宋元之時，曆史又出現了與三國兩晉南北朝相似的宋遼夏金的分裂時期，在353年的曆史中，其間先出現了北宋西夏的鼎立，後金與南宋的對峙。在這動亂的時代，北方漢族以更大的規模向南方遷徙，特別是靖康之恥後，又經由了南宋與金的對峙，南宋與元的對峙及南宋滅亡等一係列變故，出現了中國曆史上空前絕後的大遷移，影響較大的有：
第一，向廣東的遷移。北宋末年，金兵入汴後，隨宋高宗南逃；南宋末年，元世祖大舉攻宋，江西、湖南等地的漢族人民被迫紛紛舉家人粵。第二，向廣西的遷移。北宋皇佑年間儂智高起兵反宋，狄青領數萬大軍南征，事平後，留下的戍兵“逾兩萬四千人，以四千人屯邕州（今南寧市），兩千人屯宜州（今宜山縣），千人屯賓州（今賓陽縣），五百人屯貴州（今貴港）”。[54]對當地產生了很大的影響。第三，向海南的遷徙。兩宋時，遷入嶺南的漢族有的渡過瓊州海峽而進入今海南島。第四，向福建的遷徙。宋元時，遠離中原，重山阻隔的福建成了人民逃避戰亂的好地方，尤其是南宋時，因其距離南宋的首都比嶺南近得多而遷入便捷。第五，向台灣的遷移。漢族人台的記載，雖然較早，但大批人台卻始於宋元時期。《台灣通史》載：“曆更五代，終及兩宋，中原柏蕩，戰爭未息，漳、泉邊民漸來台灣，而以北港為互市之口，故台灣舊誌有台灣一名北港之語”。[55]
自秦漢以來，中原漢族入主華南後一般就地落籍，很少進行第二次遷徙，進入宋元以後，入粵南雄珠璣巷的漢族揭開了第二次南遷的序幕。南雄珠璣巷位於中原進入廣東的交通要道上，南宋紹興年間，閩、粵、贛、湘邊連年動亂，元軍人粵，閩、粵、贛軍民在雄、韶、虔、汀一帶奮力抵抗，南雄成為中心戰區，加上自然災害頻繁，：“天災地劫，民不堪命，十存四五，憂慮難周”[56]而紛紛南遷。與此同時，人閩聚居在汀州的漢族也開始進行第二次遷徙，遷往廣東梅州者成客家人，遷往潮州的主要是稱為“閩人”的福建人。
以上材料表明：一方麵不同時期遷入華南的漢族與少數民族土著族群發生了互動，極大地影響了少數民族土著族群的經濟文化生活，促進其發展。另一方麵，他們又吸收了華南少數民族土著族群語言及文化的精髓，在不同的地理環境及遷徙來源、遷入時間不同的曆史條件下，至宋之時，其內部又初步形成了相對獨立的若幹不同族群，主要有分布在廣東、廣西東南部的廣府人；福建、廣東梅州的客家人；廣東潮汕地區及雷州半島和海南的福佬人；廣西的平話人；福建福州一帶的福州人；福建泉州、漳州一帶的閩南人；福建莆田、仙遊一帶的興化人；福建建甌、建陽一帶的閩北人；福建沙溪一帶的永安人；兩廣江河上的蛋家人等10個各具語言文化特點的族群，從而基本上構成了華南漢族族群體係。與隋唐前遷入華南的漢族發展情況相比，宋元時華南漢族在曆史的風雨中，在互動和涵化中，其內部發生了深刻的社會文化變遷，從而形成了各具不同文化人類學特征的族群。
明朝之時，遷入華南的漢族以軍籍移民稍具規模。明初，統治者為加強其統治，實行衛所製，衛所駐軍成了許多地方最大的移民集團。此外，鎮壓農民起義後的留守駐軍也構成了不小的勢力。如明時，廣西壯瑤人民發動了八寨起義、古田起義、大藤峽起義，朝廷派大軍圍剿鎮壓，事後留軍戍守。屯田作為漢族移民的主要形式，其規模更大，人口更眾。總之，明清兩朝遷入華南的漢族已呈減弱的態勢，但以廣東南雄珠璣巷漢族移民及福建客家人再次大規模入粵、入桂為主的遷徙則成了這一時期移民的主流，改變了不少地方的族群結構。如現今的賀州地區，鹹豐四年（1854年）時已是“土弱客強”[57]了。再如欽州地區，“雍正初地尚荒而不治，自乾隆以後，外府州縣遷欽者，五倍土著”。[58]至此，華南族群在兩千多年曆史的風風雨雨中，在互動和涵化中，自宋元開始出現的族群認同到明清時基本上宣告完成，廣府人、客家人、福佬人、閩南人、福州人、興化人、桂柳人、平話人、蛋家人等漢族族群都以獨特的方言，別具一格的文化人類學特征而屹立於華南大地；與此同時，通過與漢族族群的多元互動，壯、侗、水、毛南、仫佬、瑤、苗、佘、黎，以及台灣的高山族等少數民族族群也以語言、服飾、婚姻、宗教信仰及其他生活生產習俗等邊界形成有別於其他族群的獨立族群。