同時是那個生活不檢點、每天不理朝政的明神宗，在萬曆三大征中，卻是一個寸土必爭、政策導向正確的“英明皇帝”。縱觀整個中國的曆史，也隻有明朝才會出現這樣二元悖逆的情況來。不管我們可以列舉出多少處神宗的劣跡，但不可否認的是，明神宗捍衛了國家統一。
第三節 古怪的模範官僚海瑞
海口的海瑞像
海瑞（1514－1587），回族，今海南瓊山人，字汝賢，自號剛峰。自幼刻苦攻讀詩書，知識淵博。36歲那年，海瑞中舉，由此走上了仕途，初任福建南平教渝，後升浙江淳安和江西興國知縣，隆慶三年（1569）調升右僉都禦史。他懲治貪官，打擊豪強，推行張居正的“一條鞭法”，博得“海青天”之譽。後遭到排擠，閑居16年。萬曆十三年（1585），海瑞被重新起用，先後任南京吏部右侍郎、南京右僉都禦史。在這兩個官職上，海瑞力主嚴懲貪官汙吏，兩年後病死於南京。
海端一生居官清廉，剛直不阿，深得民眾的尊敬與愛戴。黃仁宇在《萬曆十五年》中，認為海瑞是一個“古怪的模範官僚”，海瑞具有“一個有教養的讀書人服務於公眾而犧牲自我的精神”。海瑞的種種作為，在當時的官場上可謂特立獨行。雖然他與當時的朝中官僚做法完全不同，但卻得到了後世人們的認可。
關於海瑞，在人們的記憶中，似乎都是與朝中權貴鬥爭有關，盡管屢次得罪當朝權貴，但他鬥爭的策略卻相當的高明。就在海瑞高中舉人後，他來到了北京城，不久代理南平縣教諭。一位禦史巡視該線學宮，所有的官吏都伏地通名報姓，唯獨海瑞長揖行禮。海瑞認為，禦史如果到了衙門，則下屬官員應該以部屬行禮；到了教書育人的地方，部屬們不該屈身行禮。這是海瑞第一次敢於向當朝的權貴，當然也是自己的頂頭上司不屈身媚上。當他升任淳安知縣後，依舊是穿著布袍、吃粗糧，自家的老仆人種菜自給。海瑞的頂頭上司——總督胡宗憲的兒子路過淳安縣，依仗父親的官位，向驛站裏的官吏發飆，把驛吏倒掛起來。海瑞聽到這個消息後，立即將胡宗憲的兒子捆綁起來，並且沒收了他隨身的金銀入庫。海瑞認為，過去總督巡查各地，總是讓地方官不要太鋪張，此人的行裝豐盛，肯定不是總督的兒子，並讓人騎馬稟告胡宗憲。胡雖然惱恨，卻也無可奈何，並沒有治海瑞的罪。
似乎，海瑞的一生中都在想方設法地與那些弄權的高官們做對。還是在淳安縣的任上，當都禦史鄢懋卿路過淳安縣，看到該縣供應的酒飯十分簡陋，海瑞甚至告訴這位都禦史，淳安縣城狹小，無法容納這麼多車馬，讓鄢懋卿感到十分氣憤。但此時的海瑞早已聲名遠播，鄢懋卿隻能悻悻離開，但卻暗中讓巡鹽禦史袁淳治海瑞的罪。就這樣，雖然海瑞已經被提拔為嘉興通判，卻因此事而被貶為興國判官。後來，海瑞還是被提拔到了戶部任職。而在這個時候，海瑞似乎已經不再是與那些顯貴們鬥爭了，就連當朝的皇帝，他也敢於上書斥責。
嘉靖四十五年二月，身為戶部主事的海瑞上書斥責皇帝荒怠，惹得龍顏大怒，被投入監獄。滿朝文武大臣都覺得海瑞此番肯定是凶多吉少了，但戶部的一位官員窺測出皇帝並沒有要殺海瑞的意思，於是，上書皇帝，請求不殺海瑞。沒想到，嘉靖皇帝察覺後，很是惱火，索性將這位官員一同投入監獄。又沒想到，還沒等嘉靖皇帝處理清楚這個問題，他就一命歸西了。新即位的隆慶皇帝登基後，海瑞得以赦免，官複原職。
但也偶有鬧笑話的時候。海瑞在南京任職期間，曾經要求屬下見他的時候不用低頭。而那些官員們，或許是懾於海瑞的威嚴，見到海瑞後，依舊不敢抬頭。因為下屬們都低頭見他，當海瑞見到一個抬頭正視他的縣令後，竟然在沒有對其才能和資曆進行調查的情況下，就上書向朝廷推薦。海瑞認為，這個人敢於抬頭看自己，就說明此人必定是剛直不阿，肯定是兩袖清風，必然是“強項令”。其實，那位縣令因為年紀大，肚子大，走路很不方便，低頭、抬頭都不容易，卻讓海瑞誤會了。從這件事情來看，海瑞對人的判斷，也有過於主觀之處。不過，這應該與他在官場上的曲高和寡有關。
隆慶三年夏天，海瑞以右金都禦史身份巡撫應天十府。這時候，海青天的威名已經讓那些貪官汙吏聞風喪膽。據說，很多貪官汙吏竟自動辭職了。還有一個有意思的現象，當時的顯貴們把自家大門漆成紅色，所謂朱門如是。但知道海瑞來到這裏任職，他們都把門改成了黑色，不敢張揚，深怕被海瑞抓到把柄，弄不好就是身家性命難保。“海瑞”這兩個字，已經足以讓豪強們膽寒。
明朝中後期，土地兼並十分嚴重。海瑞在其任上，打擊豪強們兼並土地的現象，以安撫黎民百姓。此時，曾經擔任宰輔的徐階罷相後在家中居住，海瑞對他也毫不客氣，大力推行抑製土地兼並的政策。因為海瑞雷厲風行地推行政策，許多豪強躲到外地去，下屬官吏在推行時，也不敢有絲毫的懈怠。但此時卻有很多奸民借機誣告，一些世家大族被誣陷蒙冤，加之，在海瑞的轄區內，所有路過此地的官吏，都得不到很好的供應。這樣，北京的明帝國中央政權得知了這個情況。此時，一些想除掉海瑞的官吏乘機上書，要削弱海瑞的權力。雖然隆慶皇帝並沒有采納，但彈劾海瑞的上書還是讓皇帝有些動搖。海瑞以右金都禦史身份巡撫應天十府才半年，就被調任南京糧儲。而負責吏部的高拱，借機把海瑞的職務並入南京戶部中，海瑞隻得告病退隱。
萬曆初年，推行一條鞭法的張居正主持明帝國的國政。盡管張居正厲行改革，卻也不太喜歡海瑞的酷吏作風。當受張居正之名的巡按禦史到海南海瑞的家中考察他時，海瑞破天荒地殺雞招待他。巡按禦史看到海瑞家中房屋居舍冷清簡陋後，歎息而去。盡管巡按禦史直言海瑞的清廉，但張居正依舊不敢啟用海瑞。當曆史的車輪進入萬曆十二年冬天時，一直主持朝政的張居正去世了，萬曆皇帝非常器重海瑞的聲名，於萬曆十三年正月宣召海瑞為南京右金都禦史。海瑞在上任的途中，又被改為南京吏部右侍郎。此時的海瑞已經過了古稀之年，卻依舊上述勸諫皇帝要勵精圖治，對貪官汙吏刑罰要嚴。由於上書中涉及到針砭朝政的言語，被禦史梅鵑柞彈劾。萬曆皇帝認為，雖然海瑞的言論上有錯，但他對朱明王朝的忠心可昭日月。為了表示自己對海瑞的賞識，萬曆皇帝免去梅鵑柞的俸祿，作為懲罰。兩年後，萬曆十五年（1587）十一月十三日，海瑞在南京都察院右都禦史的任上病逝。當僉都禦史王用汲（他也是海瑞的摯友）前去吊唁時，見海瑞的住所“葛幃敝籝，有寒士所不堪者”。王用汲痛哭流涕，募捐錢財為海瑞下葬。
聽說海青天病逝了，當地百姓們悲痛萬分。當海瑞的靈柩從南京沿水路運回故鄉時，長江兩岸滿是為海瑞送行的普通百姓。一位清官就此離開了人們的視野，而後人以海瑞的種種故事為題材，創作了很多小說。因為，這位明代的清官，與他的前輩一樣，依舊可以說是中國曆史上清官的典範。
第四節 閹黨魏忠賢亂政
魏忠賢
萬曆四十八年（1620），當了48年皇帝的神宗終於入土為安了，時年58歲，留給他子孫的，是一個滿目瘡痍的明朝。八月一日，神宗長子朱常洛即位，改年號為泰昌，是為明光宗。朱常洛即位後，在正直大臣的推動下，進行了一係列拯救萬曆末年弊政的改革：例如填補官缺，發庫銀犒賞軍士，罷免礦監稅使，撥亂反正等等。這些政策使明朝人又一次看到了希望，張居正改革時期的再次崛起似乎就在不遠的前方了。然而好景不長，同年九月一日，光宗因服用大臣所進“紅丸”，猝然去世，年僅39歲。這就是明代曆史上三大疑案之一的“紅丸案”。朱常洛隻做了一個月皇帝，史稱“一月天子”，他是明代在位時間最短的皇帝。朱常洛的暴斃，使他的泰昌年號未能行用，但是他畢竟代表一個時代。為了緬懷那已經開端的新氣象，大臣們決定以萬曆四十八年（1620）八月一日朱常洛正式即位到年底為泰昌元年。
光宗去世後，16歲的朱由校（1621—1627）即位，改元“天啟”，他就是明熹宗。由於光宗在位的時間很短，朱由校還沒來得及被冊立為太子，也就沒能接受朝臣們的諄諄教導，這導致熹宗所受的教育少得可憐。年幼加上文化水平極低，導致他根本不懂政務，對於國家大事也就無從關心。在他執政的時間裏，熹宗更為關心的是他鍾愛的工作――木工。宦官魏忠賢利用熹宗的貪玩荒政，竊取了朝中大權，成為明代曆史上權力最大的宦官。
魏忠賢（1568—1627），原名李進忠，北直隸肅寧縣（今河北肅寧縣）人。他結過婚，妻子姓馮，有個女兒，嫁於楊家。魏忠賢本是一個市井無賴，不識字，但懂得一些武功，左右手均能挽弓，箭法嫻熟。正是這套本事，讓他總是覺得自己懷才不遇。魏忠賢家中貧窮，卻喜歡賭博，萬曆時為賭債所逼，自閹入宮做太監。由於魏忠賢懂得察言觀色，在宮中硬是結交上大太監王安，得其佑庇。但是魏忠賢並不以此為滿足，賭徒的心理促使他向更遠的目標前進。
客氏是北直隸定興（今河北定興縣）人，早年嫁與侯二為妻，18歲入宮後，陰差陽錯地成為了朱由校的乳母。由於魏忠賢身材魁梧，粗通武功，這使得他在眾多文弱的太監中有如鶴立雞群。兩人相見之後一拍即合，結成了假夫妻。此後二人聯手，對朱由校極盡諂媚之能事，引誘其玩樂，深得歡心。朱由校即位不到10天，客氏就被封為奉聖夫人，有了顯赫的名分。她的“丈夫”魏忠賢的出頭之日也就不遠了。沒過多久，魏忠賢被升為司禮監秉筆太監。天啟三年（1623）十二月，魏忠賢受命總督東廠，東廠成為魏忠賢鎮壓異己的工具。通過東廠，魏忠賢完全掌握了大臣們的生殺大權，控製了朝政。他憑借手中的權利胡作非為，把朝政搞得一片混亂。
一、穢亂內廷。熹宗是個“木匠天才”，喜歡刀鋸斧鑿油漆的工作，據說很多工匠都趕不上他的水平。如果他不是生在帝王之家，他肯定是個出色的木匠。即位之後，熹宗更是把木匠工作當成他生活的全部。從早到晚都是在幹木匠活，高興之時經常忘記吃飯睡覺。他曾親自在庭院中造了一座小宮殿，形式仿乾清宮，高不過三四尺，卻曲折微妙，巧奪天工。魏忠賢總是乘他做木工做得全神貫注之時，拿重要的奏章去請他批閱。熹宗正在興頭上，很不耐煩，就命令魏忠賢自己去辦理。這樣，魏忠賢逐漸獨攬了朝政。
魏忠賢利用熹宗假借的權力，在內廷為所欲為，無視朝中禁忌。他在宮中舉行“內操”，挑選、組織宦官操練軍事，炫耀權勢，培植自己的私人武裝。操練的時候，鑼鼓聲響徹皇宮。據說，一個剛出生的皇子因此驚懼而死亡。禦史劉之鳳上疏說：“假如劉瑾擁甲士三千，能束手就擒乎？”劉瑾是明武宗時的宦官，因為權勢太盛被武宗賜死。劉之鳳言外之意就是要熹宗取消內操，以防魏忠賢叛亂。但是熹宗卻聽不進勸告。熹宗張皇後因為憎惡魏忠賢，遭到魏忠賢和客氏的迫害而流產。可見，魏忠賢的權勢已經威脅到最高統治者皇帝和皇後的安全。而熹宗卻並沒有意識到這一點，無怪乎後人評價熹宗說他是“至愚至昧之童蒙”。
二、排除異己，迫害東林黨人。針對魏忠賢的專權亂政，當時正直的士大夫紛紛上疏勸諫，支持魏忠賢的閹黨（由一些沒有骨氣的士大夫組成）把反對魏忠賢的人統稱為東林黨，這些人遭到閹黨的殘酷迫害。天啟四年（1624），魏忠賢遭到楊漣的彈劾，但幸免於難，於是開始大規模迫害鎮壓東林黨人士。天啟五年（1625），魏忠賢借熊廷弼事件，誣陷東林黨的左光鬥、楊漣、周起元、周順昌、繆昌期等人有貪贓之罪，大肆搜捕東林黨人。天啟六年，魏忠賢又殺害了高攀龍、周宗建、黃尊素、李應升等人，東林書院被全部拆毀，講學亦告中止。至此，東林黨被閹黨勢力徹底消滅。東林黨麵對嚴刑拷打，始終沒有向閹黨曲膝，不愧為一代文人的表率。相比之下，閹黨的行為卻為人所不恥，麵對高官顯位、金錢美色的誘惑，他們喪失了做人的良知與正義感，紛紛拜倒在魏忠賢的門下，卑躬屈膝、苟且偷生，充當魏忠賢的馬前卒和劊子手。
三、搜刮民財、廣建生祠。魏忠賢不僅殘酷地排除異己，而且加深了對百姓的剝削，使得民不聊生。魏忠賢的黨羽為了巴結魏忠賢，為他建生祠。祠堂本是為死人建的。為活著的人建祠堂，因而名之為生祠。最先建立生祠的，是浙江巡撫潘汝楨。天啟六年（1626）六月，他與太監李實在杭州西湖邊為魏忠賢建立生祠，這種事情竟然得到了熹宗的批準，而且為之賜名“普德祠”，主持其事的潘汝楨還被升為南京刑部尚書。此例一開，各地官員相繼效尤。除福建外，各省都紛紛建立生祠，木雕魏忠賢像供奉。順天府官員在北京的崇文門內和宣武門外，也建立了魏忠賢祠。更有些人無恥地把建生祠上升到理論高度。國子監生陸萬齡說：“孔子作《春秋》，忠賢作《要典》；孔子誅少正卯，忠賢誅東林。宜建祠國學西，與先聖（孔子）並尊。”陸萬齡竟然把既不忠又不賢的魏忠賢與孔子相比，極盡奉承、諂媚之能事，稍有良知的人都為之汗顏。生祠的修建耗費了大量錢財，所需費用不是取自官府，就是向百姓盤剝所得。建生祠需要土地，或占民田、墓地，或拆民房屋，無人敢阻攔。河南開封建祠時，竟拆毀民房達兩千餘間。在魏忠賢活著的時候，生祠遍地開花，成為一道獨特的“景觀”。
四、製造恐怖、濫施刑罰。魏忠賢自己也知道自己的所作所為得不到正義之士的支持。為了防止他們不斷上疏彈劾自己，魏忠賢利用錦衣衛和東廠監視異己，迫害正義之士。廠衛的主要任務之一是監視官民言行，一旦發現有人說出或作出對魏忠賢不利的言語或舉措，就進行抓捕和拷問，直至被罷官或被處死。魏忠賢為此豢養了廠役數百人，分派到各衙門或民間刺探官民隱事。一些上層人物的隱私，也難逃過廠衛的耳目，如寧國大長公主（明世宗之姐）之子李承恩藏有公主所賜器物，也被發現。工部郎中葉憲祖見內城建魏忠賢生祠，隨口說了一句：“這是天子巡行的路，土偶（魏忠賢像）怎麼能立在這兒呢？”不久葉憲祖就被罷官。廠衛的觸角也滲入到民間。有四人在密室飲酒，一人酒醉後破口大罵，其他三人嚇得沒敢附和。那人還沒罵完，魏忠賢的密探就已破門而入，將四人一並帶走。結果罵人者被淩遲處死，其他三人則得到了賞銀。通過這則故事我們就可以看到魏忠賢對言論的控製已經達到了無孔不入的地步。在這樣的氛圍下，人人自危，道路以目，又哪裏有勇氣反抗魏忠賢？
除了監視人民外，魏忠賢還利用廠衛機構濫施刑罰，尤其是反對自己的東林黨，常常對他們施以極刑，其殘酷程度令人發指。如楊漣入獄後，五日一受審，拶、夾、棍等酷刑一一用於楊漣身上，折磨得他遍體鱗傷，奄奄一息。後來提審時楊漣被折磨得無法坐、立，廠衛就讓人給楊漣帶上鏈鎖把他拖到堂上，讓楊漣躺在地下受審。雖然楊漣始終不屈服，但是仍被矯旨處死在獄中，以土囊壓身，鐵釘貫耳而死。死後七日方允許其家屬領取屍首，隻剩下了幾片血衣，幾根殘骨而已。忠於明朝的楊漣連死後全屍都不能得。
五、廣置黨羽和親信。由於魏忠賢的權勢日盛，許多官僚士大夫為了升官發財或免遭迫害，而投到了魏忠賢的門下，這些人被稱為“閹黨”。天啟五年（1625）以後入閣的大臣，大多是閹黨，如顧秉謙、魏廣微、黃立極、施來鳳、張瑞圖等人。首輔顧秉謙為了自己的前程，在一次家宴中竟然向魏忠賢說：“我想拜你為幹爹，但是害怕你不喜歡有一個白胡子的兒子，所以讓我的小兒子認你為幹爺爺。”拐彎抹角要給魏忠賢當兒子。像顧秉謙這樣的無恥之徒還有很多，所以閹黨如同滾雪球一樣越來越大。隨著閹黨人數的眾多，出現了所謂五虎、五彪、十狗、十孩兒、四十孫等名號，他們都是魏的親信，各有分工。五虎是針對文官而言的，主要是為魏忠賢出謀劃策，包括崔呈秀（兵部尚書兼左都禦史）、田吉（兵部尚書）、吳淳夫（工部尚書）、李夔龍（左副都禦史）、倪文煥（太常卿）。五彪則是針對武官而言的，主要是負責刑獄與殺戮，包括田爾耕（左都督）、許顯純（錦衣衛指揮僉事）、孫雲鶴（東廠理刑官）、楊寰（錦衣衛東司理刑）、崔應元（錦衣衛指揮）。又有吏部尚書周應秋、太仆少卿曹欽程等號為十狗。整個閹黨上自內閣、六部，下至總督、巡撫，遍布中外，一時間明朝成了魏忠賢的天下。
魏忠賢的一手遮天動搖了大明王朝的基礎，偌大一個朱氏天下幾乎都快變成了魏姓，但熹宗卻仍被蒙在鼓裏，還在盡情地玩樂。盛夏之時，他穿上冬裝，模仿明太祖雪夜戎裝巡遊的場麵；有時還扮成宋太祖上台演戲，洋相百出。天啟七年（1627）五月，熹宗在宮中西苑乘船遊玩時，不小心跌入水中，雖被人救起，但落下了病根，同年八月病死。
熹宗在位的七年，是明代曆史上最黑暗的時期。他的去世，對於整個國家來講也許是一件幸事。因為他死後，魏忠賢便失去了靠山。這個為亂明朝七年、罪大惡極的太監即將得到嚴懲。八月，朱由檢即位。十一月，就把魏忠賢貶往鳳陽，不久就命錦衣衛捉拿魏忠賢回京。魏忠賢在阜城得知消息後自縊而死。曾經叱吒一時的魏忠賢就這樣結束了自己的演出。
第五節 知識分子的楷模
顧憲成
楊漣的忠心為國，寧死不屈的形象讓我們永遠記住了他的名字，同時也讓我們熟知了另一個詞彙“東林黨”。東林黨的由來，應該從顧憲成修複東林書院說起。顧憲成（1550—1612），常州無錫（今江蘇無錫）人。萬曆八年（1580）的進士，後官至吏部文選郎中。萬曆二十二年（1594），在“國本”（指冊立太子）之爭中，顧憲成力主冊立神宗長子朱常洛為太子，而神宗則有意立鄭貴妃所生的朱常洵為太子。顧憲成的“頑冥不化”，遭到神宗的記恨。同年，在推舉閣臣時，顧憲成舉薦因擁立朱常洛為太子而被罷免的原首輔王家屏，又與神宗意見相左。神宗老賬舊賬一起算，將顧憲成削去了官籍，貶回家鄉。
萬曆三十二年(1604)，顧憲成在常州知府歐陽東鳳、無錫知縣林宰的資助下，修複宋代楊時講學的東林書院，與高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、於孔兼及於允成等人，講學其中。楊時是宋代大儒程顥、程頤兩兄弟的學生，而著名的理學家朱熹則是楊時的弟子。由二程和朱熹等人創立的儒學體係，被稱為程朱理學，被南宋統治者確立為正統思想，獲得長足的發展。顧憲成重修東林書院的時候，明確地宣布他是講程朱理學的，許多士人慕名前來聽講。更能吸引士人的，則是顧憲成等人對時政的抨擊。顧憲成等人在講學之餘，往往抨擊時政、品評人物，其言論往往影響士人升遷。這種政治性講學活動，形成了廣泛的社會影響。一批江南士紳，在朝在野的各種政治代表人物，一時都聚集在以東林書院為中心的東林士人周圍，東林書院逐漸發展成為一個輿論中心。
盡管如此，以顧憲成為首的東林士人，從不把自己稱為東林黨。中國古代的“黨”一般指“朋黨”，而不是我們現代意義的政黨。所謂“朋黨”，原本指一些人為了私利而互相勾結，朋比為奸；後來泛指士大夫結黨，即結成利益集團。所以“黨”最初是個貶義詞。如孔子就曾在《論語》中說到“君子矜而不爭，群而不黨”，又說“君子周而不比，小人比而不周”。意思是說，君子能夠和睦相處卻不結黨營私，而小人喜歡朋比為奸而不能和睦相處。東林黨的“黨”也是這個意思。東林黨是以魏忠賢為首的閹黨，對以顧憲成為首的東林士人的蔑稱。之所以這樣稱呼，就是企圖用結黨之名對他們進行陷害，因為統治者最憎恨的就是士大夫結黨營私。
萬曆年間，神宗長時間不上朝理政，久居深宮飲酒作樂，政務荒廢，還派遣礦減稅使到地方搜刮民財。東林黨人往往不畏強權，大膽上疏廢除弊政。在“爭國本”事件和以後發生的“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三案中，東林黨人都從維護封建禮製和倫理道德的立場出發，堅決反對立朱常洵為太子，以及反對鄭貴妃、李選侍的幹政，要求嚴厲追查“三案”的幕後主使者。然而並不是所有的官僚士大夫都無條件地支持東林黨的主張，圍繞著爭國本和明宮三案，官僚士大夫階層階級內部出現分歧，形成不同的派別，如“宣黨”、“昆黨”、“齊黨”、“楚黨”、“浙黨”等等，他們並沒有像東林黨那樣鮮明的主張，他們的結合更多意義上是幫派，為了自己的仕途和利益，他們以同鄉之誼相互結交，拉幫結派，完全是為了個人利益而黨同伐異，並沒有什麼是非對錯之分。而所謂的“東林黨”，則是一些政治見解相同、誌同道合的士大夫們組成的團體，盡管他們當中有很多是同籍，但這並不是他們結成團體的主要原因。兩相對比，我們還是把更多的注意力放在東林黨人的身上吧。
天啟初年，東林黨人葉向高、韓爌相繼入閣執政。他們任用一些正直派官員如張問達、趙南星等執掌要害部門，企圖興利除弊，刷新朝政。天啟三年（1623）為官員考察之年，左都禦史趙南星協助吏部尚書張問達，主持京察（考察在京官員），將齊、楚、浙三黨官員亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣等盡行罷黜。當時正值魏忠賢專擅朝政，趙南星等東林官員不與閹黨合作，因而獲得了士人的稱讚。但是，東林黨人以“清流”、“正人君子”自詡，對政見不合者均斥為“邪人”、“邪黨”，甚至直指為閹黨，這起了很壞的影響。被東林排斥的官員，因為心有不甘，加上為了自己的政治前途著想，紛紛投靠閹黨以求自保。這樣以來，東林黨執政後，反而在朝官中日益孤立，而魏忠賢的權勢日盛。為了清除反對派，魏忠賢借三案打擊東林黨，並唆使其黨羽造作《東林黨點將錄》，企圖把東林黨人一網打盡。天啟五年（1625），熹宗下詔，燒毀全國書院。次年，東林書院首遭其災，立即拆毀，東林書院變成一片瓦礫。東林黨人也遭到迫害，楊漣、左光鬥等許多著名的東林人物都慘遭殺害。
明思宗（崇禎帝）繼位後，列舉了魏忠賢十大罪狀，懲治了魏忠賢。天啟七年十二月二十三日，崇禎帝正式下令清查“閹黨逆案”，共計258人被追究了責任。另一方麵，停止對東林黨的迫害，為東林黨人恢複名譽，並詔修東林書院，追封顧憲成為吏部右侍郎，諡號“端文”。但是，因為思宗剛愎自用，親邪佞、遠忠直，憎惡朝臣結黨，所以東林黨並沒有真正受到重用。
東林黨是明朝後期出現的以正直官員、知識分子為主的社會群體。他們關心政治，注重氣節，憤世嫉俗，充滿了“以天下為己任”的救世精神。這種救世精神，繼承了傳統儒家經邦濟世的理念，企圖以儒家思想挽救國家。這對於世風日下的社會風氣，多少起到了振奮人心的作用。他們對於時政的抨擊，對於執政者也具有一定的警示。但是在實際行動中，他們卻不能堅持原則，往往意氣用事，不顧大局，一味黨同伐異、排斥異己，把反對派都視為閹黨，如趙南星在京察時罷黜齊、楚、浙三黨官員，完全是為了公報私仇。一些被東林黨排擠的官員被迫投到魏忠賢的懷抱，從而壯大了閹黨的力量。從這一點來講，明朝的滅亡，東林黨也是難辭其咎的。