對於上述學者的不同意見或質疑，1991年費先生作了回應，他說：“中華民族多元一體格局的問題提出來了，但不是一下子就能解決的。”他對民族的整體概念和中華民族多元與一體作了進一步的闡明。他認為，“名稱和概念的含義是隨時代發展、事物發展、學科發展而發展的，最重要的是要把握中華民族和56個民族發展的客觀科學內容，已有的概念在不斷思考中更新。科學的概念，不要作表決，不急於取得一致。關鍵在於它是否有利於促進社會發展，是否有利於促進學科發展。幾十年，我們都在思考，在探索，現在還有許多問題不能完全解決，但解決得比以前多了一些。今後還靠大家來完善、補充、發展。”“民族也是有發展的，有量變，有質變，中國各民族是客觀的存在，實際生活中產生的整體認同意識也是客觀存在，用多元與一體來概括，這是名與實的辯證關係，不能離開這個哲學基礎。中華民族已有長期發展的曆史，今後還會既有各民族的繁榮發展，又有中華民族的共同發展，同和異還會長期存在，不是說同就完全一樣，說異就大家分開。各民族的差異和中華民族的共同發展是辯證的統一關係。”
經過20世紀90年代初的這次大討論，學界在如何理解“多元”與“一體”上取得了一定的共識，即“多元是指各兄弟民族各有其起源、形成、發展的曆史，文化、社會也各具特點而區別於其他民族；一體是指各民族的發展相互關聯，相互補充，相互依存，與整體有不可分割的內在聯係和共同的民族利益。這種一體性，集中表現為祖國的完全統一和整個中華民族的大團結，表現為共同關心與爭取祖國的完全統一與繁榮富強，大陸上各民族堅持黨的領導和社會主義道路。所以，中華民族的一體，是指各兄弟民族的多元中包含不可分割的整體性，而不是其中某個民族同化其他民族，更不是漢化，或者馬上實行民族融合”。
幾年後，費孝通又對“中華民族多元一體格局”理論作了進一步的闡述。1997年他指出：“這篇講話（《中華民族的多元一體格局》）的主要論點：第一是中華民族是包括中國境內56個民族的民族實體，並不是把56個民族加在一起的總稱，因為這些加在一起的56個民族已結合成相互依存的、統一而不能分割的整體，在這個民族實體裏所有歸屬的成分都已具有高一層次的民族認同意識，即共休戚、共存亡、共榮辱、共命運的感情和道義。這個論點我引申為民族認同意識的多層次論。多元一體格局中，56個民族是基層，中華民族是高層。”
第二“是形成多元一體格局有個從分散的多元結合成一體的過程，在這過程中必須有一個起凝聚作用的核心。漢族就是多元基層中的一元，由於他發揮凝聚作用把多元結合成一體，這一體不再是漢族而成了中華民族，一個高層次認同的民族。”
第三“是高層次的認同並不一定取代或排斥低層次的認同，不同層次可以並存不悖，甚至在不同層次的認同基礎上可以各自發展原有的特點，形成多語言、多文化的整體。所以高層次的民族可說實質上是個既一體又多元的複合體，其間存在著相對立的內部矛盾，是差異的一致，通過消長變化以適應於多變不息的內外條件，而獲得這共同體的生存和發展。”
費先生的這個新闡述，豐富和發展了他自已在1988年提出的中華民族多元一體格局理論，進一步突出了多元一體理論結構論的特點。
但是，討論並沒有停止，l998年和少英從我國民族關係的“兩個離不開”，即，漢族離不開少數民族，少數民族離不開漢族的層麵，進一步思考“多元一體”格局理論。他指出，從“多元一體”格局理論的層次上看，“一體”指的是“全國56個民族已然形成中華民族這一整體，共同生存於這個整體之中”；“多元”指的是“每個民族都自成其為一元，56個民族可以說也就構成了56個元”但是結合“兩個離不開”來看這個問題時，顯然漢族是“一元”，其他55個少數民族是另“一元”。這樣“似乎難以真正體現多元的境況”。再者，從我國的民族關係上來看，55個少數民族與漢族之間，55個少數民族之間已形成不可分離的關係。由此，和少英指出，“屬於中華民族大家庭中的56個民族相互之間全都離不開是多元一體格局題中應有之義”。