日本驟然獲得大量漢籍，原有知識顯然不足，因而多借重中國的版本目錄學者。1902年董康客居京都，與漢學名宿神田香岩結交。（參見《書舶庸談》，2頁。）1906年夏董康再遊日本，延聘商法教師，與管理靜嘉堂文庫的島田瀚結識，島田瀚為日本漢學名家之後，耆儒竹添光鴻的門人，“少年校書中秘，以故精校勘之學”，皕宋樓藏書捆載東去，即因其1906年初遊曆江南，破例數登樓盡讀所藏，遂極力撮合而成。董康僑寓東京小石川的鬆葉旅館月餘，“彥楨頻來寓所，析疑質難，無虛日”（［日］島田彥楨撰：《皕宋樓藏書源流考並購獲本末》董康跋語，載《國粹學報》，第44期。蘇精《近代藏書三十家》謂董康先後七赴日本，清末僅1902年東渡，應誤。《藝風堂友朋書劄》上，440頁。後島田瀚任關東廳博物館的主事。），相互交換稀見古籍。時島田瀚被同人傾軋，欲辭職來華。董康遂推薦給負責新設江南圖書館的繆荃孫，認為：“如得此君襄助其間，一則可杜舊書之外溢，一則可將唐宋軼出之秘冊稍稍收輯，於國粹前途獲益良多，且所需甚廉，實優於延聘尋常科學教授萬萬。又安知東西兩京名刹故家之舊藏，不盡為我所奄有，以為皕宋樓之報複也。”（楊樹達：《郋園學行記》，載《斯文》，第9編第9、10號（1927年9、10月）。）
湖南名宿葉德輝也與竹添光鴻通問訂交，並為島田瀚所推重。島田瀚精於目錄之學，於中土人士多致譏諷，獨於葉氏“誠服無間”。而葉認為：“島田少年劬學，可敬可畏。聞日本友人言，其求書行境兼有伯羲祭酒、楊惺翁之長；屢言渠若來湘，凡秘書珍物切勿令其假借。想其在彼國，人皆畏之，不獨中人箸書皆辦海防也。”（《藝風堂友朋書劄》下，537頁。）
日方的古籍搶購之風，引起中國士林的極大關注。董康譯載島田瀚《皕宋樓藏書源流考並購獲本末》特加跋語，一刻成名。沈曾植讀了董康寄來的“東人得皕宋書紀事一篇，閱之數日作惡。聞鐵琴銅劍行且繼往，江左有人，得不豫為作計乎？”（《藝風堂友朋書劄》上，176頁。）但當時公私兩麵或實力不足，或重視不夠。皕宋樓藏書，商務印書館曾開價8萬謀購，不成；張元濟勸學部尚書榮慶撥款購入，以為京師圖書館基礎，亦無下文。以後張元濟等人積極設法保護丁氏八千卷樓和海源閣藏書，“不可拍賣，恐日本人來出重價”，“切勿任意流入東瀛”（《張元濟年譜》，60、84、86頁。）。
不過，張元濟與日本漢學家也多有交往。商務印書館為了編輯教科書而聘用的日本專家中，長尾甲即為京都支那學的同道。年輕時他曾拜訪清朝駐日公使黎庶昌，以“寒士慣寒，那怕衣單”應對黎氏的問候，令後者刮目相看。以後又與近代詩壇驍將鄭孝胥交遊。任職商務印書館期間，他結識了不少學者文士。歸國後雖然未在大學任教，但作為在野的處士，與內藤虎次郎、狩野直喜同樣主張改變日本傳統漢學的粗疏和歪曲，按照同時代中國人的觀念與基礎治中國學問，尤其擅長中國書畫和清詩。（參見《長尾雨山氏中國書畫話解說》，見《吉川幸次郎全集》，第17卷，216～228頁。）
第二節 中日學術交往
明治維新以後，日本的教育及學術仿從歐洲，一度歐化盛行。從19世紀80年代起，在國粹主義興起的背景下，新興的東洋研究逐漸形成，而且一開始就與舊式漢學明顯區別。據《東亞學會雜誌》創刊號所論，當時漢學研究的新氣象有三：一、赴現地直接觀察研究，二、不以崇奉心而以批評精神研究漢籍，三、提倡結合學習法律、音樂等專門知識和方法論研究漢籍。（參見［日］須川照一：《“上海時代”の藤田劍峰·王國維雜記》，載《東方學》，第66輯（1983年7月）。）受此影響，大學以外的愛好者如內藤虎次郎、古城貞吉、藤田豐八、稻葉岩吉等相繼來華。
1892年7月，由帝國大學漢書課畢業，任學習院大學教授的市村瓚次郎來華調查史跡。（參見《市村瓚次郎博士略曆》，載《東方學》，第53輯（1977年1月）。）1902年，日本史學會會員長井行利用暑假到中國山東調查研究金石遺物。（參見《長井行君の支那行》，載《史學雜誌》，第13編第7號（1902年7月）。）東京帝國大學鳥居龍藏以研究苗族與台灣土著的關係為目的，隻身深入湖南、雲南、貴州、四川的偏遠地區進行調查，曆時7個半月。（參見《支那に於ける鳥居龍藏氏の近狀》，載《史學雜誌》，第14編第3號（1903年3月）；《學術講談會に於ける鳥居龍藏氏の講演》，載《史學雜誌》，第14編第4號（1903年4月）。）1903年2月，改任東京帝國大學文科大學助教授的市村瓚次郎為研究中國曆史，到上海、漢口、信陽、洛陽、潼關、西安、藍田、襄陽、荊州等地遊曆3個月。（參見《市村助教授清國旅行》，載《史學雜誌》，第14編第3號。）專攻中國文學史的東京帝國大學研究生鹽穀溫也利用暑假來華考察社會風俗人情。（參見《鹽穀文學士の渡清》，載《史學雜誌》，第14編第7號（1903年7月）。）他們雖然未與中國學者交往，但對日本的中國研究卻刺激不小。市村瓚次郎助教授歸國後，在法文科大學舉行公開演講會，講演長安、洛陽的地勢及其古跡遺物，預計聽眾為數十人，不料入場者達500名之眾，寬敞的教室內座無虛席，許多人隻好站立，而續來者絡繹不絕，主持者不得不謝絕入場，為東京帝國大學史學會空前未有的盛況。（參見《本會の公開講演》，載《史學雜誌》，第15編第1號（1904年1月）。）