館不久，全國大規模的征書活動已經展開，館內的各項工作也已經正常運行，乾隆帝考慮到《四庫全書》篇幅規模較大，為了方便查閱，因此擷取《四庫全書》書中的精華編寫成《四庫薈要》。《四庫薈要》與《四庫全書》相輔相成、各有所用。表麵上看，乾隆帝編撰《四庫薈要》是為了把所有的重要典籍彙於一處以方便觀看閱覽，但其背後仍有一個鮮為人知的理由。乾隆決定編撰《四庫全書》時年事已高，但仍舊野心勃勃，欲撰寫成一部中國曆史上前所未有的大型叢書，以淩駕於前代帝王之上。乾隆知自己命不長久，想盡早看到修書的成果，於是下令編寫了這部《四庫全書薈要》。
乾隆帝任命四庫總管於敏中、王繼華專門負責《四庫全書薈要》的編輯工作。《四庫全書薈要》的編寫機構，基本上由校對官組成，另外還有一名總校兼編撰官。《四庫全書薈要》的工作人員中大都是四庫的館臣，可以說，《四庫全書薈要》編輯處，實際上是由四庫館臣臨時組成的一個分支機構。
從提名錄的情況來看，四庫薈要處提名錄也僅僅是反映了當時參與編撰人員的大致情況，有很多曾在此任職的官員未被提名。如四庫總館臣於敏中雖然被乾隆帝委以重任，但未被提名，此外參與校對的分校和總校的人員有近一半人榜上無名。由此可見，四庫全書薈要處的實際組織機構比我們想象的要大得多。
四庫全書薈要處的總裁大臣們按照乾隆帝的意旨製定了《四庫全書薈要》的選編宗旨，即“於《四庫全書》中取其優醇者，務在簡而能賅，寧缺毋濫”，以“擷著述之精華，作藝林之珍秘”。總裁大臣們根據這一標準，對收入《四庫全書薈要》的各類書籍進行了精密的篩選。
經部。首先列入經部首選的是清朝曆代皇帝“禦纂”“禦注”“欽定”的各種書籍和十三經注疏，其他的則按照以下幾個原則進行篩選。
第一，比較注重反映經學源流的著作。我國經曆了漫長的封建社會，在封建社會裏，經學也幾經變遷，流派不一，立說也各不相同。《薈要》主要選錄反映經學源流和各個不同派別的著作。第二，注重選取有代表性的著作。由於受統治階級的推崇和扶持，經學在封建社會得到畸形的發展，各種解經書籍如滿天繁星、數不勝數。四庫館臣在選取書籍時，非常注重書籍的代表性。以小學為例，作為經書的副產品，小學隨著經學的發展也繁榮起來，各種字書、韻書一類的著作數量巨大。第三，崇尚實證。麵對經學中長期存在的漢、宋兩大學術派別，《薈要》館臣本著不偏不倚的公正態度，但事實上，在書籍的選錄過程中，卻明顯地出現了各種摒棄空疏、崇尚實證的傾向。如有關《詩經》的研究，館臣們認為，“《詩》必先明山川方域而後能辨士風”，“他如鳥獸草木，悉之多識，期間音訓同異，尤於經義攸關”，因而《薈要》要特別開設“專論地理”和“專論名物”兩個子目，收錄《詩地理考》《詩集傳名物抄》等著作。如在研究《三禮》方麵著作的時候，館臣們則特別偏重於選擇能夠詮釋名物典製的書籍。他們認為宋代儒學在注釋《禮》的時候，多推求文句和闡發義理，但對訓詁製度研究得不夠。漢代的儒學離我們並不遙遠，如所謂某字當作某解，某製即今某製者，言之有證。所以朱子說《禮》，亦不能廢鄭、孔。“今首列注疏，他如聶崇義《三禮圖》，足與注疏相證者，亦存備考。”所謂“盡汏扈言珍必栗”的主要，主張“諸書皆取其有裨時學者”，鮮明地反映了四庫館臣的學術傾向。
經部書籍的選錄取舍，除了有一定的選取規則以外，皇帝的旨意對其也有一定的影響，並且往往起著決定性的作用。如《薈要》中不收錄有關《尚書·洪範》的著作，不收錄元王元傑的《春秋獻義》等著作，認為他們大都是牽強附會或者“晦經蝕義”或是“殊乖筆，削大旨”，執行的都是乾隆帝的命令。由此可以看出，清朝的帝王對《薈要》編撰工作的控製也是頗為嚴格的。
史部。《四庫全書薈要》的編撰工作正值禁書活動進行之時。在禁書活動中，許多有價值的曆史書籍由於觸犯了清朝統治階級的利益而被篡改甚至銷毀。館臣在輯錄史書時，自然也倍加小心，以至於“慎之又慎”了。首先“欽定”二十四史，因“正史體尊，義與經配”，學者“流觀運會，取古證今”，可以“考一代之興衰，存百世之鑒戒”。除此以外，則盡可能選錄本朝“敕撰”和“欽定”的書籍以及皇帝的著述。如詔令共收錄八種，都是清太祖至雍正皇帝的聖訓、廷訓諭旨一類的著述。法治的僅收錄四種，也都是“欽定”書籍，如《大清會典》《大清通禮》等。編年類的共收錄八種，其中有五種“禦批”“欽定”。《四庫全書薈要》共輯錄書籍七十種，即使不把二十四史輯錄在內，其餘僅有的四十六種中，也有二十四種“欽定”之書，數量竟然多達一半以上。這種大量的收錄“欽定之書”的做法，可以減少館臣們承擔的風險，但一些重要的書籍也同時被排除在《薈要》以外。如《元和郡縣圖誌》《西漢薈要》《唐薈要》等重要典籍都是研究古代典章製度的重要書籍，《薈要》卻均未將其收錄。