就見清泉汩汩湧起。這年夏天，潯陽一帶久早無雨，慧遠在泉邊誦讀《龍王經》，祈請神龍降雨救災。不一會兒，一條神龍從泉中躍出，頃刻間大雨滂沱，令大旱之年成為豐收之年，這便是“古龍泉”的由來。後其弟子慧安為計時立芙蓉十二葉於泉水中，芙蓉隨波轉動，一晝夜恰好轉動一周，以此分定一天十二時辰，稱之為“蓮花漏”，可惜這一發明後來失傳了。