在總裁和所有四庫薈要成員的努力下，《四庫全書薈要》的各項工作基本進行順利，每本書籍在複核校勘後，即送到武英殿進行精心地打磨裝潢。在裝幀形式上也采用包背裝，而且嚴格按照四庫全書館製定的“經史子集四部各依春夏秋冬四色”的裝潢原則，至於《四庫全書薈要總目》則以“香色用寓中央之義”，強調其提綱挈領的重要地位。為了方便保存，館臣們特別選用質地堅硬的紅木做書匣，再配上甲板、束以綢帶、將每幾千冊書置於其內。如果有不同的書置入一個書匣內，則用隔板隔開，以做區分。
早在乾隆四十三年，第一份薈要已經順利完成。而第二份薈要在乾隆四十二年七月陸續繕成三千兩百餘冊，乾隆四十四年七月，第二份薈要已經陸續完成，截止到十二月，所有的《四庫全書薈要》應辦理的各項書籍均已進呈完畢。
《四庫全書薈要》完成以後，仍然有少量書籍由於種種原因尚未被及時收錄，因此在其後的數年間進行了一些補遺副校的工作。需要增補的各種書籍中，大部分是史部著作。有的是因為原書的內容不夠詳備，需要再進行增補，有的書籍由於重改譯音而延誤了時間，此外還有個別的書籍是在《薈要》完成之後才決定增加的。至補遺工作結束之時，共有十一種書籍被補入薈要之中，其中史部九種，子部、集部各一種，使《四庫全書薈要》收錄的書籍基本上都做到了完整無缺。在此基礎上，又進行了幾次大規模的複校工作。《四庫全書薈要》成書以後一直深藏於禁宮，直到清朝末代皇帝溥儀退出故宮，才為世人所見。1933年，故宮博物院將《薈要》的書目、冊數等公開發布在了《故宮殿本書現存目》中，這是成書近兩百年來首次被公開披露。後經大量學者的不斷研究認為，《薈要》除了選書精當，與《四庫全書》一精一博，而且在許多方麵可以與《四庫全書》互為參考。但是可惜的是，味腴書屋的《薈要》已於鹹豐十年被英法聯軍燒毀，目前僅有摘草堂的一部存於台灣，是人間的孤本，彌足珍貴。