如前所述，蘭州的文化教育與士人文化的發展有著密切的聯係，沒有士人的大力推動，就不可能產生昌盛的蘭州文化教育。據《蘭州市誌·教育誌》載：清代，封建教育步入鼎盛時期。儒學沿襲明製，且有擴修；自雍正年間起，書院官辦，成為準備科舉的場所。僅城區就開辦蘭山、五泉、皋蘭、求古四大書院，其中蘭山書院為甘肅最大的省立書院，以藏書豐富聞名全國，山長多飽學鴻儒擔任。清中葉以後，生員多達三四百人。19世紀末，科舉製度衰落，“西學”逐漸傳入，改良書院，開辦新學，蘭州士人順應曆史潮流，積極開辦新學。如清代進士、曾任翰林院編修的蘭州人劉爾炘辭官歸裏後，致力於地方文化教育和社會公益事業，設塾教徒3年，主講五泉書院7年，任甘肅高等學堂總教習5年。親自創辦蘭州第一所小學校——高等小學堂。茲後又集資建中學一所，小學3所，接辦興文社，創立樂善書局，修建五泉書院，創辦修學社，為民國時期的文化教育奠定了良好的開端。清光緒二十八年（1902年），蘭州建立甘肅文高等學堂（今蘭州一中的前身），光緒三十年（1904）年附設師範館，為甘肅辦師範教育之始。同年，陝甘總督崧蕃命候補知府楊增新於甘肅製呢局廠西開辦武備學堂，為蘭州辦軍事教育之始。
民族教育在這一時期也開始蓬勃發展，其中最為突出的是回族教育。由於曆史的種種原因，回族輕文尚武，文人少而武士多，中國傳統教育發展緩慢，一直影響著民族的發展與繁榮進步。清代甘肅穆斯林民族反對民族壓迫的鬥爭此起彼伏，清廷在武力鎮壓的同時，采取懷柔政策，通過文治實行教化，倡導設立專門招收穆斯林子弟的書院、義學。但由於明代曾以強製同化而引起過“胡人”反感，清廷曾以鎮壓而激怒過穆斯林，因此穆斯林群眾認為學了漢字，讀了漢書，就會被同化，所以穆斯林多雇人代學，拒絕學習漢文化。但蘭州地區的回族穆斯林中，讀書應試的有識之士還是有的，特別是清代在科舉考試時，有意識地注意錄取回族士子，從而使一些回族士子獲取了功名。如皋蘭縣的馬世燾（公元1809-1875年）為清鹹豐乙卯（公元1855年）科舉人，金縣（今榆中）馬仲律為同治甲戌（公元1874年）進士，曾任五泉書院山長，著有《雪案拾遺》。蘭州回族士子的進入仕途，有力地影響和促進了蘭州地區少數民族的士人文化。這一切，無一不浸透著蘭州州縣官員和地方士紳的心血。
士人在對蘭州文化教育的大力推動中，最值得一提的是段堅首辦書院、四大書院的設立、左宗棠倡導籌辦興辦新書院、重建舊書院、重視啟蒙教育、奏準實施的陝甘分闈等，這幾件事都是士人所為，都對蘭州文化教育的發展有著劃時代的作用。
蘭山書院是雍正十三年甘肅巡撫許容奉旨創建的，故址在今秦安路蘭州三中，乾隆三十年（1765年）總督楊應琚、五十年總督福康安、嘉慶二十五年（1820年）總督長齡、道光二十二年（1842年）總督恩特亨額、光緒元年（公元1875年）總督左宗棠屢次修葺，至光緒元年形成了一組宏大的建築群，中為文仁堂，後為敬遜堂，又後為射園（已廢）；敬遜堂兩廂為齋房，東南隅小院一，為書庫；西北小院二，其一為掌院住宅，一為客廳；文仁堂左右為耳房，為東、西官廳，東齋四院，西齋三院；前為儀門，門外為監院官舍，東為書鬥房，又前為大門，門外東、西坊表二：曰興賢、曰育才。蘭山書院是甘肅最大的省立書院，以其藏書豐富而聞名。乾隆時期有藏書204種，有欽定四書、十三經書版2067塊。鹹豐四年（公元1854年），書庫著火，藏書盡數被焚。光緒元年以後，在陝甘總督左宗棠、楊昌浚的大力扶持下，書院逐漸得以恢複。蘭山書院曆任著名山長有：盛元珍（江蘇常熟人）、牛運震（進士，山東滋陽人）、張位（翰林，甘肅秦安人）、秦維嶽（翰林，皋蘭人）、吳可讀（進士，皋蘭人）、張澍（進士，武威人）、張美如（翰林，武威人）、張國常（進士，皋蘭人）等。
五泉書院為蘭州府立書院，地址在蘭州府北後街（今賢後街），為清嘉慶二十四年（公元1819年），布政使屠之申、翰林秦維嶽等捐銀創建。鹹豐八年（公元1858年）蘭州知府栗垣、同治十二年（公元1873年）蘭州知府鐵珊先後進行重修。庭院式平麵布局，中為講堂，堂西北小院為掌院住宅，宅堂後院為聖廳及左右齋房，堂東院為退省齋，西院為惜陰軒，前為儀門，門外左右為書鬥房，東小院為監院住宅，南為大門。據記載，五泉書院在道光年間有藏書52種、156套，另有《學庸浙通》書版46塊。曾任五泉書院著名山長的有：盧政（舉人，皋蘭人）、劉爾炘（翰林，皋蘭人）等，他們均為隴上著名學者，培育人才甚眾。五泉書院在城市改造中被拆除，移建於雁灘公園內。