我們前麵談到研讀《天工開物》時所需要注意的幾個事項，這裏再進而談談怎樣讀此書，怎樣研究此書的一些方法。如果掌握不好這些方法，讀起來盡管能吸取其中不少精彩的思想和內容，但常常不容易抓住要領，而無法深入下去或更多地消化它。在敘述研讀方法前，必須考慮到以下的情況，《天工開物》這部書是三百多年前寫成的古典科技著作，作者所處的時代和討論對象的發展程度已與今大不相同，無論在行文、用語或書寫體例上都不同於近代著作。但它又與一般文史作品有別，充滿著技術內容，其探討對象是人與自然界的關係和人通過技術改造並作用於自然界的生產技術過程。這需要既用自然科學的方法，也用社會科學的方法來研究它。
由於《天工開物》成書及刊刻時間倉促，作者沒能理順各章的相互關係並提供一個更合理的章節安排。為了更好地研究這部作品，我們在尊重作者“貴五穀而賤金玉”的思想前提下，建議將現有的十八章按其類別的相近性和內在聯係劃分為七組，然後再一組一組地加以研讀。第一組：《乃粒》、《粹精》、《作鹹》、《甘嗜》、《膏液》，講穀物種植、加工和副食品，都與民食有關。第二組：《乃服》、《彰施》，講養蠶、紡織及染色，與人民穿衣有關。第三組：《五金》、《冶鑄》、《錘鍛》，論金屬及合金冶煉與加工，屬於重工業。第四組：《陶埏》、《燔石》，屬於原材料工業。第五組：《殺青》、《丹青》，屬於文教輕工業。第六組：《舟車》、《佳兵》，屬於交通運輸與兵工業。第七組：《曲蘖》、《珠玉》，與國計民生無關緊要的部門。這種按組劃分各章，比按原書自然順序來讀各章，也許有較大的合理性。以金屬工業為例，原書先談冶鑄和錘鍛，後談五金冶煉，似乎本末顛倒。論述穀物種植，應緊接跟上穀物加工，但原書卻在中間插上《乃服》及《彰施》，因而使糧食生產的兩章脫節。我們在選讀時，為避免這些問題出現，對原書各章順序作了調整。
研讀《天工開物》時，要配合研讀明代出版的其他有關科技著作，互相之間取長補短，對諸家成果兼容並蓄，方能擴充對當時中國整個科學麵目的認識。例如，《天工開物》農業部分各章中沒有提到當時從外國引進並正在一些地方推廣的玉米、甘薯和落花生等，對棉花栽培和棉紡敘述也不太詳，如結合研讀《農政全書》、《本草綱目》等書，便可填充這些不足之處。《佳兵》章沒有給出詳細的火藥配方及製法，火器中漏掉火箭等重要武器，這部分薄弱環節可從研讀《武備誌》火攻篇而得到充實。有時通過與諸書對比可看出《天工開物》的獨到貢獻。如《乃服》章敘述將早雄（一化性蠶的雄蛾）和晚雌（二化性蠶的雌蛾）以及白雄和黃雌雜交，育出新蠶種的技術，便不為其他農書所載。而關於采礦、冶金及鑄造技術，在所有中國古書中以《天工開物》記載最為詳盡與具體，關於造紙部分，如將《天工開物·殺青》章與王宗沐（1523～1591）的《江西大誌·楮書》篇加以對照閱讀，便會相得益彰。
為了查對《天工開物》所引前代古書中的材料，還最好再翻看一下有關原著的原文，再與《天工開物》引文作一對比，這樣往往會發現問題。例如，《五金》章稱：“《山海經》言，出銅之山四百三十七，或有所考據也”。但再查《山海經·中山經》後，發現所載“出銅之山四百六十七”。顯然，是《天工開物》將四百六十七誤作四百三十七。又《彰施》章雲：“老子曰：甘受和，白受采。”但遍查《老子》全書，不見有此句。經再查《十三經索引》，知此句源於《禮記·禮器》篇。原文是：“君子曰：甘受和，白受采。忠信之人，可以學禮。”則《天工開物》又將“君子”誤作“老子”矣。《舟車》章有言曰：“浮海長年，視萬頃波如平地，此與列子所謂禦冷風者無異。”“禦冷風”頗費解，查《列子》無此語，但在《莊子·逍遙遊》篇內稱：“夫列子禦風而行，泠然善也。”此處“泠”（línɡ）作輕妙解，則可知《天工開物》早期版本將“泠”誤印為“冷”。又《珠玉》章雲：“晉人張匡鄴作《西域行程記》，載有烏玉河，此節則妄也。”查《藝文誌二十種綜合引得》，並無此書，再查考其他史書，始知此處所引實為五代後晉人高居誨所著《於闐國行程記》，因其與鴻臚卿張匡鄴同行，後人誤認此書為張氏所著。經查到高居誨原著後，證明其所述於闐烏玉河產玉為確鑿事實，亦有他書為證。則此節非妄也。如果這類地方不據原始文獻查對，而照引《天工開物》，隻能以訛傳訛。