第四，注意追查材料來源。《天工開物》雖大部分據作者調查而寫成，但也有不少地方引自前書，尤其是《本草綱目》被引用達20餘次，然常常不標出處，如不追查資料來源，便以為是《天工開物》所特有。研讀時，宜首先看《本草綱目》有關內容，再與本書對照。如《乃粒》雲：“深耕二字，不可施之菽類，此先農之所未發者。”查《本草綱目》卷二十四《穀部·大豆》，則可知漢代《氾勝之書》便稱“夏至種豆，不用深耕”，則先農早有此說矣。《乃服·造紅花餅法》、《五金》中造胡粉、黃丹法、《丹青》中升煉銀朱、《曲蘖》中造神曲法、《珠玉》中瑪瑙種類及測試法及《五金》中製銅合金原料等處，都直接引自《本草綱目》有關卷，而未言明。《珠玉》章論瑪瑙種類時列出“錦纏瑪瑙”，蓋因將《本草綱目》卷八所稱“錦紅瑪瑙，其色如錦。纏絲瑪瑙，紅白如絲”二句錯斷句點，把“纏絲瑪瑙”誤為“錦纏瑪瑤”。有時《本草綱目》本身弄錯，《天工開物》引用時也跟著一錯再錯，這就要再追查《本草綱目》所引的古書。如《珠玉》章說“晉人張匡鄴作《西域行程記》”，引自《本草綱目》卷八，但再查宋《圖經本草》及《新五代史·於闐傳》，始知五代後晉人高居誨作《於闐國行程記》，《天工開物》將書名及作者以及其年代均弄錯。這些例子說明，研究《天工開物》必須追查材料來源。
第五，《天工開物》引用古書時不迷信舊說，具有批判精神，這是可貴的。其批判常常是正確的，但誤批之處也不少，尤其是《本草綱目》中的正確說法在《天工開物》中被當成“妄說”來批，這些地方在研讀時要加以澄清。例如，《珠玉》章說蛇腹、龍頷、鮫皮有珠為妄說，認為《後漢書·孟嚐傳》中所載“合浦還珠”受清官感召之說毫無根據，這都是正確的批評。但同章將《本草綱目》卷八所說琥珀由鬆脂久埋地下所化和琥珀能引拾輕芥的正確說法當作“陋妄”來批，便不妥當了。否定《於闐行程記》所載烏玉河產玉的可靠記載，也是出於誤斷。《燔石》針對《本草綱目》卷十一所載近溫泉處產硫、琉球產土硫磺、廣南有水硫磺，認為“皆誤記”，這種批評也是不對的。《丹青》章引《本草綱目》卷九升煉銀朱法後，接著又評其中所載汞海（天然界中的水銀湖）、草汞為“無端狂妄”，這是誤評。根據古今中外學者的研究，馬齒莧（Portulaca oleracea L.）葉節間含汞，已是定論，毋庸懷疑。還有一種情況是《天工開物》引古書某說本不足據，卻未加評語而照錄。如《乃粒》稱“江南麥花夜發，江北麥花晝發，亦一異也。”引自《本草綱目》卷二十二，此說由來已久，但現在看來此說是不科學的。