選擇留下，是個改變他一生命運的決定。這個決定導致他的生命之鍾在五年半的時間裏停止擺動，和他的家人、朋友都失去了聯係。
在1967年10月26日，麥凱恩駕駛的A-4天鷹式攻擊機被一枚北越的防空導彈擊落，墜毀在白竹湖附近，在彈射出飛機時他還摔斷了雙臂和一條腿。在他逐漸恢複意識後，發現自己已被越軍俘虜。麥凱恩被轉移至華盧監禁所，一個被美軍俘虜們戲稱為“河內希爾頓”的地方。他被監禁於一間小囚房裏，並且每天都會被審訊。由於麥凱恩拒絕提供任何情報，他經常被拷打至失去意識為止。
當北越人發現麥凱恩的父親是美軍太平洋指揮總部(CINCPAC)的總指揮官——所有美軍在越南的部隊的指揮官時，給了他被釋放回國的機會，但他斷然拒絕了交換條件。
有一次在經過嚴厲而殘忍的拷打後，麥凱恩的手臂已被打到抬不起來，他被迫簽下一份由越南文寫成的反美宣傳文件。依據麥凱恩的說法，誤簽這份文件是他身為戰俘的數年裏最感到後悔的一件事。不過在麥凱恩簽下文件後，北越人覺得這份文件不夠好而沒有使用，試著強迫他簽下第二份聲明，這次麥凱恩拒絕了。由於不斷拒絕北越的要求，麥凱恩每周固定都要被拷打兩到三次。
麥凱恩在北越當了五年半的戰俘，大多數時間都被拘禁於著名的“河內希爾頓”，最後他終於在1973年被釋放。由於最初拒絕北越提供的特殊釋放機會，他被額外拘禁了將近五年的時間。在被釋放後不久，麥凱恩重新返回崗位，成為海軍VA-174“地獄剃刀”飛行中隊的指揮官。這是一支駐紮在東海岸、配備A-7海盜式攻擊機的海軍訓練中隊。
獲釋後，他繼續在海軍服役。2000年輸給布什，八年後卷土重來 ——麥凱恩的從政經曆 1981年，麥凱恩退伍，榮歸故裏的他，行囊中滿載銅心勳章、銀心勳章、功績勳章、紫心勳章和十字飛行榮譽勳章。麥凱恩退伍前最後的職務是美國海軍和參議院的聯係人，這個職務也為他日後進軍政壇奠定了堅實的人脈基礎。
退伍當年，麥凱恩與辛迪·亨絲莉結婚，並且遷徙至亞利桑那州首府菲尼克斯。他在那裏替嶽父經營的百威啤酒代理分銷公司工作，並開始得到當地商業團體的政治支持。當亞利桑那州任職最久的共和黨眾議員約翰．雅各·羅德宣布退休時，麥凱恩以共和黨籍參選1982年的眾議員選舉，最後成功當選。在1986年，順應共和黨參議員巴裏。戈德華特的退休，麥凱恩也成功在接下來的選舉中接替他的參議員職位。
1997年，麥凱恩被《時代周刊》命名為“美國最具影響力的25人”之一。麥凱恩在1999年所寫的回憶錄《將門虎子))成為了最暢銷書。
2000年，麥凱恩競選總統，在共和黨初選中被布什擊敗。
由於布什有曾經當過總統的老父親撐腰，麥凱恩不得不重點出擊。他跳過了在艾奧瓦州的共和黨初選，專注於贏得新罕布什爾州的初選。在訪問至一個城鎮時他發表了10分鍾的演講，接著宣布他將會留在那裏回答每一個人的問題。他在新罕布夏州逗留了二百多個地點，幾乎走遍了新罕布什爾州的每一個鎮，試圖以這種“零售政治”的宣傳方式戰勝布什的家族名聲。
他的努力沒有白費，50歲的卡羅琳·沃基克說：“麥凱恩是個男人，可布什是個孩子，也許是個好孩子，但終究是個孩子。”最後，他贏得新罕布什爾州初選，瞬間成為炙手可熱的人物。
當時的分析家預言，若是麥凱恩在南卡羅萊那州獲勝，他將會擁有無可抵擋的獲勝氣勢。然而，麥凱恩輸掉了南卡羅萊那州的初選。使得布什重振選舉氣勢。美國學者認為，麥凱恩在南卡的失敗歸咎於布什動員了該州的福音派選民，同時麥凱恩的選戰策略有失誤，將布什的誠實與時任總統克林頓做比較的競選廣告，給選民的感覺過於負麵。
據說，布什陣營還發起了一次虛假的電話民意調查以抹黑麥凱恩，鎖定南方的保守派共和黨選民為目標。麥凱恩實際上的確從孟加拉國領養了一個黑人女孩兒，布什陣營於是在電話中質問選民，如果麥凱恩與黑人婦女有混血私生女，他是否還支持麥凱恩。這種抹黑論調在布什的智囊卡爾·羅夫所著的《布什的大腦》一書裏也出現過。
在南卡被擊敗後，麥凱恩贏得了密歇根州和政治基地亞利桑那州的初選。不過，麥凱恩在弗吉尼亞州的一次演講中犯下了致命的錯誤：在演講中，麥凱恩批評了右派的福音教派名人佩特·羅伯森和傑裏．菲維爾，當時，他罵福音教派牧師菲維爾是“狹隘的特工”，這個錯誤最終使他在弗吉尼亞落敗，並在兩周後的“超級星期二”初選中連續輸掉13個州裏的9個州。