然而，這種“血誠”愈多，“憤懣”愈甚，曾國藩對政局的發展愈來愈關注，對朝廷的希望也愈來愈迫切，愈感“受恩深重，不能不報”。於是，他壯著膽子，於1851年5月再上一疏，語詞激烈，鋒芒直指鹹豐皇帝。此疏主要目的是為了杜絕皇上“驕矜”之氣和扭轉廷臣“唯阿之風”。關於這個問題，他在家書中說得非常明白，當今皇上雖天資聰穎，但“滿廷臣工，遂不敢以片言逆耳，將來恐一念驕矜，遂至惡直好諛。”因此，他不顧個人利害得失，決心犯顏直陳。他指出此疏的目的在於：
“是以趁此元年新政，即將此驕矜之機關說破，使聖心日就兢業而絕自是之萌。此餘區區之本意也。現在人才不振，皆謹小而忽子大，人人皆習脂韋唯阿之風。欲以此疏稍挽風氣，冀在廷皆趨於骨，而遇事不敢退縮。”
他不滿鹹豐帝的“官樣文章”，凡上奏或者“留中”不發，或者以“無庸議”了之，這對於如火如荼的形勢，無異於拒絕了任何“靈丹妙藥”，也就隻能走向死亡。曾國藩是個有作為者，他不願與王朝共沉淪，他要振臂一呼，為王朝鼓與吹。
此疏警告鹹豐皇帝：“一念自矜，則直言日覺其可憎，佞諛日覺其可親，流弊將靡所底止。臣之過慮，實類於此。”“此疏一上，鹹豐帝覽奏大怒，摔諸地，立召軍機大臣，欲罪之。”幸虧祁雋藻、季昌芝為之苦苦求情，才使曾國藩免於獲罪。此後，曾國藩雖不敢直言批評皇帝，但他對朝廷大政方針仍為不滿，尤其是太平軍斬關奪隘、所到之處貧苦農民紛紛加入、各地會黨更趨活躍的局勢，使得他憂心如焚，一度發出了“補天倘無術，不叫且荷鋤”的感歎。
眾所周知，中國專製政體，曆朝沿而加甚。到了清代，體製益嚴，君臣之分，儼若天淵，奏疏措詞，務為巽順；遇有諫諍，必先竭力頌揚，然後折人本題，字斟句酌。因而，清末奏議之文，去古人伉直之風遠甚。曾國藩能在一二年之內連上數折，不厭其煩，屢屢陳言；尤以不阿諛奉承，不顧利害得失，犯顏批評皇上，言中時弊，詞令尖辣，在一般官僚士大夫中確為少見。曾國藩之所以能有此舉動，除了他受中國古代剛直大臣遺風影響之外，更重要的在於他對國內政治的密切關注，對中國傳統文化的全力維護，對清朝統治集團的血性忠誠，一句話，他的使命感和道義感使他放膽高論，不避斧鉞。
小心駛得萬年船。
1861年，慈禧太後和奕聯合發動了政變，打敗了肅順為首的八大臣，而曾國藩也可能被卷入這場清朝內部的政治鬥爭中去。曾國藩早就和肅順等人相結好，但最後還是能安然渡過危機，這不能不說是曾國藩官場經驗豐富、老於世故的緣故。曾國藩和肅順並沒有直接往來，而且也很注意細節，所以並沒有給人留下把柄。這就是說肅順與湘軍集團，可以通過郭、王等人進行間接甚至直接交往。不過由於肅順身敗名裂，這類資料已被銷毀，交往的具體情況已無法弄清楚。但在一些私人記載中，仍偶有記述。如九年樊案發生，官文欲趁機打擊左宗棠。此案後來和平了結，左未受辱。胡林翼求情於官文固然起了作用，但主要還歸功於肅順大力相助。肅順得悉要嚴懲左的詔旨，即告知幕賓高心夔，高轉告王運、郭嵩燾，王求教於肅順，肅答以“必侯內外臣工有疏保薦，餘方能啟齒”。郭乃策動潘祖萌上疏，肅即趁機言左在湖南“讚畫軍謀，迭著成效，駱秉章之功皆其功也，人才難得，自當愛惜。請再密寄官文，錄中外保薦各疏，令其察酌情形辦理”。這樣，官文自然不能不見風使舵。這件事不僅證明，肅順主動討好湘軍集團，並且力圖通過郭、王等人，與湘軍集團建立某種合作關係，而且，也生動反映肅順和文慶一樣主張重用湘軍集團，比墨守成規的祁雋藻、彭蘊章等高出一籌。
鹹豐十年（1860年）閏二月，鹹豐帝任命劉長佑為廣西巡撫，正是這一轉變的先兆。三四月間，當江南大營徹底崩潰，蘇南正在瓦解的消息傳到北京時，人們感到問題十分嚴重，議論紛紛。早在道光末年就與曾國藩建立友誼的莫友芝，“與二三名流議江督非公（即曾國藩）不可，而其時君者為尚書肅順，適湖口高心夔館其家，遂往商焉。高白於肅順，肅然之。翌日徑直至高館，握手曰事成焉”，四月，即宣布任命曾國藩署理兩江總督。曾為湘軍創建者，也是鹹豐帝最不信任的人。他能否出任督撫、兼掌軍政兩權，就成了湘軍集團與滿族貴族的關係能否進入新階段的關鍵。肅順乘時進言破關，其他人就不難繼曾而出任督撫。這就是說，滿族貴族終於拋棄舊的方針，而采用新的方針，即由使用、限製，改為全麵依靠。事實也證明了這一轉變。六月，肅順不僅實授曾為兩江總督，且加以欽差大臣重任，此後對曾國藩的下屬又多有任命。這顯然是向曾國藩伸出了結交之手，他所給予湘軍集團的實權利益也是前所未有的。盡管曾國藩對此早已垂涎而求之不得，但卻始終不動聲色，隻是心照不宣地依靠名士、朋友與肅順間接往來。後來慈禧以政變形式處決肅順，想要進一步清除其黨羽時，自然沒有任何有關曾國藩的把柄。