但是由於封建禮教的束縛，文化的落後，嚴重地阻礙了它的發展。那些“身體發膚，受之父母。不可毀傷，孝之始也”的孝道，觸犯了就要遭到殺身之禍。曆史上有這樣的例子：南朝時，一個叫唐賜的人臨死前吐了20多條蟲子，他的妻子和兒子按照他臨死前的囑咐，解剖了他的屍體，結果統治者以不孝不道的罪名，將母子斬首於街頭。刑律規定不能剖屍驗病，把這視為是對死者的傷害。
如果說在我國醫學解剖史上值得大書特書的，當推清代醫學家王清任（1768—1831）。王清任是河北玉田縣人，他精於醫術，在北京一帶頗負盛名。在行醫的過程中，他深感解剖知識的重要，“業醫診病，當先明髒腑”，否則“本源一錯，萬慮皆失”。他在研究了古代的一些髒腑書籍和圖形後，發現裏麵存在著不少矛盾，於是憾慨地說：“著書不明髒腑，豈不是癡人說夢，治病不明髒腑。何異於盲子夜行。”於是他致力於人體髒腑的研究達42年。
據王清任自述，他在30歲那年，正在河北灤洲稻地鎮行醫，當時小兒瘟疫流行。每天都有病兒被奪去生命。在窮人以席代棺的義塚墓地，王清任每天清晨都去觀看犬食之餘的小兒屍體，十天之中，約看了二三十具完整的兒屍，可惜的是他始終沒有見到橫隔膜。以後在奉天和北京，他又三次去刑場察看屍體。在沒有屍體供解剖研究用時，他就飼養家畜做比較解剖實驗。他是我國解剖史上第一個做動物解剖實驗的醫學家。然而，他還是沒有看到人的膈膜形態、位置，很不甘心。有一次，他出診看病，偶然遇見一個親眼見過橫膈膜的人，王清任大喜過望，虛心求教，終於弄清了橫膈膜的位置。公元1830年，王清任根據臨床心得編寫並繪有髒腑圖譜的《醫林改錯》一書刊行於世。
對於清代著名的醫學家王清任對於人體解剖的大膽實踐，一些封建禮教的維護者辱罵其為“教人於貲胳堆中，殺人場上學醫道”。凡此種種無不影響我國解剖學的進步。
綜上看來，中國醫學的理論在奠基時期就有著解剖實踐的基礎，雖然這種解剖在今天看來是粗淺的、簡單的，但卻可以看出古代醫學家對科學事業的大膽探索和實踐精神。
六淫七情的病因學說
枯林孤棹圖中國醫學認為人體內部各髒腑組織之間，以及人體和外界環境之間，永遠處於相對平衡人體和外界環境之間，永遠處於相對平衡的矛盾對立狀態之下，一旦這種相對平衡遭到破環，人就要生病。然而，都有哪些因素會破壞這種相對平衡呢？
早在漢代，著名醫學家張仲景提出了“千般疚難，不越三條”的觀點。他認為，一是經絡受了外邪，傳入髒腑，引起內部疾病；二是四肢九竅受邪，血脈壅塞，引起外部疾病；三是縱欲過度，或受了金刃、蟲獸的傷害而引起的疾病。到了宋代，陳無擇根據張仲景的觀點，提出了著名的“三因論”，把致病因素分為“外感六淫”、“內傷七情”以及飲食不節、勞倦、外傷等等，形成了中醫的病因學說。
“六淫”，是指風、寒、暑、濕、燥、火六種自然氣候（名叫“六氣”）的“異”常變化。在通常情況下，隨著季節的變遷，出現上述六種氣候特點，本是正常的現象。但是如果氣候反常，暴寒暴暖，當寒反暖，當熱反涼，都容易使人受病。六淫致病，自外而入，稱為外因。《三因極一病證方論》：“然六淫，天之常氣，冒之則先自經絡流入，內合於髒腑，為外所因。”
“七情”，是指喜、怒、憂、思、悲、恐、驚七種不同的情誌變化。如果人在精神上受到過度刺激，喜怒憂思過於強烈，會有害於人的五髒。中醫常講的“喜傷心”、“怒傷肝”、“思傷脾”、“憂傷肺”、“恐傷腎”就是這種意思。《紅樓夢》中的林黛玉，本來體質就弱，再加上父母雙亡，寄人籬下，時常嗟歎自己命運不好，憂愁自己和寶玉的婚事無人做主，所以身患肺病，吐血而死。王熙鳳貪婪過度，經常耍弄權術，用心太過，喜怒無節，既傷肝又傷脾，所以身患下血淋漓之症，的確是“機關算盡太聰明，反誤了卿卿性命”。
在中醫的病因學中，有兩個觀點非常可貴：
第一，“邪氣傷人，非常則變。”這裏的“邪氣”是泛指致病因素，意思是氣候變化、飲食勞逸、精神活動，如果超越了正常限度，就會引起疾病。
第二，“正氣存內，邪不可幹。”這裏的“正氣”是泛指人體抵抗病邪的能力。意思是正氣旺盛，邪氣就不易侵犯人體。
盡管我國古代醫家無法逾越時代的局限，對病因學的研究不可能精細到隻有在高倍顯微鏡下才能見到的病菌、病毒、螺旋體、立克次體等的水平，但是他們在精細觀察和深入思考的基礎上，還是難能可貴地推測到了“從來者微，視之不見。聽而不聞”的致病因素的存在。如早在秦漢之際《靈樞·玉版篇》上就曾經預見到癰疽膿血的形成。不是從天而降，也不是由地而生，是積微所造成的。《靈樞·賊風篇》上也說：有的人沒有感覺到寒熱的變化或精神上的刺激，也找不到明顯的誘因而突然發病，是不是鬼神在作怪呢？實際上這是有“故邪”潛留體內，當人的精神情誌有輕微的變化，氣血運行稍有紊亂的時候，就會導致正邪相搏而病，這種致病因素細微莫測，看不見、聽不到，就好像是鬼神在作怪一樣。古人在當時的條件下，能提出“故邪”、“積微”的見解，明確表示了反對鬼神迷信思想，實在是太難能可貴了。