公元1851——1864年爆發的太平天國革命，是中國近代史上的重大事件。這期間，江西是太平軍向清朝政府，進行猛烈衝擊的重要地區。地處這個衝擊帶的鄱陽，自公元1853年鹹豐三年，至公元1863年同治二年的十年間，同樣未能幸免戰爭的洗禮。太平軍先後出入鄱陽縣城十次。石門街、肖家嶺、漳田渡等鄱北一帶，成了寸土必爭的地區。左宗棠、鮑超等清朝名將，石達開、韋昌輝、羅大綱等太平軍著名將領，也都參加過鄱陽境內的戰役。而攻陷、收複鄱陽縣城的拉鋸戰，更是屢屢不止。較大規模並給鄱陽造成重創的，是公元1853年鹹豐三年。開始，太平軍圍攻南昌，鄱陽知縣沈衍慶，奉檄率領兵勇救援，鄱陽縣的事務，調樂平知縣李仁元代處理。當時雖值七月，但漲著大水。沈衍慶前腳剛走，隨後謠言四起，風聲鶴唳，說太平軍已經由湖口分兵奪取饒州。於是，沈衍慶星夜趕回鄱陽。這個時候，太平軍果然已從水路，由鄱陽湖直奔而來。為了抵抗太平軍，知府胡正仁防堵西門，知縣沈衍慶防堵高門，代縣事李仁元防堵東門。不想太平軍由北門鳧水攻城。七月十四日，鄱陽終於失守，沈衍慶、李仁元戰死。不久，知府胡正仁招募一批新兵將鄱陽收複，這是第一次。以後又有鹹豐五年正月初四，清總兵趙如勝進攻都昌，駐守的太平軍失敗，退回到鄱陽防守。二十一日，太平軍由建德起兵再次攻陷鄱陽；二月初二，太平軍尚書侯陳等，由都昌突破漳田渡防線進駐鄱陽；鹹豐七年正月二十一、三月十一、六月二十五、先後三次進而複出；鹹豐十一年二月，又有另外一股太平軍，經由古縣渡入駐鄱陽等等。
太平軍的多次光顧，不僅給清朝的饒州府，與鄱陽縣地方政府帶來重創，同時也使鄱陽不少文物古跡，遭受了滅頂之災。據舊《縣誌》記載，鄱陽主要幾大禪林：永福寺、永福寺鍾樓、芝山寺、南天王寺、浮舟寺、薦福寺等，都毀於太平軍。尤其婉惜的是梁朝建造、座落在團林境內的華嚴寺。此外還有上諭亭、府文廟、縣文廟、府城隍廟、縣城隍廟、土地祠、藥王廟、張王廟、康王廟、巡官廟、都昌會館、青陽會館等，也都在鹹豐三年，被到太平軍放火燒毀。據《鄱陽縣誌》民國稿載：“鹹豐癸醜以後，太平軍爭奪縣城，進出十次，其破壞尤為強烈”。鄱陽脫胎漆器老字號“張洪順”創始人張宗琳，因為在漆器店學徒，替老板看店，遭太平軍殺致腳殘的；受太平軍傷害當然不止是張宗琳，所以人們稱太平軍為“長毛”，可能太平軍當時給人們的傷害太大了吧，否則人們不會對他們有此貶責。至於我們現在看到的那些寺廟及古建築，多半都是後來重建的：永福寺是同治四年的建築，規模已經小了不少；浮舟寺為同治六年、薦福寺為同治七年、文廟為同治十一年的重建，芝山寺、南天王寺也都是同治、光緒及以後的建築。
庚子教案是指公元1900年光緒二十六年，在鄱陽發生的火燒天主堂事件。我們知道，基督教與佛教、伊斯蘭教並列為世界三大宗教。基督教崇奉耶穌為教世主，起源於公元一世紀的巴勒斯坦地區，後來分裂為羅馬公教，也就是我們中國人稱作的天主教、正教也稱東正教、新教我們中國人叫它為基督教或耶穌教。
基督教傳入江西在明朝萬曆年間，意大利神父利竇瑪，他從廣州嶺南，沿贛江北上到了南昌進行傳教活動。清朝以後，外國傳教士進入江西的人數增多。到鄱陽最早見史料記載的傳教士，是法國的特雷科萊，他是公元1699年康熙三十八年來到鄱陽的。在鄱陽長達十多年間，完成了《中國陶瓷史》一書的寫作。此後，隨著外國人的傳教活動不斷擴大，特別經過是鴉片戰爭，一批傳教士借著不平等條約，獲得了在中國傳教的特權，肆意進行文化侵略，欺壓中國人民，竊取各種情報，成為帝國主義侵略中國的急先鋒。同治、光緒年間，江西各府縣天主、耶穌兩教，華式、洋式教堂三百多座。鄱陽在鴉片戰爭後不久，有外國傳教士在三條巷邊購買民地，建造了第一座教堂，鹹豐三年此教堂叫太平軍一把火燒掉。當時，江西境內有不少府縣的外國傳教士，吸收惡劣本地人為信徒，組織教會團體，不但進行有活動場所的傳教，而且有的盜買土地，勒索錢財，包庇不法教民，欺壓百姓，侵犯人民利益，釀成了一個又一個的“民教糾紛”，以致引發反抗外國教會勢力壓迫的教案。
鄱陽教案是這樣發生的：光緒二十六年六月，有批新招募的江南自強軍兵勇，過境鄱陽。這批駐紮在北門外關帝廟的新兵，多是山東籍，紀律鬆弛，自由散慢，地方對他們無法管束。六月十五日下午二時許，這些無所事事的新兵，擁至景德寺蘆聖巷的天主堂，一把火將1890年建造的新教堂引燃，大火很快吸引了數以千計的圍觀群眾，人們本來對外國傳教士和教民不滿，一見當兵的燒了天主堂，大家拍手稱快，大聲叫好。這時隻嚇壞了縣太爺陳祥燕，他趕緊將自己的官轎，讓給神甫陶文膳，自己則跟在轎後保護著一路小跑。老百姓看見自己的父母官受此侮辱，更加義憤填膺，怒火中燒。職業道士楊連洪，手撿一塊大石頭，對著陶文膳就砸，結果把陶神甫的頭打破。陳知縣一看事情不妙，一邊左拱右揖求大家息怒，一邊急忙把洋神甫送走，並由縣衙派役星夜送往九江養傷。有人奇怪，縣太爺為什麼對洋神甫卑躬屈膝？原來就在義和團運動提出“扶清滅洋”之後不久，江西總督江坤一與湖廣總督張之洞倆人，曾聯合與洋人簽訂保護教堂的公約，並以最快的速度下達到府縣，嚴令地方各級文武官員，加強保護教堂。