但是，《四庫全書總目》產生於封建專製時代，又是在皇帝直接控製下編撰的，所以也就不可避免地要抹上時代的色彩，打上階級的烙印。魯迅先生曾經很深刻地指出，《四庫全書總目》“其實是現有的較好的書籍之批評，但必須注意到的是其批評是‘欽定的’”。這一評論是符合實際的。這就決定了它必然會通過書籍的取舍，以及書目提要、分類排列，乃至議論評價等方式，來直接反映一代學術成果以及統治階級的意願和要求，表露出鮮明的政治思想傾向。
1.提倡封建倫理觀念、尊崇儒學，自漢武帝“罷黜百家，獨尊儒術”之後，儒家經典便廣泛地成為封建統治階級統治的主要工具。反映到目錄學上，無論史誌目錄，還是官修、私修的各種專修目錄，其排列分類都把儒家經典放於首位。《四庫全書總目》所不同的是，在把儒家經典放在至高無上地位的同時，對異端思想也大加排斥，而且更加嚴厲苛刻，更加重視倫理綱常的宣揚提倡。在大肆貶低儒學內部異端思想的同時，《四庫全書總目》編撰者還秉承統治階級的意誌，對佛道之類的“外教”著述以及詞曲一類的“倚聲填調之作”，采取了排斥輕蔑的態度。《四庫全書總目》對詞曲一類的著述大加排斥，以顯示“大聖人敦崇風教，厘正典籍之致意”。與尊崇儒學相輔相成的，則是《四庫全書總目》對封建倫理觀念的大力提倡和表彰。儒家的名教綱常，是儒學的基礎和核心，曆來被封建統治者奉為加強專製統治、維護社會秩序的法寶。
2.重道輕藝，不重視科學技術
在我國漫長的封建社會中，占統治地位的儒家學說一直是不重視生產勞動、輕視科學技術。這種傾向，在儒家聖人孔丘身上得到了淋漓盡致的體現。而且在統治者看來“禮”“義”“忠”“信”為治民之根本，科學和生產技術則不受重視，長期遭到摧殘。《四庫全書總目》也十分突出地反映了傳統儒學重道輕藝的傾向。
3.封閉自大，不重視了解外部世界
在我國漫長的封建社會發展過程中，由於曆史和地理原因，生活在中原地帶的華夏民族很早就進入了農耕社會，並形成了以血緣關係為紐帶的宗法製度，進而確立了大一統的政治格局。秦漢以後，中國擁有強大的中央政權，先進的科學文化，璀璨的古代文明，領先於周邊各國，長期保持著其宗主國的地位。這種曆史的、現實的諸多因素，使中國的許多文人士大夫早就產生了一種內向型的文化心理和“中央大國”的優越感，並逐漸形成帶有封閉自大傾向的文化特征。反映在《四庫全書總目》中，就是極其不重視對外部世界的了解，而這也導致了統治者對外部世界的一無所知。但是《總目》的編纂者對此卻沒有清醒的認識。
4.反對空泛，注重實證
明末清初以來，隨著漢學的興起和發展，學術風氣也由虛返實，《四庫全書總目》也鮮明地反映出了反對空泛、注重實證的學術特征和思想傾向。
這部大型目錄書的特點之一是，目錄分類精細嚴密，集中而充分地體現了《四庫全書》龐大的知識體係。《四庫全書總目》的另一個特點，是具有完備的書目提要和總序、小序。了解《四庫全書總目》的特點，我們便可知道它的功用和價值所在。首先《四庫全書》的總目錄是我們閱讀這部大叢書不可缺少的工具書。我們可以通過對它的使用去了解《四庫全書》收錄了哪些圖書，分別分在什麼部類，這些書的要點怎麼樣，由此做到“由書目而尋提要，由提要而得全書”。總之從目錄學的編撰角度講，《總目》體例嚴謹，提要詳盡，廣集前人的解題撰寫方法和分類法的大成，是獨一無二的典範性目錄學著作。