道光帝的第六子，即後來封為恭親王的奕雖然沒有繼承皇位，但在鹹豐、同治、光緒三朝發揮了他人無可替代的作用。奕生於道光十二年（1833年），比生於嘉慶十六年（1811年）的曾國藩小22歲。在鹹豐末年至同治時期，奕是清廷各項大政的主要決策者之一。曾國藩於鹹豐二年離京，一別14年。兩人從年齡、所處地理位置等方麵都有很大差距，如果不是曆史的巨變，他們之間很可能終生都不會打交道。但喜歡捉弄人的曆史偏偏讓這兩個重量級人物在許多重大問題上發生難以割舍的關係。鹹豐末年，由於肅順鼎力相薦，清廷開始考慮把鎮壓太平天國的任務交給曾國藩等湘軍首領。但曾國藩有湖南人特有的機警，對肅順的重用沒有任何表示，以至慈禧、奕發動政變、查抄肅順家產時，發現了許多朝野文武大臣與肅順交往的信件，但沒有發現曾國藩寫給肅順的一字一言，以至於慈禧發出“曾國藩乃忠臣”的讚歎。
政變18天後，奕請兩宮皇太後正式委任兩江總督曾國藩節製江南四省軍務，將江南軍務委之於曾國藩，這是鹹豐十年就決定了的事。現在奕明確將江南四省軍務委之於曾國藩，是要表示新政權對於曾氏的信任，比之肅順時代將有過之而無不及。人稱肅順推重“湘賢”，此事不假。但肅順當政時，同時也設江南、江北大營以與湘軍分功。奕當政後，不再重建江南、江北大營，而令曾國藩節製四省軍務，這說明他承認正規的八旗、綠營軍已不堪大用，看到了漢族地主武裝中蘊藏著的巨大潛力，決心將它發掘出來。
之所以令曾國藩節製江南四省軍務，還在於奕認識到中南戰場的嚴重性。在那裏，太平軍占據著江北重鎮廬州，並與撚軍張樂行部、苗沛霖部協同作戰。在江南，太平軍正謀求向財賦之區的蘇浙發展，早已占領蘇州、常州；並新克名城嚴州、紹興、寧波和杭州；上海附近的吳淞口和鬆江等地也警報頻傳。因此，盡管於鹹豐帝大喪期間湘軍占領了長江中遊的安慶，但形勢仍不能掉以輕心，前敵各軍必須統籌兼顧，改變以往不相統屬、互不救援的積習。令曾國藩節製四省軍務，就是授以前敵指揮大權。
同治初的另一重要變化是，朝廷放手讓湘軍將帥出任地方長官的同時，給曾國藩等人極大的軍事便宜處置權。過去將帥有所行動要連日奏報，聽從朝旨。同治元年正月十二日（2月10日），朝廷向前敵將帥表達兩宮皇太後及皇帝的關注，寄諭說，兩宮皇太後“日與議政王軍機大臣籌商軍務，每於該大臣等奏報到時，詳加披覽，一切規劃，輒深嘉許，言聽計從”，要求各將帥要及時將有裨軍務的“勝算老謀”奏報朝廷，以此表示新政權密切關注著前方戰場的動向，並給將帥們以必要的信賴感。
但是這期間，曾國藩卻連篇累牘地請求收回節製四省軍務的成命，說“權位太重，恐開爭權競勢之風，並防他日外重內輕之漸”。曾國藩是理學家，又熟諳清代掌故，他知道愛新覺羅皇朝對漢族官員一直是限製使用的，以往漢官雖可任巡撫，可任總督，但身兼四省軍務者還沒有過。“權重足以賈禍”，他對此不但深刻理解，而且有過切膚之痛。
現在曾國藩有顧慮是可以理解的。但奕清楚，政變後啟用祁雋藻、翁心存和彭蘊章，隻是借用他們的聲望，並未付以實權，沒讓他們回軍機處，真正依靠的是漢臣以及漢族地主武裝，實行的是沒有肅順的肅順政策。這個政策底數應該交給曾國藩，對他表示朝廷破例倚重的意思，使其感恩圖報。奕特地請兩宮皇太後鈴發上諭慰勉說：“若非曾國藩之佃忱真摯，亦豈能輕假事權？”“望以軍務為重，力圖征剿，以拯生民於水火”，不許曾國藩再辭。
曾國藩這才“勉強”接受了四省兵權，但同時趕緊表示，今後要更加努力盡忠報國，每隔十日以奏折彙報一次，以免“朝廷魔念”“誠惶誠恐”之態溢於言表。