日內瓦的資產階級力量強大，並有過慈溫利的宗教改革，這就為加爾文的宗教改革提供了良好的條件。 1536年，加爾文發表《基督教原理》一書，闡述了他的宗教改革思想。他和路德一樣主張“唯信稱義”和建立“廉價教會”。但他比路德更激進，提出了“先定論”。這種理論認為：上帝的意誌是絕對的和唯一的權威，世間一切都是由神意事先安排好的，並無法改變，上帝從創世時就把人敗。因此，無論是聖禮還是善功，是教皇還是教會，都不能改變上帝對人預定的命運。這就否定了天主教會與教皇存在的意義。
不過，加爾文教並不是一種消極的宿命論，它的核心思想在於他所倡導的是一種行為道德。由於命運是預定的，人無法得知，隻能根據現實生活猜測自己先定的命運。若諸事順利，就是“選民”，反之則是“棄民”。加爾文教的成功契機正在這裏，它使世俗生活成為宗教實踐，同時又使宗教實踐全部化入世俗生活。人們不得不施展才幹，奮鬥拚搏，去證明自己到底是“選民”還是“棄民”。這就給資產階級所致力追求財富的事業提供了一個有力的理論根據。盡管他把資產階級發財致富與勞動人民的貧困苦難說成是上帝先定的旨意，掩蓋了資本主義剝削的秘密，但這套理論使天主教會所有的關於人生前死後的種種罪惡與懲罰的說教徹底失去了意義，否定了舊教對教皇和神職人員的盲目信仰和崇拜，否定了貴族和封建主的特權和高貴血統，具有積極意義。
1541年，加爾文成為日內瓦新教領袖，並在這裏建立了一個政教合一的政權。但新政權對具有進步思想的人也實行種種迫害。著名的西班牙人文主義者塞爾維特本是加爾文的好友，因批判聖經和三位一體說，長期受到羅馬教廷的迫害。但他到了日內瓦後，卻被加爾文處以火刑，所以人們稱加爾文是新教教皇，日內瓦是新教羅馬。
路德教和加爾文教後來在西歐各國得到廣泛傳播。
在荷蘭，路德教和加爾文教在群眾中贏得許多信徒，他們既反對天主教會，又反對西班牙的統治，並以新教作為民族獨立的旗幟，發動了“聖像破壞運動”。以後，又經過幾十年的英勇奮戰，終於在 1581年建立了歐洲曆史上第一個資產階級共和國，這是宗教改革導致社會製度更迭在歐洲的第一範例，是英國資產階級革命的原型。
在法國，加爾文教得到很大的發展，法國 4個人中就有 1人是新教徒。 1559年，法國的 49個加爾文教會召開秘密會議，確認加爾文信條，被稱為“胡格諾派”。此後，胡格諾派雖然受到天主教會的迫害，並在法國爆發了長達 30多年的結束。 1598年，亨利四世為穩固自己的統治，頒布《南特赦令》，確立天主教為法國國教，但他同時宣布給胡格諾派以信仰自由和舉行宗教活動的自由，使新教獲得合法權力。
三、英國的改教運動與清教徒
英國教會改革之起因
亨利八世（ Henry VIII，1491— 1547年）本來是教皇的支持者，當路德發動改教，將七項聖禮簡化為兩項時，亨利八世便寫了一篇攻擊路德的文章，名為《為七項聖禮辯護》（The Seven Sacraments）。不過他支持教皇，似乎是有很重要的政治目標。英國與法國長久處於敵對狀態中，亨利八世要利用教皇的屬靈勢力及西班牙的軍力來支持他，起碼使法國孤立。為了使英國的勢力擴張，他更企圖使他的秘書長吳爾斯（Thomas Wolsey）登上教皇的皇位，吳爾斯當時是英國的紅衣主教。但他這一切的部署都不大成功，其中一個很大的阻力是由西班牙的查理五世來的。這些事雖然與英國的改教沒有直接關係，卻是很重要的背景。
16世紀 30年代，都鐸王朝的國王亨利八世推行了自上而下的宗教改革，使英國建立起了擺脫羅馬教廷控製的民族教會。愛德華六世繼位後，進一步推動宗教改革。以後，雖有瑪利女王的反改革，但伊麗莎白繼位後，又恢複了過去的改革措施，確立了以安立甘宗為國教。不過，英國的國教在教義上采用路德宗和加爾文宗的某些觀點，在組織形式、教會製度和聖事方麵仍保持天主教會的一套，這引起新教徒強烈不滿。他們要求清除國教中的天主教成分，於是發起了以“純潔教會”為目的的清教徒運動。同時，在蘇格蘭因加爾文教不斷發展，這極大地鼓舞了英國“清教徒運動”的發起者，為英國資產階級革命的爆發提供了動力。
四、宗教寬容的確立
發生在 16世紀的宗教改革，打破了歐洲以羅馬教廷為中心的天主教一統的局上的變化，進一步砸碎了天主教會對人們思想的禁錮，使人獲得了較多的自由，使人的個性得到了較高程度的解放，使人煥發了創新精神和生活熱情。所以，在宗教改革比較徹底的國家，其經濟、政治、文化等各個領域都獲得了顯著的發展，為西方向近代化文明的過渡奠定了思想基礎。
宗教改革的發展使天主教會麵臨著嚴重的危機，對此，天主教會采取了許多措施，開展了一場反宗教改革的運動，以加強自己的權威。第一，羅馬教皇保羅三世（ 1534— 1549年）對天主教會本身進行了整頓。他專門成立了一個“九人委員會”，著手整治天主教組織，懲辦貪汙腐化、瀆職和嚴重違反教規的神職人員。第二，接受紅衣主教迦臘法的建議，於 1542年在意大利建立天主教會的“異端法庭”，即“宗教裁判所”，用以對付“異端”分子。這類法庭隨後在許多國家相繼出現。第三，召開宗教會議，研討對策，采取共同行動對付新教。 1545— 1563年間，教會在特蘭托城召開三次宗教會議，宣布一切新教為異端，決不作任何妥協；重申教皇是教會的最高首腦；宣告天主教的教條和儀式是權威的，必須嚴格執行；對出版物建立嚴格的檢查製度，凡不符合天主教思想的作品，一律列為“禁書”；進一步加強宗教裁判所的活動，加緊迫害異端；設立神學院，培訓效忠於天主教的神父。第四，建立耶穌會，這個組織由西班牙貴族、狂熱的天主教徒伊格那提。羅耀拉（ 1491— 1556年）在 1543年創立於巴黎。他仿效軍隊的組織形式和紀律，為耶穌會建立起一套嚴格的章程。會員經過嚴格挑選，並須無條件服從組織紀律，其行為準則是“為了達到目的，可以不擇手段”，所以這個組織特別富於戰鬥力。會員不住寺院，不著僧衣，借助靈活的手段，深入世俗社會各個領域，並千方百計地打入各國和各地區的統治集團內部，可謂上至宮廷，下至民間，無孔不入。與此同時，他們還興辦各種學校，並特別注意培養那些統治階層的子弟。他們還建醫院，辦工廠，經營地產，從事商業活動。他們的勢力甚至還深入到亞洲和美洲，為羅馬教廷的擴張效勞。他們也參與殖民掠奪，充當披著宗教外衣的早期殖民侵略的急先鋒。當然，他們在傳教時也帶去了西方的科學文化成果，如到中國傳教的利瑪竇、南懷仁、湯若望等，這在客觀上促進了東西方耶穌會經過多年發展，用種種方式來擴大天主教會的勢力和影響，使天主教會的反宗教改革取得一定的成功，使一些國家的天主教勢力又重新獲得鞏固。尤其是在德國，導致新教與舊教勢均力敵，由於雙方的矛盾難以解決，最終釀成三十年戰爭。
這場戰爭（ 1618— 1648年）最初是德國諸侯之間、諸侯與皇帝之間的一場內戰，但後來西歐和北歐的一些國家也先後卷入，發展成歐洲曆史上第一次大規模的國際戰爭。這場戰爭除新教諸侯與舊教諸侯、皇帝與諸侯的矛盾外，還有新教國家與舊教國家的矛盾。但宗教紛爭隻是戰爭的原因之一，實質上還有各國的經濟和政治利益的衝突、領土的紛爭以及相互爭霸等，具有複雜的背景。
三十年戰爭的戰場主要是在德國，德國新教諸侯和丹麥、瑞典、法國為一方，並得到荷蘭和英國的支持；德皇和舊教諸侯及西班牙為另一方，並得到教皇的支持。戰爭持續了 30年，最後以法國和瑞典的勝利而告終。
戰爭結束後，交戰雙方於 1648年 10月在威斯特伐裏亞省的兩個城市締結了兩個和約，合稱《威斯特伐裏亞和約》，和約除了使法國和瑞典獲得好處，批準荷蘭脫離西班牙而獨立外，還規定德國境內新舊教地位平等，各邦諸侯在其領地內享有自主權。《威斯特伐裏亞和約》把“教隨國定”這個原則推廣到一切新教教派，以一種法令的形式承認了不同宗教信仰存在的合理性。德國建立統一帝國的最後嚐試以徹底失敗而告終。