日本的傳統漢學，受朱舜水的影響極深，多宗明代王學末流，罕知清代樸學新風。明治以後，發展教育，引進洋才，史學一科學習德國，東洋研究也受歐洲漢學影響。此前那珂通世著《支那通史》，即仔細閱讀參考留學歐美的三宅米吉帶回的歐洲諸家關於東洋著書數十種。不過，當時歐洲漢學尚未進入正軌，成就遠不能與20世紀相比。而中國方麵，自海通以來，邊疆史地之學興起，其間雖經太平天國的震蕩，乾嘉樸學幾乎中絕，但在所謂同光中興後，考據正統複活。“光緒初元，京師士夫以文史書畫金石古器相尚，競揚榷翁大興、阮儀征之餘緒。”其中史地金石一脈，特重西北史地。尤其有京師士林之“廚”之稱的國子監祭酒盛昱等人為之提倡，盛著《闕特勤碑跋》，“門下之士多留意於蒙古史地之學”（《意園懷舊錄——內藤虎次郎氏盛伯羲祭酒盛伯羲遺事譯文》，見《吉川幸次郎全集》，第16卷，623～630頁。）。雖然鮮有博通域外語文及掌握各種新出史料者，畢竟於中文文獻發掘甚多，且能運用蒙古、俄文資料。
那珂通世收到陳毅寄來的《元聖武親征錄》，即遵所囑，欲刊刻發表。陳建議刊於《史學雜誌》，那珂通世與白鳥庫吉等商議，決定作為史學會叢書的一種出版。（參見《皇元聖武親征錄の翻刻》，載《史學雜誌》，第11編第8號。）後來那珂通世以為何秋濤、張穆、李文田、沈曾植等人的注釋尚有未盡之處，著手增補，又據蒙古文《元朝秘史》修改，用功數年，成《校正增注元親征錄》。對於文廷式寄贈的蒙古文《元朝秘史》，那珂通世也與東京高等師範學校及早稻田大學藏本相互參證，譯著為《成吉思汗實錄》。（參見［日］三宅米吉述：《文學博士那珂通世君傳》，見《那珂通世遺書》，36～40頁。）那珂通世號稱日本蒙元史研究的一代大家，很大程度上是凝聚了中日兩國學術前鋒的精華而得以成就。
至於京都支那學的形成發展，與中國學者的關係更為密切。其主帥內藤虎次郎和狩野直喜均多次來華，與中國學者廣泛交往。內藤虎次郎原來是記者，進入京都大學文科前，於1899、1902、1905年幾度來華，遍遊大江南北。而赴日遊曆的中國人士也往往前往拜訪，因而與文廷式、羅振玉、曹廷傑、劉鶚、夏曾佑、陳毅、張元濟、嚴修等人結識，尤其推崇沈曾植，認為是對整個中國學問通達有識的偉人。（參見《先學を語る：內藤湖南博士》，載《東方學》，第47輯（1974年1月）。）狩野直喜從1901年留學上海時起，即與羅振玉結識，並與沈曾植、鄭孝胥、陳毅等人往來。1910年，內藤虎次郎、狩野直喜、小川琢治、濱田耕作、富岡謙藏等人來華考察學術，除調查敦煌文獻外，還與王國維等就戲曲研究交換了看法，與端方、徐枋、寶熙等人訂交。（參見《狩野君山先生と支那の學人》，見《吉川幸次郎全集》，第17卷，243～245頁。）
辛亥以後，羅振玉、王國維等人避禍東瀛，與京都的學者長期交往，彼此影響。其時京都的戲曲小說研究盛極一時，發端雖然由於歐洲漢學的影響，但王國維此時出版的相關著作不無推動作用。
此外，羅振玉、王國維等人全力研究甲骨文，對日本學術界亦有所刺激。甲骨文發現之初，偽物甚多，日本學者中雖有人較早從事此項研究，如林泰輔等，但東京方麵懷疑論者占上風，研究者逐漸減少。（參見徐嘉瑞：《日本甲骨之收藏與研究》，載《國學月報》，第2卷第1號（1927年1月）。）呼應羅、王的努力，內藤虎次郎撰寫了《王亥考》，成為日本以甲骨文證上古史的重要著述。
中日兩國相互影響深遠的還有古籍收集保存和版本目錄學。明治以前，日本收藏漢籍，僅知寶貴唐卷子本，而四部之中，唯注意於經子。自楊守敬到日本訪求翻刻中土佚籍，日本人士始重宋元版。20世紀後，隨著日本國力增強，教育發展以及注重東亞文化，注意收求漢籍。尤其是1906年日本岩崎氏收購了陸氏皕宋樓、十萬卷樓、守先閣之書，存於靜嘉堂文庫，刺激學界書商重視史部和集部，“頻年日本書估輦重金來都下，踵項相望”。文求堂主人田中慶太郎甚至在北京設立分店，專門收購漢籍，運回日本出售。經過義和團的震蕩，中國社會劇烈變化，加上清政府推行新政，舊籍為世人蔑視，著名藏書如鐵琴銅劍樓、海源閣、八千卷樓、藝風樓等，均有朝不保夕之慮，而為日本書商覬覦染指。