20世紀20年代起，中國學術研究機構隨教育發展而增多，與日本學術界的交往由原來以學者個人名義進行，逐漸變為有組織進行，如互贈書刊，邀請講學。與北京大學國學門交換刊物的有東亞協會、日本考古協會、京都文學會、日本東洋協會學術調查部等。（參見《北京大學日刊》，第1504（1924年6月25日）、1517號（1924年8月30日）。）1922年底，京都大學文學部史學科教授今西龍由文部省派來中國研究史學一年，北京大學趁機請其擔任朝鮮史特別講演，並聘為北大國學門考古學通信員。（參見《蔡元培全集》，第4卷，287～288、309頁。）在華期間，除講授朝鮮史外，還分別為北大研究所國學門和史學會演講“關於中國考古學之我見”及“中國曆史裏邊的古文書學”。（參見《研究所國學門通告》，載《北京大學日刊》，第1165號（1923年1月26日）；《史學會通告》，載《北京大學日刊》，第1208號（1923年4月9日）。）
1923年，東京帝國大學教授澤村專太郎、國學院大學教授田邊尚雄來華，在北京大學等處講演“東洋美術的精神”及“中國古代音樂之世界的價值”，北大國學門也聘請澤村專太郎為通信員。（參見《國立北京大學研究所國學門重要紀事（十二年七月一日至十二月三十一日）》，載《國學季刊》，第1卷第4號（1923年12月）；《周作人日記》中冊，304、307～338頁；《魯迅全集》，第14卷，454、455頁。）今西龍和澤村專太郎還參加過國學門的活動。（參見《研究所國學門懇親會紀事》，載《國學季刊》，第1卷第4號；《北大研究所國學門之懇親會》，載《晨報》，1923年10月1日。）而東洋音樂史權威田邊尚雄據說是“在中國學術講演中，與人銘感最深的日本學者”（［日］長瀨誠：《日本之現代中國學界展望（下）》，載《華文大阪每日》，第2卷第8期。）之一。他一麵演講，一麵播放自己攜帶的中國古樂唱片，其中有《蘭陵王破陣曲》、《武德太平樂》、《春鶯囀》、《邊城樂》、《越殿樂》、《胡飲酒》等古曲，很受聽眾歡迎。（參見《國文係教授會啟事》，載《北京大學日刊》，第1238號（1923年5月14日）。）1925年1月，來華考察的東京美術學校教授大村西崖應邀在北大國學門講演“風俗品的研究與古美術品的關係”。（參見《研究所國學門通告》，載《北京大學日刊》，第1610號（1925年1月9日）。）此後，市村瓚次郎、濱田耕作、原田淑人相繼到北大、清華等校以及廣東的大學講演，頗受歡迎。原田淑人是另一位給中國學人留下深刻印象的講演者，1930年他在北大、清華舉行係列講演“從考古學上看古代中日文化關係”時，因前來聽講的學生人數太多，不得不換到大教室。（參見《學問の思い出——原田淑人博士を圍んで》，載《東方學》，第25輯（1963年3月）。）
五四新文化運動和20世紀20年代高等教育的加速發展，為歸國留學生提供了任教的機會，而留日出身者在其中占有重要位置。這一方麵強化了中國學術界對日本相關學科的關注了解，另一方麵有助於日本學人的來華考察求學活動。北京大學文史學科中留日出身者人多勢眾，與日本學術界聯係的繁密程度也十分突出。早在1916年鈴木虎雄留學北京時，北大文科學長夏錫祺就是京都文科大學畢業生，他留學時京都大學的文科學長剛好是中國學派創始人之一的狩野直喜。在夏的關照下，鈴木虎雄的活動得到很大的便利。（參見［日］鈴木虎雄：《北京より》，載《藝文》，第7年第6號（1916年6月）。）清華大學的楊樹達留學京都第三高等學校，而北師大的王桐齡在東京帝國大學留學十餘年，與該校的中國研究者十分熟悉。這種淵源關係在中日學術交往中發生作用，來訪者輾轉相托，接待者則湧泉相報。20世紀20年代與30年代之交，中國甚至出現了日本研究熱，大學圖書館內的日文圖書雜誌極多。（參見《北支旅行記（四）》，載《斯文》，第13編第6號。）正是在這樣的背景下，1925年北京大學籌備成立東方文學係。
清末赴日本與漢學家交往的中國士人，多是借遊曆考察之便的業餘愛好，間有專程訪書者，而問學則幾無其人。入於民國，日本的東亞研究國際聲譽日隆，風氣逐漸改變。1908年和1917年，陳垣兩度赴日本訪求中國醫學及中外宗教關係史書籍，遍遊東西兩京及大阪、奈良。其間與日本學者有所交往，並開始關注日本的中國研究。第一次訪日時，在醫史學家富士川遊博士家見到多紀元胤（號柳沜，卒於1823年）所著《醫籍考》，認為“精審無比。道光以前中國醫籍搜羅殆遍，為醫史學一巨著，中國人未之先也”。推許其人為“日本醫史學界之錢竹汀”。對於富士川遊所撰《日本醫學史》巨著，也讚為“考據精詳，條理縝密，為東方醫史界空前傑作”。第二次訪日，則得知所著《元也裏可溫考》頗為日本學者歡迎。（參見《陳垣來往書信集》，3、9～10、144～145頁。）