９月６日，李作鵬在武漢得到劉豐關於毛澤東在武漢同一些負責人談話內容的密報，當天就陪同朝鮮軍事代表團返回北京，黃昏時刻，在人民大會堂的北京廳把毛澤東南巡談話內容，全部告訴了黃永勝、邱會作。黃永勝立即把以上機密告知林、葉。
７日，林立果向‘聯合艦隊’下達了一級戰備命令。上海等地武裝力量已集中待命。
１０日，由王飛將信轉交黃永勝，同時轉告林立果的‘指示’，要黃永勝作好一切思想準備。
在這場鬥爭中，毛澤東顯然高人一籌，１１日突然離開上海。王維國打電話告訴林立果毛澤東已離開上海回北京後，林彪、葉群馬上通知黃永勝、吳法憲，準備南逃廣州
十幾個小時後，震驚中外的“９？１３”事件發生了。
１９７１年９月２４日，黃永勝接到周總理的電話，要他到人民大會堂參加會議。寬敞的會議室隻有幾位秘書和警衛人員。他第一個到來，剛剛坐下，吳法憲、李作鵬、邱會作也隨之來到，他們心照不宣地坐下。不一會兒，周恩來總理從另一扇門走了出來。他宣布中共中央作出的決定，命令黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作離職反省，徹底交代問題。
周總理對黃永勝說：“我等了你１０天，你一言不發，一字不寫。”
２９日，中共中央通知：中央鑒於黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作四同誌參加林彪、陳伯達反黨集團的宗派活動，陷入很深，實難繼續現任工作，已令他們離職反省，徹底交代。軍委日常工作，中央已決定由軍委副主席葉劍英同誌主持，籌建軍委辦公會議，進行集體領導。
１９７１年１０月３日，經毛澤東批準，中共中央發出關於成立中央專案組的通知，調查黃永勝等的犯罪材料。從１９７１年９月２４日起，“四大金剛”的黃永勝、吳法憲、李作鵬、邱會作，一直關押在北京順義縣衛戍某師師部。
１９７３年７月，中央專案組向中央提出《關於林彪反黨集團罪行的審查報告》，８月２０日，中共中央決定：永遠開除黃永勝的黨籍，撤銷其黨內外一切職務。
１９８１年１月２５日，中華人民共和國最高人民法院特別法庭確認：黃永勝是林彪、江青反革命集團主犯，犯有“組織、領導反革命集團罪”、“陰謀顛覆政府罪”、“誣告陷害罪”。判處有期徒刑１８年，剝奪政治權利５年。
法庭判決沒幾天，黃永勝的妻子項輝方因多種原因同他離了婚。