古代醫學家吸收了陰陽對立統一的思想，用以闡釋生命現象的基本矛盾和生命活動的客觀規律，並貫穿於中醫臨床診斷、治療用藥等各個環節，成為中醫藥學之綱領。
陰陽作為中國古代哲學的一對範疇，它也與人類的日常生活息息相關。
傳說，有一棵扶桑神樹矗立在遼闊的東海邊，樹枝上棲息著十個太陽。它們是東方神帝俊的兒子，每天輪流上天遨遊。有一天，十個太陽不聽東方神的指示，都搶著上天，結果天空中就同時出現了十個太陽。大地頓時草枯土焦，炎熱無比。白天，人們都躲在山洞裏，隻在晚上出來覓食。猛獸毒蟲就借機殘食人們，人類瀕臨滅絕的危險。消息傳到天上，帝俊就賜給後羿一張紅色的弓、一袋白色的箭，叫他下到凡間，一麵懲治妖魔怪獸，同時也教訓他的這些太陽兒子。
可十個太陽根本沒把後羿放在眼裏，照樣一齊上天耀武揚威。後羿大怒，選擇背蔭之處瞄準太陽拉弓搭箭。他箭無虛發，一連射下九隻太陽。太陽一死，火光自滅，人們頓感清涼爽快，於是歡呼雀躍。帝俊見九個兒子死了就大發雷霆，不準後羿再回天庭。同時也令僅存的這隻太陽日日遨遊，不得休息。
這就是大家熟知的“後羿射日”的故事。後羿為什麼射日？其目的之一就是為了維護世界上陰陽的平衡。一個太陽一個月亮，白晝與夜晚相互交替，自然和人相安無事。
這是最樸素的陰陽觀點，一些哲學家觀察到這些之後就以之闡明了自然界各種事物最基本的規律，就形成了陰陽學說。陰陽學說被古代醫家所吸收，並與長期所積累的解剖、生理知識和疾病防治經驗相結合，從而形成中醫學的陰陽學說。
比如說，如果有人長了膿瘡，西醫會認為是細菌感染，一定要用抗生素；而中醫卻認為，這和患者體內的陰陽氣血失衡有關，需要用中藥調整體內的陰陽。
陰陽學說在中醫學中的應用表現在以下幾方麵：
（1）用以說明人體的病理變化。中醫學認為疾病的發生，是人體的陰陽關係由於某種因素之影響而失去相對的平衡協調，從而出現偏盛偏衰的結果。疾病的發生、發展，關係到邪正兩方麵，正氣與邪氣，以及它們相互作用、相互鬥爭的關係，都可以用陰陽來予以概括說明。
（2）
用以說明人體的生理功能。中醫生理學認為，人體的生理功能，一方麵表現為機體防禦邪氣侵襲的整體防護功能，另一方麵則表現為髒腑組織的功能活動。如從機體的防禦機製來看，陽在外，擔任保護人體內部組織器官的衛外機能；陰在內，它是陽的物質基礎，並為陽不斷地儲備和提供能量補充。
（3）
用以說明人體的組織結構。如從人體的部位與結構來看，外為陽，內為陰；背為陽，腹為陰；頭部為陽，足部為陰；體表為陽，內髒為陰。體表之中的皮膚為陽，肌肉筋骨為陰；髒腑中六腑為陽，五髒為陰。五髒之中，則心肝為陽，肺脾腎為陰。但是，這種陰陽屬性不是絕對的，它們常根據一定條件的改變而改變。
（4）
用於疾病的診斷。如在望診中病人膚色鮮明者為陽，晦暗者為陰；聞診中病人說話呼吸語音高亢宏亮而多言者，或呼吸氣粗聲大者為陽，語音低微無力少言沉默者，或呼吸微弱聲低氣怯者為陰；問診中病人口幹而渴者為陽，口潤不渴者為陰；切診中脈數、脈浮大洪滑者為陽，脈遲、脈沉澀細小者為陰。通過辨別症狀的陰陽，才能進一步辨別疾病的陰陽屬性，辨別疾病的部位、性質、程度、變化等。
（5）
指導臨床治療用藥。由於病症有別，本質不同，所以治療方法也是多種多樣。中醫臨床根據協調陰陽的精神，提出了“寒者熱之”、“熱者寒之”、“虛則補之”、“實則瀉之”以及“陽病治陰，陰病治陽”等眾多的治療方法。
延伸閱讀
古代藥店標誌為陰陽魚
陰陽學說的生動表達——太極圖又稱陰陽魚，也常見於中醫古典醫籍之中，古代藥店也常以陰陽魚作為招牌——即在店門口兩邊各掛一串膏藥，膏藥下麵是一條魚，左右兩側的魚合起來便形成了“陰陽魚”。用陰陽魚作為中醫標誌，不僅說明中醫理論體係的形成與《易經》和陰陽學說有關，另一涵義也是說，醫生和藥鋪就像魚一樣，晝夜睜著眼睛，隨時能為病人看病、取藥。