《四庫全書》修成後，乾隆帝分別興建了七座藏書樓，它們分別是位於北京皇宮之中的文淵閣、位於北京西郊圓明園的文源閣、承德避暑山莊的文津閣，此外還有位於盛京的文溯閣、江蘇揚州的文彙閣、鎮江金山寺的文宗閣和浙江杭州西湖的文瀾閣。文淵閣是仿照浙江寧波的天一閣所造。早在乾隆三十九年，乾隆帝就開始考慮《四庫全書》的貯藏問題。他意識到要完整妥善地保存這部大型叢書，需要建築專用的藏書樓。他命杭州織造親自前往寧波考察天一閣的建築結構和書架樣式，用尺子丈量，進而繪成標準的圖樣以便效仿。在這些藏書閣中，文津閣和文源閣首先竣工，接著又在宮中修建了文淵閣，隨後沈陽的文彙閣也宣告竣工。這四座皇家藏書樓的建築形式和結構均仿照範氏的天一閣，但也有自己的特色。以文淵閣為例，雖然外觀與天一閣相似，共兩層，但實際上是三層，上下層之間多設一個暗層，以便圖書的保存。其他三閣的形式與文淵閣基本相同。每建一閣，乾隆帝都要親自撰文記述修書的原因和建閣的經過，並刻石立碑。經過裝幀而進入七閣的《四庫全書》都是很精致美觀的。首先全書的抄寫格式是統一的，書頁為“朱絲欄”，用端正的小楷抄寫。用紙也很講究。由於《四庫全書》的篇幅較大，裝幀時對經、史、子、集用不同顏色的絹麵包裝，以便對他們加以識別。此外用四季的顏色來標誌書的不同部類。綠色用來標示經書，紅色用來標示史書，白色或淺色用來標示子書，集書則用黑色或深色來標示。《四庫全書》自進入七閣以後，便與七閣命運與共，乾隆以後，清朝統治開始衰落，內憂外患，《四庫全書》的遭遇，也是多災多難的。七閣藏書都沒有完整地保存下來，大部分遭到不同程度的損毀。
《四庫全書》完成至今的兩百年間，中國曆經多次動亂，多份抄本在戰火中被毀。其中文源閣本在1860年英法聯軍攻占北京、火燒圓明園時被焚毀，文宗、文彙閣本在太平天國運動期間被損毀；杭州文瀾閣藏書樓於1861年在太平軍第二次攻占杭州時倒塌，所藏《四庫全書》散落民間，後由藏書家丁氏兄弟收拾、整理、補抄，才搶救回原書的四分之一，於1881年重新存放入修複後的文瀾閣。文瀾閣本在民國時期又有一次大規模修補活動，目前大部分內容已經恢複。因此《四庫全書》至今隻存3套半，其中文淵閣本原藏北京故宮，後經上海、南京轉運至台灣，現藏於台北故宮博物院（也是迄今保存較為完好的一部）。文溯閣本1922年險些被賣給日本人，現藏於甘肅省圖書館。避暑山莊的文津閣本於1950年調撥到中國國家圖書館，這是目前唯一一套原架原函原書保存的版本。而殘缺的文瀾閣本則藏於浙江省圖書館。