一、“天才世紀”的偉大成就
懷疑主義與經驗主義
西方近代民族國家的崛起雖然已經把羅馬教會的世俗權力剝奪得所剩無幾，但是基督教的精神影響無論是在天主教國家還是在新教國家的民眾之中，仍然是巨大的和不可替代的。基督教信仰畢竟已經影響了人們的思想觀念達 1000多年，而且在中世紀具有不可動搖的權威地位，《聖經》和教會所宣傳的那些基本教義，如上帝創世、基督救贖、末日審判、靈魂不死等等，在西方世界中深入人心。盡管在 17世紀西歐的思想領域和實踐領域中出現了—些嶄新的事物，但是基督教信仰及其世界觀仍然是人們的安身立命之本。即使是那些富於懷疑精神的哲學家（如笛卡爾）和強調經驗事實的科學家（如牛頓），仍然不敢（甚至也不想）觸犯基督教的基本教義和信仰。丹皮爾指出： “17世紀中葉所有的合格的科學家與差不多所有的哲學家，都從基督教的觀點去觀察世界，宗教與科學互相敵對的觀念是後來才有的。”在 17世紀，西方文化中尚沒有一種精神力量足以取代基督教信中迅速蔓延的宗教寬容氛圍卻正在催生著一種“叛逆的”新精神力量，這種力量就是科學理性。它在 17世紀以後逐漸生長為西方人精神世界中的新的上帝，對它的崇拜則構成了 18— 20世紀理性主義時代的主旋律。
如果說 15、16世紀是文學和藝術複興的時代，那麼 17世紀則是哲學和科學勃興的時代。懷特海把 17世紀稱為“天才世紀”，並認為現代社會中的人們“一直是依賴 17世紀的天才所提供的觀念財富生活的”。17世紀的時代精神是懷疑主義和經驗主義，普遍的懷疑精神是那個時代所有哲學家和科學家的基本原則，而經驗的方法則是他們共同的出發點。
正如摧毀一種虛偽的道德體係的最便捷的方式就是公開地蔑視一切道德規範一樣，要突破中世紀基督教繁瑣陳舊的形而上學的思想方法，最有效的方式就是普遍懷疑。 17世紀的懷疑主義不同於古希臘的懷疑主義，也不同於後來休謨式的懷疑主義，它的目的不是要否定外在世界的真實性，而是要通過懷疑的手段來砸碎中世紀基督教神學和經院哲學構建起來的虛假世界，從而在確切的經驗事實（外在經驗或內在經驗）和自主判斷的基礎上重建一個真實的世界。就此而言，17世紀的懷疑主義是一種工具性和方法論上的懷疑主義，它的目標恰恰是要確立一個不可懷疑的真實世界。這一點無論是在培根對所謂“四假相”的批判和笛卡爾的普遍懷疑思想中，還是在伽利略、牛頓等人的自然科學體係上，均可以得到有力的證明。
在 17世紀的哲學中，對亞裏士多德的演繹三段式（特別是經院哲學對這種演繹三段式的濫用）的懷疑使得近代經驗論哲學創始人弗朗西斯。培根建立了經驗歸納法，它成為近代實驗科學的重要工具。培根在其代表作《新工具》中宣稱：“我要直接以簡單的感官知覺為起點，另外開拓一條新的準確的通路，讓心靈循以行進。”他認為當下流行的邏輯和概念不僅無助於人們探尋真理，而且還給人類的心靈製造了種種“假相”，因此，“我們必須以堅定的和嚴肅的決心把所有這些東西都棄盡摒絕，使理解力得到徹底的解放和洗滌。”另一方麵，在唯理論哲學奠基者笛卡爾那裏，普遍懷疑精神構成整個哲學賴以建立的首要前提。他為自西，我決不把它當成真的接受。也就是說，要小心避免輕率的判斷和先人之見，除了清楚分明地呈現在我心裏、使我根本無法懷疑的東西以外，不要多放一點別的東西在我的判斷裏。”在《第一哲學沉思集》一書中，笛卡爾進一步強調：由於很久以來我就感覺到我自從幼年時期起就把一大堆錯誤的見解當做真實的接受了過來，而從那時以後我根據一些非常靠不住的原則建立起來的東西都不能不是十分可疑、十分不可靠的。因此我認為，如果我想要在科學上建立起某種堅定可靠、經久不變的東西的話，我就非在我有生之年認真地把我曆來信以為真的一切見解統統清除出去，再從根本上重新開始不可。
笛卡爾正是從這種普遍懷疑的原則出發，根據無可懷疑的內在經驗（“懷疑本身”或“自我意識”），確立了“我思故我在”的哲學第一原理，並在此基礎上建構起他的整個哲學大廈。
新時代的哲學是從培根和笛卡爾那裏開始的。黑格爾評論道：“我們可以借用西塞羅形容蘇格拉底的話來形容培根：他把哲學理論（從天上）帶到了世間的事物裏，帶到了人們的家裏。 ”“從笛卡爾起，我們踏進了一種獨立的哲學：這種哲學明白它自己是獨立地從理性而來的，自我意識是真理的主要環節……在這裏，我們可以說到了自己的家園，可以像一個在驚濤駭浪中長期漂泊之後的船夫一樣，高呼‘陸地’。”培根代表著實驗科學的哲學，這種哲學起源於對客觀世界的感覺，這是“外在的”經驗；笛卡爾代表著自我意識的哲學，這種哲學產生於對理性自我的反省，這是“內在的”經驗。中世紀的經院哲學既無外在經驗也無內在經驗，隻有形而上學；它既不產生實驗科學，也不產生自我意識，僅僅隻有空洞的形式邏輯和神秘的信仰。實驗科學是婀娜多姿的，它體現著哲學的陰柔之美；自我意識是粗獷遒勁的，它體現著哲學的陽剛之美。經院哲學則是被閹割了的哲學，是無性的怪物。哲學隻是從培根和笛卡爾時代才開始了“有性繁殖”，培根哲學和笛卡爾哲學的結合（按照小同方式）產生了迄今為止的一切有價值的哲學。可以說，沒有培根和笛卡爾，就沒有整個西方的近現代哲學。
以理性原則作為基礎的普遍懷疑精神不僅是 17世紀哲學思想的基本特點，然）——對托勒密“地心說”的懷疑開始走向公開化和理直氣壯，使“地心說”最終在伽利略和開普勒那裏得以確立；對蓋侖的動、靜脈血液“漲落說”的懷疑導致了哈維血液循環學說的產生；對經院哲學中的“本質”“形式”等用以說明運動的形而上學概念的懷疑，使牛頓力學中出現了“時間”“空間”“物質”“力”等一係列描述運動的具體的經驗性概念，它們成為經典力學的最基本的概念。這一切自然科學的新成就都建立在與抽象的玄思相對的實驗基礎之上。創建於 1662年的英國皇家學會在其宗旨中強調：“檢驗一切製度、學說、原理、假設、要素、曆史和實驗。對所有見解抱懷疑態度，小心地去判斷它。除非經過詳細的辯論與明確的見證，否則決不接受任何意見，更不去附和它。這些詳細的辯論與明確的見證都是經過真正的實驗歸納而來，這類實驗所得出來的真理是顛撲不破的。”這一宗旨成為當時的科學家們在探究自然奧秘時所自覺遵循的共同原則，從而使 17世紀成為一個經驗主義和實驗科學的時代。
懷疑的目的是為了使思想從經院哲學的種種繁瑣的教條和形而上學概念中擺脫出來，以不可懷疑的經驗事實作為出發點，依照理性的原則獨立地得出結論，然後在此基礎上建立起正確的哲學理論和科學學說。基督教的信條和經院哲學的理論、概念都是建立在超彈性的信仰和形式主義的推理之上的。與此相反，近代哲學和科學卻把經驗作為它們的出發點，這種經驗既包括被培根和經驗論哲學家們當做一切知識的來源的外在經驗（對外物的感覺），也包括被唯理論哲學創始人笛卡爾當做第一哲學出發點的內在經驗（對自我的反省）。在經驗的基礎上，觀察和實驗的方法被確立為最基本的研究方法，理性則被當做判斷一切真假正誤的唯一標準。這樣一種從經驗事實出發、以理性作為確定真理可靠性的唯一準則的做法，成為 17世紀哲學與科學的共同特征。
除了經驗的出發點以外，健全的邏輯演繹也被當做必要的方法和手段。這種邏輯是以歐幾裏得幾何學為範本，以清晰明白而又切實可靠的公理、定理為前提，而且其結論應該與經驗證據保持一致。經驗觀察與邏輯演繹這兩種方法在 17— 18世紀分別被英國經驗論哲學和大陸唯理論哲學所側重，但是對於當時的出：“西方科學的發展是以兩個偉大的成就為基礎，那就是：希臘哲學家發明形式邏輯體係（在歐幾裏得幾何學中），以及通過係統的實驗發現有可能找出因果關係（在文藝複興時期）。”這兩個“偉大的成就”與科學方法在 17世紀的結合，使近代科學得以迅猛發展。
科學理性的勃興
威蘭。杜爾指出：“近代心靈的真正問題並不存在於天主教與新教之間，也不在宗教與文藝複興之間，而是在基督教與啟蒙運動之間。啟蒙運動的時間很難追記清楚，大約是隨弗朗西斯。培根而起始於歐洲，誌在理性、科學與哲學：就像藝術是文藝複興的主調，宗教是宗教改革的靈魂，科學與哲學也就成為啟蒙運動的神。”考慮到中世紀基督教文化的蒙昧狀態，我們可以說，西方文化的現代化是與啟蒙聯係在一起的。這種啟蒙包括兩個方麵，即對人們身處其中的自然界的正確認識以及對人自身的正確認識。在中世紀，自然和人本身都被當做工具或手段，隻有上帝才是目的本身。大自然被看做是一堆不值得留戀的“垃圾”，一切自然現象——風雨雷電、彗星、地震、日月食等等——都被解釋成為——上帝意誌的特殊體現，自然界本身並不具有客觀獨立的規律和秩序。另一方麵，人的理性也遭到貶抑，情感欲望更是被當做魔鬼的誘惑。在近代，對自然秩序和對人的本質的重新發現構成了 17世紀科學、哲學和 18世紀啟蒙運動的主要內容，而西方文化的現代化進程正是由這兩個偉大的發現或啟蒙才真正開始的。
科學家和理性主義者曾大大有助於在整個西方知識分子的心靈中建立兩個相互補充的觀念，這兩個觀念賦予了 18世紀的啟蒙運動一種應付社會變化的行為模式，而這種行為模式在今日世界仍具有推動前進的力量。這兩個觀念是：一、自然秩序的觀念。對於那些無所用心的人來說，宇宙似乎充滿著不規則與混亂，其實，在不規則與混亂的表象之下，自然是有其一定秩序的。二、人類天賦的觀念。這種天賦最好稱為“理性”，不過大多數人的“天賦”常常因為錯誤的傳統教育而隱沒不彰，恢複“天賦”之道，隻要提倡健全的——即理性的——教育就在 17世紀，科學啟蒙的主要內容就是使人們重新認識自然，即摒除一切神學因素的幹擾，從自然現象本身出發，通過經驗的觀察、實驗和邏輯推理，發現自然界的規律和秩序。
從科學理性的發展史來看， 16世紀是萌芽和殉道的時代，它的代表人物是哥白尼和布魯諾； 17世紀是懷疑和發展的時代，它的代表人物是培根、笛卡爾、伽利略、牛頓等人； 18世紀是批判和凱旋的時代，它的代表人物是法國啟蒙思想家。在 16世紀，哥白尼的“日心說”處處受到攻擊，羅馬教會的攻訐就不用說了，即使在新教中，哥白尼也被看做是“一個突然發跡的星相術士”。路德責罵道：“這蠢材想要把天文這門科學全部弄顛倒；但是聖經則告訴我們，約書亞命令太陽靜止下來，沒有命令大地。”加爾文以《舊約。詩篇》中的“世界就堅定，不得動搖”為根據，叫囂道：“有誰膽敢將哥白尼的威信高駕在聖靈的威信之上？”這種以《聖經》作為準則來判定真理的做法，在 17世紀開始受到科學家和哲學家們的普遍懷疑，盡管宗教信仰和種種偏見依然具有強大的勢力，但是科學畢竟在不公開觸犯宗教信條的情況下小心翼翼地發展起來了。
在世俗社會方麵，由於各國統治者相信科學技術的發展會帶來財富和增強國力，所以紛紛對科學持讚許的態度。在君主們的首肯之下，英國皇家學會於 1662年成立，法蘭西學院於 1666年成立。科學家們盡量避免與宗教信仰發生正麵衝突，他們把“目的”“隱質”“形式”“實在”等抽象概念留給神學，而去研究那些最具體和最瑣碎的自然現象。他們避開形而上學這個中世紀的龐然怪物，埋頭於經驗的觀察、實驗和求證工作。 17世紀是科學忍辱負重和委曲求全的時代，為了給科學爭取一席生存和發展之地，科學家們自覺或不自覺地對宗教作出了一些讓步。伽利略迫於教會的壓力在悔過書上簽了字，表示放棄“日心說”，其目的是為了保存實力，以便進一步研究“日心說”和其他科學理論。笛卡爾在用懷疑否定了一切虛妄的信條之後，又從“我思故我在”的第一原理中引出了上帝的存在，為的是用上帝的權威來擔保“清楚明白”的真理標準，並且使物質實體（它是自然科學研究的對象）能夠獲得對於精神實體的獨立性，成為科學馳騁的王國。
了給他的整個機械世界尋找一個具有權威性說服力的起點。牛頓說過：“這個由太陽、行星和彗星構成的最美滿的體係，隻能來自一個全智全能的主宰者的督促和統治。”但是上帝並不參與和幹預機械世界中的運動，他僅僅隻是在最初推了世界一把，然後世界就按照牛頓力學的原理運轉起來。忍辱負重的結果，使得科學迅速成長為頂天立地的巨人，到了 18世紀，羽毛豐滿的科學理性開始掉過頭來對宗教信仰進行全麵的複仇和清算，從而導致了轟轟烈烈的法國啟蒙運動。
17世紀科學領域中所取得的成就可謂琳琅滿目，人類的視野在宏觀和微觀兩個方麵都得到了極大的拓展。伽利略利用透鏡原理製造了望遠鏡去觀察天體，雷汶胡克則製造顯微鏡去觀察微生物；意大利科學家托裏拆利發明了水銀氣壓計，法國科學家帕斯卡則利用氣壓計創立了“氣壓隨高度而遞減”的原理，並且論證了真空的存在；德國天文學家開普勒發現了行星運動的三大定律，荷蘭物理學家惠更斯建立了光的波動說；英國人吉爾伯特證明了地球本身是一個大磁場，哈維則在被加爾文燒死的塞爾維特的啟發下發現了人體的血液循環。在數學方麵，蘇格蘭的耐普爾製定了對數，大大簡化了乘、除法和求平方根的複雜過程，笛卡爾發明了解析幾何，用坐標曲線圖來表示代數方程式，從而把自畢達哥拉斯學說以來彼此分離的代數與幾何重新統一起來。不久以後，牛頓和萊布尼茲又各自獨立地發明了微積分。這些數學上的重大發明為 17世紀物理學和天文學的突破提供了必要的手段。
17世紀最偉大的科學家無疑當數牛頓，他在哥白尼、開普勒、伽利略等人研究的基礎上，提出了天文學的重大定律——萬有引力定律，創立了作為經典力學根基的牛頓運動定律——慣性定律、加速度定律、作用力與反作用力定律，此外他在光學方麵的重大發現奠定了現代光譜分析的基礎。牛頓幾乎涉獵了天文學和物理學的所有領域，他不僅發現了許多具體的自然科學規律，而且還創立了一種基本的世界觀，這就是以力學原理為基礎的機械論世界觀。這種機械論世界觀堅持從經驗事實出發，堅決從科學研究中摒除一切玄奧的形而上學概念，如“目的”“形式”等，把最適宜於進行觀察和實驗的力學原理當做解釋一切自然現象的綱其他許多現象；因為有許多理由使我猜想，這些現象都是和某些力相聯係著的。 ”這種從力學原理出發來解釋一切自然現象的做法使人們把整個宇宙看成是一個具有力學結構和進行機械運動的係統。在 17— 18世紀，這種機械論世界觀取代了基督教的目的論世界觀而成為科學家和知識階層的普遍信念。
17世紀的科學理論雖然沒有對宗教信仰進行公開的批判，但是它卻在宗教信仰依然濃鬱的西方精神世界為自己開辟了一塊綠洲。與 16世紀科學到處受到迫害和四處避難的狀況不同， 17世紀的科學已經有了發表自己見解的陣地。隨著科學“綠洲”的不斷擴大，宗教信仰的領域日益收縮。科學不研究信仰問題，盡管科學家們都承認形而上學的崇高性和至上性，但是他們卻把形而上學束之高閣。形而上學自然是根基，但它卻被深埋於幽暗的地下；物理學和其他科學雖然是從根基中生長出來的，但是它們卻在陽光明媚的大地上盛開著美麗的花朵。上帝屬於崇高聖潔的形而上學，而 17世紀的科學家們卻隻對卑微渺小的自然事物感興趣。牛頓把上帝安排在一個“太上皇”的位置上，他自己的力學原理卻成為自然界的真正主宰。牛頓與上帝分了工，上帝主管世界的設計和創造，牛頓管世界的運行；上帝主宰高貴的精神，牛頓主宰低賤的物質。世界的一切和諧與美以及最高的光榮均歸於上帝，但是自然界卻按照牛頓力學原理做著機械運動，人們高唱讚美詞：
自然和自然律隱沒在黑暗中。上帝說“要有牛頓”，萬物俱成光明。
二、自然神論
雖然在 17世紀下半葉已經出現了宗教寬容的氛圍，但是宗教信仰的影響仍然是無處不在的，在這種情形下，任何公然反對宗教信仰的無神論思想都是難以被社會所容納的。 17世紀充其量隻是一個信仰多元化的時代，而不是一個反信仰的時代；寬容的範圍也僅限於不同的宗教教派之間，尚未擴及到無神論。因此，當神學關於上帝存在的種種證明，但是卻不敢否定上帝存在本身。理性在 17世紀的批判對象是基督教的專製統治，而不是基督教的理論基礎；它的鋒芒所向是人間的教會，而不是天國的上帝。