此函傳達的信息相當豐富，《史學雜誌》全文刊登這一私人函件，正是因為它反映了中日兩國學術界的狀況及相互看法，從中可見：一、該雜誌在中國學者中的身價，二、中國學者對於坪井九馬三、那珂通世、白鳥庫吉的讚譽和期望，三、中國士人的篤學，四、中國學者的東洋史研究概況。（參見《清人陳毅氏より那珂通世氏にあてたる書狀》，載《史學雜誌》，第11編第8號（1900年8月）。）更重要的是表明日本東洋學在開始階段也得到中國同好的幫助。1902年2月，陳毅再度奉張之洞之命赴日考察教育，滯留三個月，與那珂通世、內藤虎次郎等多有往還，臨別那珂通世還到新橋車站送行。
陳毅歸國後，除向張之洞鼓吹應當重視國民教育以及模仿日本先例，聘請日籍教員推廣師範學校，以謀教育之普及外，繼續就史地研究與日本學者進行交流。這時他得到張之洞的嘉許，讚襄兩湖總師範學堂，遂托赴日留學的師範生盧弼將西北地圖94幅送呈那珂通世。這些地圖由當時中國最精地理學的鄒代鈞據俄國本譯刻，詳於西伯利亞、中亞及中俄交界之地，陳毅以為：“目下亞東時局日棘，先生夙究心東洋之學，當樂觀也。”並告以尚有中國各省及世界各國地圖共700餘幅，正在刊刻之中；“宋徐霆《黑韃事略》已在江寧覓得，明嘉靖抄本，約二十餘頁。霆於元太宗時親使蒙古，所記蒙古風俗等事，得諸親見。其親見成吉思汗墓在臚句河側，尤可珍貴者也。頃已托人抄寫，稍緩即寄呈也。”他曾將此行所獲日本史學界近況函告沈曾植，關心那珂通世刊刻《元聖武親征錄》之事的進展，並托那珂代覓東京帝國大學文法科的中國法製史講義，以供專心此學的兩湖書院分教陳慶年（善餘）參考；請那珂通世詳告東京帝國大學漢學科史學科各科目講義的目錄次序。（參見《陳毅氏より那珂博士への來信》，載《史學雜誌》，第13編第7號（1902年7月）。）
1899年，文廷式為躲避戊戌黨禍，桴海東渡，先與內藤虎次郎等人詩酒唱和（參見錢萼孫輯：《文芸閣先生年譜》，見《中國曆代名人年譜彙編》，第1輯之56，48頁，台北，廣文書局，1971。文廷式贈詩內藤虎次郎曰：“七國三邊正糾紛，驚猿掛木雁呼群。逍遙曠野期遺世，縹緲仙山獨見君。奇字每詢劉貢父，兵謀還憶杜司勳。靈芝鬯草今猶昔，重理瀛洲百代文。”（錢仲聯編著：《近代詩鈔》，第2冊，1010頁，南京，江蘇古籍出版社，1993）），偶談及元史，內藤虎次郎知文氏藏有蒙古文《元朝秘史》，即托其影抄一部。文廷式告以“餘平生莫逆二人，一李文田，一盛昱。今皆已歸道山矣”。所藏蒙古文《元朝秘史》，即借盛昱藏本，與李文田各影寫一通。（參見《意園懷舊錄——內藤虎次郎氏盛伯羲祭酒盛伯羲遺事譯文》，見《吉川幸次郎全集》，第16卷，623～628頁。）文廷式與沈曾植等人交善，亦喜乙部之學，他聽說那珂通世精通東洋曆史，托內藤虎次郎引介。那珂通世得知文廷式為清國有數的曆史家，名聲頗高，又藏有珍本文籍，爽快答應。1900年3月17日，和白鳥庫吉、桑原騭藏一起，與文廷式會晤，筆談半日，就和林訪古圖及景教流行中國碑彼此交換意見，表示希望看到蒙古文《元朝秘史》，懇囑文廷式寄送抄本，並與文氏相約歸國後同心呼應，以圖斯學發達。（參見《文廷式と會員との會談》，載《史學雜誌》，第11編第4號（1900年4月）。）
文廷式歸國後，適逢義和團之變，又卷入中國國會和興中會的密謀，直到風波過後，才於1901年底將一部抄本寄送內藤虎次郎。其於書首記述此書流傳及此事緣起道：“此書為錢辛楣先生藏本，後歸張石洲，輾轉歸宗室伯羲祭酒。餘於乙酉冬借得，與順德李侍郎各錄寫一部，於是海內始有三部。其中部落之名，同功之將帥，漢文刊落者太多，得此可補其闕。又元時蒙文，今無解者，故元碑多不可讀。若用此書合陳元靚《事林廣記》、陶南村《書史會要》各書，互證音譯，或猶可得十之三四乎。日本內藤炳卿熟讀我邦經史，卻特一代，尤所留意，餘故特抄此冊奉寄，願與那珂通世君詳稽發明，轉以益我，不勝幸甚。”（［日］三宅米吉述：《文學博士那珂通世君傳》，見《那珂通世遺書》，39頁，東京，大日本圖書株式會社，1915。）
中國學者的協助，對於尚在草創中的日本東洋學以積極推動。近代日本的中國研究，以東京的東洋學和京都的支那學為代表，與傳統漢學明顯有別。而那珂通世是東洋學的重要創始人。1894年，他在關於中等學校學科設置的研討會上首先提出，曆史科的外國曆史應分為西洋、東洋兩大部，得到與會者的讚成，是為東洋史成為一科目的發端。1897年，文部省召開的夏期講習會分成日本、東洋、西洋三科，正式認可三分法，由那珂通世擔任東洋曆史講師。該科目的重要內容之一，是以中國曆代興亡為主，說明東亞諸國以及漢、突厥、女真、蒙古等民族的盛衰消長，蒙元史自然成為研究的重點。