身、口、意三密的修持，尤其是觀想的修持，是為了入定，梵語稱為三摩地。入定是密教修持的最高法門。據說念力可以成為法力去操縱和改變客觀存在的事物，也就是形成超人的特異功能。認為人類意識分為意識、無意識、潛意識和深層意識四個層次，修持入定可直接刺激大腦的深層意識，使人體這個巨係統的超覺意識得以發揮。從密教的角度談入定的方法很多。例如，用數息法、觀圖法、念咒法、止觀法、本尊法等等。
敦煌莫高窟第465窟的壁畫內容基本全是密教修持法，尤其是本尊法。密教認為任何佛和菩薩均可成為本尊。修密教的人必須選擇一尊佛或菩薩作依托，然後將和自己的身、口、意同本尊身、口、意一致，結本尊手印，念本尊真言，觀想本尊，結本尊身印。學本尊就成為本尊，一切言行舉止均與本尊一模一樣，“本尊我，我即本尊”。第465窟四周壁畫所顯示的本尊——有修持時輪金剛密法的本尊，時輪金剛；有修持勝樂金剛密法的本尊——勝樂金剛；修持歡喜金剛密法的本尊——歡喜金剛；修持怖畏金剛密法的本尊——怖畏金剛等。這些本尊均為雙身像：一身自己，一身是他的明妃。形態均是相互擁抱，手持法器（金剛杵、金剛鈴)，成交媾狀。例如第465窟的歡喜佛，梵名稱（Ganapati)為“歡喜”，漢語意為“無礙”。歡喜佛有單體和雙體兩種。歡喜佛並非指男女淫樂而言，實是指佛用大無畏憤怒的氣概、氹猛的力量和催破的手段，戰勝“魔障”而從內心發出喜悅的意思。其它還有怖畏金剛、勝樂金剛、歡喜金剛等密教本尊。這些密教本尊修持畫，塗色厚重，莊嚴沉靜，使密教修持顯得極其陰深沉靜，神神秘秘，增添了不少觀者的好奇之心。然而，一般人對這些雙修密法的本尊很少理解，片麵狹窄的認為是淫亂文化的表現。那麼，密教又是如何解釋此道的呢？男女雙身修法形似性文化，而其本質是修習人定，證悟“空性”。雙身修與凡夫縱欲的欲情不同，它不允許在通道上下降菩提心，即射精，這是嚴戒的，是以欲製欲，以染達淨，否則就與凡夫的欲情無異了。從密教的理論來認識，性欲是修煉的方法之一。《金剛頂經》雲：“奇哉自性淨，隨染欲自然，離欲清淨故，以染而調伏。”其意是性欲是汙染，但它也能成為調伏自性這朵蓮花的工具、手段。密教認為，人在性欲熾盛之時，人體精血氣流一齊往人體臍下沉聚。一般人性交全是通過生理機製的作用而釋放體能，而修持者則可以運用一定的瑜伽功法對這引進體能進行控製和引導，使之化為靈熱拙火，激發、引導這種拙火從臍輪漸次沿中脈上升，直至頭頂。以達到無損機體功能，開發智慧和強健身體的作用。
密教的男女雙修基本法則要求女性為“手印”。手印分兩種：一種稱“知印，是修煉時隻作為觀想對象，而不以真正的女性為修煉對象；另一種稱“行印”或“業印”，即真正以女性（“明妃”、“佛母”）為修煉對象。據說，隻有在家修行者才可用業印方法練習，出家人是不許用業印練習的。而且在練習此法時，還有個前提，就是男女雙方都必須符合特定條件，主要一方必須具備相當的瑜伽功基礎，能對自己的意念以及氣脈、明點等等方麵控製自如。對女性的要求則更為嚴格。
所以說，男女雙修的佛道修習的人定功夫，決不是邪淫之為。這種修習法密教一般也不鼓勵去修，為的是避免因此而導致出偏差。而敦煌莫髙窟第465窟所存的各類男女雙身修的壁畫，也為深入研究人類的行為和生理、心理過程，提出了新的課題。
敦煌遺書P.2702寫卷背麵有4幅男女雙身合修禪定圖，以及莫高窟第465窟中的雙身合修壁畫。
雙身合修，以氣功的方法控製引導，令凝集於胳下能量轉化為拙火，循中脈上升於頂，據稱拙火上升，頂上百菩提熔化降下的過程中，會依次生起喜、勝喜、妙喜、俱生喜4層喜樂，當俱生喜生時，能自然露出心體光明，而獲“俱生智”。
敦煌文獻對雙人修均有理論和方法記載，它可以說是一種在兩性交媾的特殊情況下修禪定、氣功的方法。
天津市藝術博物館藏136(4508)號，載有五代絕句：“禪定消長夜，心中不覺寒。常規三界內，無有一人安。”此詩抒寫了僧人坐禪的體會。
除上述之外，敦煌文獻中還有“脈輪”，包括頂輪、喉輪、心輪、臍輪四大部分。它對氣功修習至關重要。“明點”意為“精滴”。它十分注意固精、溶明點，與道教內丹煉精化氣之說相似。
(3)敦煌的禪定窟。
敦煌莫髙窟保存有許多禪定窟。如：十六國、隋時期的1268、267、269、270、271等窟。其中268窟為主室，南壁西側為267窟；南壁東側為269窟；北壁東側為270窟；北壁西側為271窟。這4個禪窟，每窟僅能容1人靜坐修定。這是為現代氣功研究所保存的珍貴實物。
敦煌莫高窟壁畫、塑像、文獻、經卷等中所保存的禪定理論、方法和念佛誦經、手印、脈輪、明點等等，在一定程度上揭示了氣功的內幕和機理。
佛家豐富的禪法，深湛的禪理，奇幻的禪境，充分證實了氣功是一種特殊的思維方式，它典型地代表了中國古代傳統文化的深層內蘊。從而，可以窺視到氣功不僅是古人修身治學的基本方法，更主要的是古人認識世界、改造自身的根本途徑。4.健美