為弘揚中華民族傳統文化，將媽祖祭儀進一步引向規範，1994年，相關部門參照曆史資料和傳統民俗祭儀，製定了《湄洲祖廟祭典》。隨後，對祭典樂舞等不斷加工，以期與祭典儀式、媽祖整體文化等有機結合。媽祖祖廟祭典在每年農曆三月二十三舉行，行祭地點在湄洲祖廟廣場或新殿天後廣場。祭典有指定的主持人、主祭人和各項執事等配合完成。其程序依次為：1.擂鼓鳴炮；2.儀仗、衛隊就位，樂生、舞生就位；3.主祭人、陪祭人就位；4.迎神上香；5.奠帛；6.誦讀祝文；7.跪拜叩首；8.行初獻之禮，奏《和平之樂》；9.行亞獻之禮，奏《海平之樂》；10.行終獻之禮，奏《鹹平之樂》；11.焚祝文，焚帛；12.三跪九叩；13.禮成。整個祭典過程，雍容肅穆，數萬媽祖信眾聚集在湄洲祖廟之前，虔誠上香、膜拜、祈福。
各地民間媽祖祭典的儀式不盡相同，但基本都包括燒香、上供、祈拜和許願等儀式。有的地區漁民還將船模供奉在媽祖廟中，求媽祖保佑自家船隻在海上運作時能夠順風平安。還有一些地方有抬媽祖像出巡遊街儀式，如台灣北港的朝天宮媽祖廟，於媽祖誕生日舉行的繞境活動。是日清晨，鑼鼓喧天，鞭炮齊鳴。在儀仗隊等眾人簇擁下，由十名壯漢組成的轎班，抬著媽祖“鑾駕”開始繞境或巡街儀式。途經各家各戶時，家家都向海神獻供品，放鞭炮，求神福佑降吉祥。巡行結束後回到廟裏。當天廟前還會有各種娛樂活動和雜貨買賣等。
許多地區的媽祖等祭典都有熱鬧的廟會與之相伴，廟會不僅涵蓋民間信仰、五行八作的娛樂競技和經貿往來等內容，也為參與者提供了一個由神而結緣的群體文化認同。以媽祖祭典為核心的媽祖文化，其影響力已遠遠超出媽祖信仰圈，成為中華民族優秀傳統文化的重要組成部分。作為一種象征，媽祖文化具有促進中華民族文化認同的巨大感召力，是聯係海內外華人、溝通世界各地的文化橋梁和精神紐帶。