馬祖光常常給學生講起登山英雄劉連滿的故事。我國著名登山運動員劉連滿攀登珠峰時，甘當人梯，用自己的肩膀把隊友高高托起，自己卻在距離海頂100米的地方留了下來，把榮譽讓給了隊友。他說，在科學的道路上就需要劉連滿精神。
馬祖光每次給研究生上的第一課，必講此例。馬祖光欣賞劉連滿：“我願意成為科學道路上的劉連滿。”做劉連滿，不易。
在學科建設中，馬祖光想的是集體利益和光電子這個團隊。他常說：“一個前沿學科，必須要有一支過硬的隊伍。專業建設的一個重要目標是培養人，是吸引和穩定一支高水平的師資隊伍。如果我們本身不能培養一支高水平的隊伍，不能培養一支勇於創新的隊伍，那麼我們的學科就不能在國際上保持前沿地位。”無論是培養師資隊伍，還是培養學生，馬祖光都堅持走創新這條路。他不光想做個人全能，他更想拿的是“團體金牌”。一流的科研隊伍，一流的科研條件，做出了一流的科研成果。
在“211”研究成果評審時，許多專家發現馬祖光提出了很多研究方向，爭取到很多課題，可是，作為激光領域的領銜專家，竟沒有在一個課題成果上署上自己的名字。在科研工作中馬祖光常常讓年輕人做課題組負責人，給他們壓擔子。像王騏、王雨三等一些老教授早已是獨當一麵的專家，像呂誌偉、陳德應等年輕教師也成了學科骨幹。
馬祖光還推薦了大批人才進入國家“863”領域和相關的專業委員會擔任重要職務。在他的帶領下，師生們取得了一個個突出的科研成果。
——1996年，建成國家級重點實驗室；
——1999年，獲準“長江學者獎勵計劃”特聘教授設點單位，次年建成“電子科學與技術”一級學科博士後流動站；
——2000年，建成“電子科學與技術”一級學科博士學位授予點；
——2001年，物理電子學學科被評為國家重點學科；
——僅從1999年至2003年，他們就承擔了總裝備部預研項目、國家高技術“863”課題、國防科工委項目和國家自然科學基金課題等國家級科研項目24項。
在光電子師資隊伍中，博士化率已達70％。目前，這支隊伍正承擔總裝備部、國防科工委、“863”高技術、國家自然科學基金等一批重大課題，“十五”期間的計劃總經費約達6000多萬。
馬祖光為學科發展和隊伍建設傾注了畢生的心血。晚年，他主持了“985工程”二期和“211工程”二期建設的論證工作，對學科的調整、整合、提高提出了許多新的設想，並對青年教師寄予很大希望。他經常對他們說：“過去的研究方向基本上是一個個獨立的方向，現在強調技術上的交叉，這對學科發展是非常有好處的。青年人要多學習，德才兼備，把光電子這個事業繼續下去。”