幸運的是，三所大學不必仰賴詩一般的語言獲得團結。北大、清華和南開的曆史相互糾結，錯綜複雜。正如馮友蘭1941年代表北大出席清華周年紀念會時所指出的，“我是北大畢業，現在是清華的文學院長；而北大的文學院長胡適之先生，卻是清華畢業生。”1946年，時任北大校長的胡適注意到，他既是南開的校董，也是全美清華同學會總會長。北大文學院院長（湯用彤）和理學院院長（饒毓泰）都曾是南開教授。北大數學家江澤涵是南開校友，清華校長梅貽琦、教授朱自清也是南開校友[譯注：朱自清畢業於北大]。這種例子舉不勝舉。
三所學校創辦時間不一，發展步伐也不一致，但幾乎有機地聯係在一起。作為中國第一所現代大學，北大是其他院校的基地。清華早期“五霸”中有三位教授出身北大，即劉文典、馮友蘭和朱自清。20世紀20年代，公立大學財務緊張，教師薪資沒有保障，於是許多傑出的學者選擇了經費穩定的南開，當然張伯苓的個人感召力也是一個重要原因。
南開中學躋身中國最優秀的中學行列，它為北大和清華培養了許多教授和學生。南開中學與清華的關係格外緊密。長期以來，南開和清華這兩所大學在足球場和籃球場上旗鼓相當。20年代，南中學生的一大願望就是考入清華。1927年至1928年，清華挖走了一批優秀的南開學者，其中包括曆史學家蔣廷黻、經濟學家蕭遽、生物學家李繼侗及政治學家蕭公權（就職清華之前，蕭公權曾在東北大學和燕京大學任教）。幾乎一夜之間，清華從學者的接收站轉變為輸出地，它派到北大開課的教師，比北大回派到清華授課的還要多。
北大、清華、南開三校除了曆史上的淵源，有些聯大教員還有親屬關係。教授隊伍中有兄弟，如聞一多（中文）和聞家駟（外語），費孝通（社會學）和費青（法學），馮友蘭（哲學）和馮景蘭（地質學），此外不少人有姻親和叔侄關係。這種關係跨越了北大—清華—南開之間的界限，不分學科，有助於將聯大教員變成關係密切的共同體，儼然一個大家族。學生當中，“在大學環境下長大的孩子”也不在少數。一個著名的例子是，未來的諾貝爾物理學獎獲得者楊振寧，他的父親楊武之曾是聯大數學係主任。如果把叔侄甥舅關係考慮在內，我們可以繪製出一個錯綜複雜的親屬關係網，這個網絡更加強了師生之間本已相當緊密的聯係。
共同的戰爭經曆促成了集體意識。聯大師生來自華北校園，而今遠離大都市，安紮在偏遠的昆明，都曾親曆戰火的洗禮，度過艱難貧困的日子。陳岱孫回憶：“警報一響，師生一起跑出去，敵機飛到頭上時，大家一起趴下，過後學生抬頭一看，原來是某某老師，相視一笑。”在這種處境下，以前高高在上不可接近的教師和謙卑馴順的學生前所未有地親近起來。有時，老師和學生一起研究新材料。學生敢於質疑教師，而教師帶著欣賞和尊重予以答複。有時，未經提示，教師發現講授有誤，就趕緊改正。學生之間也互敬互愛，切磋砥礪。
三校聯合優勢互補，使薄弱環節得以加強。例如，清華率先在理科和工科方麵取得卓越成績。通過聘用留美深造歸來的本校畢業生，清華能夠緊跟現代科學發展前沿。1931年蔣夢麟就任北大校長，他為一批研究型教授爭取基金，聘請年輕有為的學者取代能力較差的年長學者（其時中國學術界還沒有終身製），也開始努力發展北大的自然科學。這一時期，北大、清華和北平研究院的科學家聯合開設討論班，以增強學者的團體協作意識。
北大曾在社會科學方麵引領潮流，但在30年代，由於國民黨黨徒的正統觀念的壓製，這些學科漸漸走向衰落。作為一所易受政治左右的國立大學，加上校長蔣夢麟又是忠實的國民黨員，北大不得不向官方學說“投降”，相形之下，清華擁有庚款基金，南開經費獨立，它們都不像北大那樣容易馴服。結果，在社會科學領域，清華和南開開始趕超北大。早在抗戰以前，這三所大學在曆史學界和社會科學領域裏已經是名聲在外了。北大和清華的差別在兩校著名的學術刊物上就有體現。《曆史語言研究所集刊》以北大學者為主力陣容，他們在新文化運動時期顧頡剛和胡適整理國故的基礎上，運用現代曆史學、考古學和文本考證的方法展開研究工作。而清華學者編有《中國近代經濟研究集刊》，1937年更名為《中國社會經濟史集刊》，餘秉權認為這是“中國最早把社會經濟史當做一個專門領域、深入研究的期刊”。南開經濟研究所則致力於探討當時的經濟問題，尋找切實可行的解決方案。
除了在社會科學領域引領風騷，戰前十年清華在人文學科上也是碩果累累。梅貽琦雖然出身電機工程專業，但他與各學科的傑出學者都很有交情。他主持清華校務時，有詩人學者聞一多、中國中古史大師陳寅恪、外交史家和思想評論家蔣廷黻、自成體係的邏輯學家金嶽霖（除了蔣廷黻，其他人後來都到聯大任教）。南開仍以卓越的經濟學和商學研究知名，還開設了化學工程學係（清華所無），為聯大的工學院作出了獨特的貢獻。
三校教員不僅相互補充，而且有重合之處。他們誌同道合，彼此尊敬，使聯大這個學術共同體在昆明自然而然地走向三校曆史上互助協作的頂峰。20世紀30年代中期是這三所高校共性增強差異減弱的交會融合之時，這部分是因為這個時期美國模式在中國教育中占據了主導地位。清華的課程設置和教學作風，與南開大體相似，北大也很讚同。因此，當三校在昆明聯合時，幾乎無人反對這樣的辦學理念：所有本科生在一、二年級都要接受通才教育，然後才能升入高年級接受專業訓練，同時必須通過常規的各種測驗和考試。此外聯大還接納了清華的學術層級製。1937年夏天，北大和清華邁出了曆史性的一步，兩校相約舉行聯合招生考試。盡管這一措施因戰爭爆發而被迫中止，但這種合作的態勢預示了美好的前景。
清華聲譽日隆，影響日著，與其他學校傳統的交相彙合，在政治舞台上也得到了體現。北大學生經常領導愛國運動，但1935—1936年的“一二·九”抗日運動最初是由城外的清華（及相鄰的燕京）發起的。在運動過程中，聯大三校推波助瀾，相互影響，發揮了重要的作用。不過，北大—清華—南開學生之間的競爭關係大約一直持續到1941年，也就是大部分考入聯大的學生在昆明開始他們的大學生活之時。為便於區分，每個學生都有一個以字母打頭的學號：P代表北大，T代表清華，N代表南開，A代表聯大。這種標示延續了昔日的烙印。比如，按學號評分時，T總是排在最前麵，N總是墊底。清華的學術優越感，加上清華師生人多勢眾，使人們以為清華是主辦學校。在昆明入學的許多畢業生至今仍傾向於認為自己是清華校友，而不是聯大校友。北大學生秉承了母校的貴族傳統，絕不認為自己比清華同學遜色，在他們眼裏，清華人隻會死讀書，毫無趣味可言。隻要發覺南開學生不夠紮實的學術功底及虛浮可笑的布爾喬亞做派，北大和清華的學生總有幾分輕視。
盡管存在著這種競爭關係，但1939年有個觀察者在昆明發現聯大相當和睦的一麵：“雖然佩戴著不同的校徽，無時不刻不在爭吵，但他們不至於打架鬥毆。”相比之下，西北聯大一幫人卻“鬥得頭破血流”。
學校高層的融合無間更增加了西南聯大成功的砝碼。要是三位校長都想主導學校的管理，衝突恐怕是無法避免的。南開的張伯苓遠在重慶，有時候他會向位高權重的朋友（包括蔣介石）進言，藉此幫助聯大。而北大校長蔣夢麟甚至早在戰前就對繁瑣的校務興味索然，最終他也去了重慶。作為一名活躍的國民黨黨員（梅貽琦是出於工作需要加入國民黨的），蔣夢麟和其他大學的領導一道，為聯大與政府高層的溝通保駕護航。
這樣，清華校長就成了聯大實際上的主要領導人，但由梅貽琦主持校務，這背後還有一個令人信服的邏輯：清華的教師和學生比另兩校的總和還多。由於擁有庚子賠款，清華不僅能夠維持本校的運轉，還奉獻給聯大。轉移到昆明的大部分圖書和儀器也是清華的。另外，梅貽琦的個人風範使他擔任這一職務成為理所當然之舉。學者風度，溫文爾雅，寡言少語，勤儉節約，民主通達，公正無私，他從一開始就贏得了普遍的尊敬。梅貽琦和他的妻子及四個孩子住在西倉坡一幢房子的樓上，他和兒子祖彥同屋。白飯拌辣椒是他們一家的主食，而普通的菠菜豆腐湯已是相當不錯的待遇了。梅貽琦每天步行上班，把歸他個人使用的汽車讓給了聯大。有一次，為了處理校務，要到成都出差，他放棄了搭乘飛機的便利，不辭辛勞地坐長途郵車回校，為聯大省了兩百元。某年，教育部捐了一筆錢資助聯大學生，梅貽琦卻不允許發給當時同在聯大念書的四個孩子一分錢。當獨生子祖彥自願參軍時，他給予了支持，並為兒子祈福。在處理清華、北大和南開三校關係時，他不偏不倚，堅持一碗水端平：他把工學院清華服務社經營所得作為額外的月薪，發給三校教員。
梅貽琦治校看上去像個道家，奉行無為而治的原則，但實際上，他事無巨細，一絲不苟。他主持聯大常務委員會，其成員包括蔣夢麟和張伯苓或他們的代表及列席的其他學校領導。他審慎而明智地給三校傑出的教授委以學校高層管理職務。常委會在名義上由三校校長組成，實際上由梅貽琦主持，其下設有教務處、訓導處和總務處。教務長最初來自北大（樊際昌），而後出自清華（梅貽琦和潘光旦）。訓導長查良釗與南開頗有淵源。第一任總務長是清華的秘書長沈履。
1941年，鄭天挺取代沈氏，擔任總務長。在聯大校務管理中，鄭天挺是個不可或缺的人物，做了大量鮮為人知的工作。抗戰前，鄭天挺擔任北大秘書長。作為蔣夢麟的得力助手，他擅長處理各種日常事務。而在聯大，鄭天挺職務更多，責任更重。他協助梅貽琦負責具體工作，蔣夢麟缺席時他就成了北大的代表，負責解決各種問題。當學校遇到財政困難，鄭天挺就去銀行取錢發工資，並製定策略應對重慶的指示。每月臨近發放教員糧食津貼時，他派代理人到雲南農村尋購最便宜的大米。同時，他在北大文科研究所指導研究生，還承擔頗受好評的明清史教學任務。
在學院一級，三校之間也謹慎地保持均衡。文學院院長是馮友蘭（清華），法商學院院長先是陳序經（南開），後是周炳琳（北大）。清華理學院、工學院的師資都超過另兩校，所以院長均為清華人。工學院院長是施嘉煬，理學院院長先是吳有訓，後是葉企孫。師範學院院長由南開的黃子堅擔任。在聯大最後的歲月，梅貽琦在北平忙於清華複校，就由北大的傅斯年代理聯大校務。
聯大的行政機構精幹、高效，不養閑職，拒絕冗員。甚至像注冊組這樣重要的部門，也僅靠幾個人運轉。各係係務由係主任負責主持，輔以一兩位助教或助理。夥食由學生自行解決。
教授會由教授和副教授選舉產生，授權處理學校的大政方針，不定期舉行會議。它通常處理迫在眉睫的問題，特別是聯大與重慶政府之間發生嚴重分歧時，譬如，1945年聯大學生發起的“一二·一”運動，就是最有名的例子。教授會每年輪流選出十一名代表，參加校務委員會。校委會成員還包括三位常委、各學院院長、教務長、訓導長和總務長。校委會討論學校的各種重大問題，並製定各項規章製度。其職權為審議學校的預算，決定院係的設立和廢止，頒布實施規章製度，增建校舍添加設備，討論改進校務。