子部所包含的內容是四部當中最為龐雜的一部。為了選錄精華，《薈要》館臣們製定了“大旨皆不詭於正”的總原則。在這個基礎上，適當地兼收並納來反映諸子百家的風貌。如法家，《薈要》錄《管子》《韓非子》二書，以其“不甚謬於理，而時或竊見古聖者之緒餘”。雜家則收錄了《淮南子》以下六種“是非疑信之間，亦貴忠於禮要而已”。就連不入流的小說家也予以收錄。輯錄《拾遺記》著書七種。但對某些宗旨與儒家正統思想迥異的學派及其論說著述則采取輕蔑態度加以排斥。如佛教作為一種外來宗教，盡管曾在維護封建統治秩序方麵起到過一定的作用，但是其基本的教義仍與儒家思想不盡相同，所以《薈要》全書皆未收錄。其中有關釋門典故如《法苑珠林》等以其“可助詞章”，《全書》中采取之，而《薈要》“別擇較精，亦未暇及也”。又如墨家，其說素為“儒家所不道”，《薈要》雖延前代史誌之例、列其書目，但也隻是為了“存其書以示戒，使人不誤入其說”而已。總之，“百家近正言方取”，其餘，“義理為存而詞采客觀者，則但錄入《全書》，茲無取焉”。這恰恰反映了《薈要》館臣堅持維護封建正統思想的編選立場。
集部。首先入選集部的是清朝曆代皇帝的“禦選”“欽定”等各種著述及詩文集等。除此以外，《薈要》館臣還注意從曆代流派冗雜、種類繁多的詩文和別集中，選出比較具有代表性的作品。以此來反映此期間的學術流變及大致風貌。他們認為，“文至六代而衰。唐始複振，詩盛於李、杜，而王維、劉禹錫、李商隱等羽翼之；文盛於韓、柳而權德輿等羽翼之。至宋而徐鉉、稍變五代之格，歐、曾、王、三蘇大振其緒，梅堯臣、陸遊等先後繼起，亦稱一時之作者。今並錄其集，用以考見源委。其他如唐之陸龜蒙，宋之文同、張孝祥、王慎中、歸有光、李攀龍等亦均已正派相乘，為一代冠冕，悉宜並存”。至於“理學諸儒如周、張、程等其精華已具於諸經傳注及性理各書，文章乃其餘事，毋庸重錄”。如此選擇應該說是比較具有代表性的。其他的各類如總集收入《文選》《唐文萃》《宋文鑒》等十餘種，也比較經典。但在集部的篩選中，仍可以看到禁書活動對其產生的巨大影響。《薈要》輯錄詩文集，自稱“始之六朝下，迄於勝國”，至於清代詩文方麵的著述，則一概未予收錄，原因是《薈要》之編，務在簡約，故闕之”。但是實際上，《薈要》收錄別集的下限僅到明代的中期，明末以降直至清朝初年，期間一百多年中眾多文人學士的詩文著述，未被收錄。這明顯是受到了禁書中所謂的“違礙”“悖逆”之影響才如此大加摒棄的。《四庫全書薈要》的館臣對書籍的選擇總的來說還是比較精當的，中國古代的重要典籍和圖書基本包括在《薈要》以內。但是由於該書在選編過程中受到了禁書活動的影響，加之編撰的目的是為了供皇帝閱覽，所以館臣在輯錄書籍的過程中也就格外地謹慎小心，不但要讓皇帝滿意，而且還不能觸犯忌諱，於是造成了《薈要》的入選書籍大都是“欽定”“禦纂”，而一些重要的典籍卻悉數缺席。
（二）《四庫全書薈要》的校訂與繕錄
《薈要》設立謄錄兩百名，並設立分校對十二名，專門負責《四庫全書薈要》書籍的校訂和謄錄工作。四庫薈要書館規定，每人每天謄錄一千字，這樣薈要處每天就可謄錄二十餘萬字，然後由十二名分校官加以催收校訂，之後再與四庫全書繕成校對完畢的四十萬字書一起送到武英殿裝潢檢查，以便隨時呈給皇帝閱覽。但是這樣的輯校工作存在很多弊端，以至於出現了全部書籍滿紙訛誤的現象。乾隆帝翻閱第一批《四庫全書薈要》的繕本，發現有兩處錯字，龍顏大怒，責成總裁大臣“妥立章程，俾各盡心校錄無訛”。按照乾隆皇帝的意旨，總裁大臣製定了《功過處分條例》並且決定在《四庫全書》和《四庫全書薈要》兩處分別設立分校，以便加強校對的準確性。《四庫全書薈要》繕本處還添派副校官六名，分別從現在校對精確者中選派擔任，分校的空職另外找人填補。在一定程度上提高了《薈要》繕本的質量。但是這種按部就班的校對工作並沒有持續太久。由於乾隆帝急於求成，總裁也一味追求速度，破例允許候補的謄錄自備一些謄錄員，導致謄錄人數大量增加，每天的謄書量也直線上升，造成校對人數嚴重不敷的現象。乾隆四十年又急增八位分校，以解燃眉之急。不久，又陸續將分校增加至二十二人，複校增加到十二人。但分校、副校這樣層層勘磨的方式不適合大規模的繕錄工作，不僅“多一層轉折，即多數日稽遲”，而且“分校”“複校”相互倚持，導致了雖然校閱人員大量增加，但仍沒有辦法解決校勘字書“虧債累累”以及所校之書“仍多訛誤”的問題。同年十二月，《薈要》總裁大臣經過反複商議，由四庫全書薈要處每天設定當天校對書的任務總量，然後讓各個分校官催收，校對後再送給複校官複閱，由複校官開具證明、裝訂成書、登記造冊，再經過總裁“稽核進呈”，這種層層勘磨的方法將副校改為分校，並且將選定的兩百名謄錄人員分派到各個分校名下，大致為一個分校六個謄錄，這樣“每日僅各收繕書六千字，盡可從容詳校。”另外，為了保證校訂質量，添設了總要兩人，各自負責。凡各個分校已經校訂的書彙交成冊，由提調分發給兩個總校，細加勘磨改正謬誤，登列黃簽，放到各個書籍之上，以專責成。總裁隨之抽閱，每三個月向皇帝回奏一次。從此以後，基本解決了校對不敷的矛盾，做到了隨繕隨校，保證了《四庫全書薈要》繕校工作的順利完成。