科茲洛夫1908—1909年，到黑水城探險時，聽到當地居民的傳說：漢人軍隊圍攻黑水城，難以攻下，采用堵塞流經黑水城河道的辦法，使城裏斷絕水源，無法生活，突圍失敗，全軍覆沒，城池遭到嚴重破壞而廢棄。前蘇聯E·И·魯勃·列斯尼切欽科和T·K·沙弗拉諾夫斯卡婭合著的《黑水死城》一書，讚同這個觀點，說這事“完全有可能，因為古代中國軍隊不隻一次地使用過這種辦法來攻取被圍困的城池”。斯坦因也基本上持這種觀點：“黑城子之放棄由於灌溉困難的說頭，有許多證據可以相信”。景愛先生在1994年發表的論文《額濟納河下遊環境變遷的考察》和其後出版並惠賜於我的專著《沙漠考古》中，不僅讚同這一觀點，而且把阻塞河道，迫使黑水改道，使黑水城廢棄的時間定在明洪武五年（1372年）。明朝馮勝率軍攻打亦集乃路之時，並指認了明軍所築的堤壩。在該書《居延海的消失》一節中說：額濟納旗的群眾有一傳說稱：元朝守城將軍叫做黑將軍，武藝高強，英勇善戰。攻城的明軍久攻不下，彈糧將盡，馮勝甚為焦急。這時有一個南方人出主意說：“隻要斷絕了黑城的供水，管叫他們舉手投降”。馮勝采納了這個建議，在黑城上遊令士兵修築一道攔河壩，完全斷絕了弱水下遊的河水。黑城失去了水源，守城將士渴得頭腦發昏，為了保全城中官兵的性命，黑將軍下令打開城門投降，從而結束了這場戰爭。為了核實這個問題，我決定前去考察傳說中的攔河壩。我詢問了當地人士，他們告訴我，傳說中的攔河大壩確實存在，現在這裏稱作保都布拉格，額濟納旗（縣）吉日嘎郎圖蘇木（鄉）烏蘭格日勒嘎查（村）的一個牧點。我們乘車到達這裏走向舊河口，在這裏果然有一座高大的沙壩，橫亙在河道上，將河道完全堵死。我目測了一下，沙壩長約1000米，寬約100米，高約20米。在沙壩上生長有樹木、灌木和篙草，已變成了固定沙丘。沙壩的周圍全是平坦的戈壁沙地，沙壩確實是人工堆築，而不是自然形成的。在現場勘察以後，我相信民間傳說中築壩斷水之事並非子虛烏有，確實是有所根據的。弱水改道發生在明朝初年，經過戰爭的破壞和水源的斷絕，黑城一帶完全斷絕了人煙，一直到了清朝雍正年間，從俄國伏爾加河流域歸來的土爾扈特部蒙古遷移到這裏，才算重新有了人跡……。
朱震達、劉恕、高前兆等著《內蒙西部古居延—黑城地區曆史時期環境的變化與沙漠化過程》一文，根據黑水城早期出土文物和文獻“資料最晚年限為至正十九年（1359年）”。認定黑水城廢棄於14世紀前期。認為廢棄的原因是多方麵的，既與元末明初戰爭破壞水利建設、灌溉水源斷絕有關；也與明代大力開發長城以南、嘉峪關以西的黑河中上遊地區和移民屯田，用水量大增，而黑河下遊用水量大減有關。
1983—1984年，內蒙古文物考古工作者在黑水城進行科學發掘，獲得北元宣光元年（1371年）的文書《律令與詞訟類中的驅口案》和天元五年（1379年）鑄造的銅印等可靠的證據，對上述馮勝築壩堵河說法提出反對意見，認為黑水城的廢棄並非明初馮勝西征之過。因為《明史·馮勝傳》已經明確記載：馮勝軍“至甘肅，元將上都驢迎降。至亦集乃路，守將卜顏帖木兒亦降”。可見，黑水城是主動投降，而非被圍攻迫降、屠城的；出土的北元文書、銅印證明1371—1379年黑水城仍有人居住；元將擴廓帖木兒也在這裏據守。至於黑水城廢棄的原因，該文認為，是由於明朝無暇顧及，河渠不修，水絕流造成的。
李並成先生也反對馮勝西征導致黑水改道、黑水城廢棄之說。他在《居延古綠洲沙漠化考》一文中提出：檢之史料，未能查到馮勝軍築壩堵塞河道、毀壞水利設施的有關記載。即使有堵塞河道之舉，黑水城被攻取後，也會很快恢複河道原貌，恢複生產。何至於徹底荒棄？“須知弱水不是黃河，其下遊水量遠非黃河可比，加之平原廣袤，故河道恢複並無困難”。“將偌大一片綠洲及其眾多城址、遺址的廢棄歸結為某次偶發事件，這種可能性實在難以令人置信（除非遭遇小行星的撞擊）”。同時李文也談到《明史·馮勝傳》的記載和新出土的北元文書、銅印。認為黑水城廢棄在14世紀。他讚同朱震達等先生的上述多因素說，並有所補充說：明代國勢較弱，在邊疆多取守勢，明長城內縮，“黑河中遊北部的金塔綠洲和下遊的居延綠洲完全被棄置於長城之外，長期以來無人管理，任憑風蝕沙壓，大麵積農田棄耕拋荒後，在既缺自然植被又無人工植被（栽培作物）防護的狀況下，風沙活動迅速加劇……加以周邊沙漠入侵，綠洲遂向荒漠演替”。