再一種說法是，當年玄奘取經途中曾困於沙漠，後來得到大雁領引，才找到水源，得以生還。建造這座佛塔是為報答菩薩化身指點迷津的大雁之恩。
還有一種說法和佛祖釋迦牟尼曾化身為鴿救生的佛教故事有關。唐代人習尚雁，通常以雁泛指鳥類，因此得名雁塔。
大雁塔究竟有幾層也是人們爭論不休的一個話題。
玄奘大師最初建造時為五層，這是史料有記載的。但現存為一座七級方塔。大雁塔幾經戰火破壞，又屢次修葺，前後層次有過變化，於是出現了三種不同的看法。
一種說法是，武則天時重修，增高為十層，後經兵火破壞，隻存七層，高六十四米。那麼，何時成為七層的？有人認為在唐玄宗天寶年間大雁塔就是七層，理由是岑參、高適諸人在天寶十一年曾同登大雁塔賦詩，其中岑參詩中這樣描述大雁塔：“四角礙白日，七層摩蒼穹。”
另一種說法是，武則天長安年間，曾用青磚改修成方形樓閣式的七層，登塔攀梯也改成盤道。唐代宗大曆年間，才改建成十層，後經戰火破壞，剩下七層。此說的主要根據，是唐代詩人章八元《題慈恩寺塔》詩：“十層突兀在虛空，四十門開麵麵風。卻怪鳥飛平地上，自驚人語半天中。”章八元是睦州桐廬人，代宗大曆六年進士及第，德宗貞元時曾為句容主簿。章八元生活的時代為中唐，在岑參、高適的盛唐之後。
再有一種觀點認為，大雁塔經武則天時期改建後，一直是一座七層塔，所謂大雁塔曾被改建為十層的說法，乃後人附會臆測出來的，純屬子虛烏有。原因是唐人岑參和章八元的詩句“四角礙白日，七層摩蒼穹”和“十層突兀在虛空，四十門開麵麵風”，前者數字較散，但比較寫實，後者都是整數，讀來上口，頗具律感，就如同杜牧《江南春》詩句“南朝四百八十寺”一樣，其所用數詞應是約數而非實數，不必過於拘泥。從建築學角度看，如果大雁塔由十層減為七層，那麼從現存塔的上下收率來看，若上麵再加三層，最高的一層塔身將很小，整座塔的輪廓會形成一尖錐狀體，這與我國古代一般樓閣式磚塔的形象明顯不符，與我國古代建築層蓋應建得相對舒展、深遠的追求相去很遠。
所謂“古塔十有九斜”，細心觀察，會發現大雁塔竟然也是斜的。經過有關部門的實際測量，發現現在塔身向西的偏離程度竟達到1006.4毫米。這是怎麼回事呢？是在建造時故意造成的還是其他原因呢？難道大雁塔成為中國的“比薩斜塔”了嗎？
據史料記載，早在清代康熙年間就發現大雁塔有傾斜的現象了，1985年傾斜度已達到998毫米，現在更達到1米多一點。經過文物部門和地質部門長達十幾年的研究，大雁塔傾斜之謎的基本情況已經搞清楚：一是古塔自身因素，如材料不夠堅固耐用、塔身結構整體性差以及排水、防水方麵存在問題等因素；二是古塔周圍環境保護存在問題，古塔位於黃土高原的西安地區，該處共有四個漏鬥型的下沉結構，而大雁塔所處的位置剛好在其中一個下沉結構的邊緣，加上周圍群眾打井、挖土和20世紀60年代以來西安地區過量抽取地下水，使承壓水位大幅下降，從而造成了大雁塔地基的不均勻下沉，加速了古塔的傾斜下沉。這種情形與破土動工於1173年的比薩斜塔是不同的，比薩斜塔雖然傾斜已達5.5度，但研究認為，它在建造過程中的長期停工使得鬆軟的土有時間變得堅固。而大雁塔的地質結構以及自身建築材料與比薩斜塔並不相同，包括傾斜度和傾斜方式都不一樣，所以將兩者簡單對比是不合適的。現在經過采取全力搶修等相關措施，大雁塔傾斜的趨勢已經得到緩解。