學術界普遍認為，現在國內外各地寺院供奉的玄奘頂骨舍利是真的，是經得起考證的。相傳玄奘法師的遺骨終葬少陵原是確切的，史書記載：唐麟德元年（664年）二月七日中夜，玄奘圓寂，四月十四日葬於白鹿原。後因唐高宗每日在朝廷上遙望法師墓塔，傷懷不已，於是在總章二年即669年遷玄奘遺骨葬在少陵原，唐中宗追授玄奘諡號“大遍覺”，並在此處建大遍覺寺，現稱興教寺，這有《大唐三藏大遍覺法師塔銘並序》為證。唐僖宗廣明元年即880年，黃巢起義軍攻陷長安，興教寺被毀。寺僧護送玄奘遺骨至終南山紫閣寺安葬。宋太祖端拱年間，金陵天禧寺住持可政大師在終南山發現玄奘頂骨舍利，遂迎請回南京供奉。當時並沒有即刻安葬，至二三十年後才安葬於東崗，明洪武年間，遷至南崗，建三藏塔供養。後連年戰火，塔毀。
1943年，當時的侵華日軍炸毀了江南兵工廠，在天禧寺塔舊址發現廢塔地宮，且出土一石函及眾多陪葬品。石函一側有銘文：“大唐三藏大遍覺法師玄奘頂骨，早年因為黃巢發塔，被長幹演化大師可政從長安傳得，埋葬於此。天聖丁卯二月五日同緣弟子唐文遇、弟子文德、弟子文慶、弟子丁洪審、弟子劉文進、弟子張靄。”另一側的銘文寫著：“玄奘法師頂骨塔，最初在天禧寺的東崗，大明洪武十九年受菩薩戒弟子廣福遷到寺的南崗三塔。”石函出土後，陪葬品被哄搶一空，日寇嚴密封鎖消息，並將玄奘頂骨打碎成多份掠至日本。南京人民知道後非常憤慨，在輿論的強大壓力之下，當時的汪偽政府不得不派人去和日本政府交涉，迫於輿論，日本當局除竊留玄奘頂骨一份外，不得不將其餘部分交給當時的汪精衛政府，供養於南京覆舟山，後一直供養於南京靈穀寺和玄武湖山塔。
20世紀50年代初，日本將其供奉的一部分，奉送給我國台灣省供奉。1957年，印度尼赫魯總理訪華時，經周恩來總理同意，將供奉於天津大悲寺的玄奘頂骨舍利送給印度那爛陀寺玄奘紀念堂；1996年，南京靈穀寺將一份玄奘頂骨舍利送給日本奈良新建的三藏院；1998年，又將一份舍利送台灣省玄奘大學供奉。2000年11月21日，為紀念玄奘誕辰1400周年，西安大慈恩寺從南京靈穀寺迎請回法師頂骨舍利安奉在新建的玄奘三藏院大遍覺堂。至此，世界各地有九處供奉著玄奘法師頂骨舍利。
·頂骨真假之謎
最近又有人認為玄奘頂骨有可能至今仍完整地保存在興教寺玄奘三藏塔內，因為沒有事實或可靠文獻資料可以證明長安興教寺玄奘墓塔靈柩曾被開啟過或遷往他處。
這些人認為：從現有的南京方麵這些最原始的資料來看，有關“玄奘頂骨”的來曆，從一開始就沒有交代清楚，很像是一股無源之水。史書沒有記載玄奘的墓塔在興教寺裏還遷移過別處，而南京地方誌和南京出土的石函上的原始記載說玄奘頂骨舍利得自於長安或長安的紫閣寺。興教寺在今天西安市長安縣城東的少陵原南沿，而紫閣寺在數十公裏外的戶縣境內終南山紫閣峪深處。玄奘頂骨舍利怎麼從興教寺遷移到紫閣寺的，真是黃巢起義的原因以致遷移嗎？地方誌和史書中沒有記載，而史書記載了玄奘大師靈骸從白鹿原遷葬興教寺時的情景，當時曾開棺瞻仰遺體，大家都感到驚歎，法師的遺體埋在地下那麼久，卻是“色相如初”。由此可見，遷葬在興教寺時，玄奘大師的遺體還是完好無損的。此後，興教寺曆經多次維修，在所有的碑、誌中，沒有片言隻語涉及到玄奘塔室被開啟或頂骨遷移到他處的記載。
對於因“黃巢發塔”導致玄奘靈骸整個遷至紫閣寺，天下太平後又複遷回興教寺的說法，專家認為這隻是一種違背原始文獻記載的猜測和推論。一方麵，對這種大事，居然沒有任何原始記載；另一方麵，也沒有證據可以證明黃巢起義軍破壞過玄奘墓塔。當時，長安城內有大慈恩寺塔、大薦福寺塔等七八處佛塔，從未有文獻記載或有傳說提及黃巢發塔的舉動，興教寺遠在郊外，且塔內並無陪葬珍寶，黃巢果真要搜尋金銀珠寶，大可以去發掘帝王陵墓，或者發掘城內的墓塔，不必舍近求遠。
對於一些史料記載的宋朝金陵天禧寺可政和尚在終南山發現玄奘頂骨舍利的說法怎麼解釋呢？專家認為，一種可能是求法者借以顯示求法成果、建立信念、擴大教化的行為，有類於東來傳法僧或西行求法僧從印度帶來諸如佛牙、佛頂骨、各種佛舍利以及佛足供奉的事情。
另一種可能是，誤將玄奘弟子窺基的頂骨當成了玄奘的頂骨。窺基圓寂後初葬地靠近玄奘的靈塔，以後遷至玄奘塔的右邊。在遷移過程中，後人也曾經瞻仰過窺基的遺骸，而傳說中發現玄奘頂骨的紫閣寺正是窺基的叔叔尉遲敬德監修的。這就不排除在遷移窺基靈骸時，其族中人或僧人將其頂骨請歸紫閣寺院裏供奉的可能。這樣，到了宋朝時，才有可政和尚將“窺基頂骨”訛為“玄奘頂骨”的可能。