東北的棉紡織業，原由奉係的奉天紗廠和日商內外棉（金州）、遼陽、大連、營口4廠壟斷。“九·一八”東北淪陷後，奉天的大部分股分為日資鍾淵紡績株式會社所有，日資紗廠的紗機年有增加，到1943年，有日資紗廠11家，紗機48.5萬錠，布機1.05萬台。
日本在華中、華北、東北、和華南淪陷區控製的檄棉紡設備，包括日資紗廠和實行“軍管理”、“委任經營”的華資紗廠，1940年約共有紗錠400萬枚、布機5萬台，相當於抗戰前全國紡織設備的80%以上。另外，有9家位於上海租界的華商紗廠，由於改換國籍和租界的特殊地位，沒有受到戰爭的破壞，也沒有被軍管理或委任經營。這些紗廠在1941年底太平洋戰爭爆發之前經曆了短暫的繁榮和發展。各廠營業興旺，獲利豐厚，老廠擴充，新廠蹭設，由抗戰前的9個廠增加到1941年的20個廠。紗機由34萬餘錠增加到65.7萬餘錠，布機由1700台增加到4760台。但太平洋戰爭爆發後，日軍占領上海租界，租界內申新、永安等改入英美籍的13家華商紗廠也全被日“軍管”。
太平洋戰爭前，華北、華中已有部分軍管廠和委任經營廠發還，另有一部分廠則被強行改為“中日合辦”或被日商強行“收買”。歸還各廠也因華商不敢或不願向日方交涉，大部分仍在日方軍管之下。太平洋戰爭爆發後，日本宣布改組華中產業方針，決定重工業和機械工業由日方主持，輕工業由汪偽政權負責。在這種情況下，軍管紗廠的返還，才比較積極地進行。但經過日本侵略者幾年的掠奪性經營後，返還的紗廠大都破損不堪，有些廠的機器設備和零部件被遷移，不知去向。華商紗廠經過再次浩劫，已經元氣大傷。
日本侵華戰爭期間，中國棉紡織業的最後一次重大劫難是日商紡織公司的“捐獻”廢鐵運動。太平洋戰爭前，日本用的廢鐵全部仰賴美國供給。太平洋戰爭爆發後，美國廢鐵來源斷絕，日本決定與戰爭關係較小或剩餘的機器設備“捐獻”出來，用以製造軍火。在華日商紗廠前後約有100多萬枚紗錠和4500台布機，作為廢鐵捐獻。這其中相當一部分是被日強占的我國紗廠的機器設備。華商紗廠的設備，有許多在委任經營期間被日本移走，戰後尋覓無下落，這些設備可能也是被作為“廢鐵”銷毀了。上述“捐獻”的紗廠設備，相當於當時全國紗廠設備的1／5以上。如果再加上抗戰初期被戰爭毀壞的棉紡織設備，則在日本8年侵華戰爭中，完全被損壞的紗機設備高達250萬錠，占戰前全國棉紡織設備的一半。可見這次戰爭對中國棉紡織工業基礎破壞的慘重程度！
抗日戰爭初期，華中、華北地區先後有9家大中型棉紡織廠遷往西南後方，這對於支持抗戰，促進基礎薄弱的西南地區棉紡織業的發展，有重大的意義。到1944年，四川、雲南、陝西、湖南、貴州等省抗戰後方共有棉紡織廠55家，紗錠31萬枚，織機2825台，另外尚有動力織布廠34家。動力織機3600餘台，使這些地區機器棉紡織業的落後麵貌有所改變。
由於戰時環境和內地交通運輸條件的限製，後方棉紡織業大多分散經營，而且趨於小型化。大廠紡紗機以一二萬錠為常，中小廠多則數千錠，少則數百錠至一二千錠。設備多采用印度葛盧式紗機，後方鐵工廠也能製造。由於原料供應等方麵的原因，各紗廠機器設備開工率都很低，平均隻有40％左右。從1942年開始，國民黨政府在後方實行花紗布管製，對棉花實行統購統銷，對棉紗實行征購、派售，“統購棉花，以花易紗，以紗易布，以布控價”。由於棉價和棉紗加工價過低，嚴重挫傷了棉農和紡紗廠的生產積極性，導致花、紗、布減產，妨礙了棉紡織業的正常發展，影響了軍需民用。而且，花紗布管製政策的實行加劇了吏治的腐敗。管製一開始，各級經辦人員就狼狽為奸，巧立名目，弄虛作假。索賄受賄，並套領棉紗，倒賣黑市高價，加劇了棉紡織品供應的緊張和社會矛盾的激化。
1945年日本投降後，東北地區50％以上的紡織設備被蘇聯拆走。關內各地的棉紡織廠，原日資各廠全部由國民黨政府接收，被日寇強占的華資各廠退還原主。1945年12月，國民黨政府成立中國紡織建設公司(簡稱“紡建”)，負責所接收的棉麻毛紡織企業的經營管理。據統計，該公司接收的棉紡織設備有紗機184.7萬餘錠，線機24.7萬餘錠，織機3.7萬餘台。接收後進行改組歸並，成立了38家棉紡廠、9家毛麻絹紡和針織廠、7家印染廠。