對於“耐”字的妙用，曾國藩則有深刻全麵的體會。作為一位身在官場的讀書人，曾國藩不可避免地會遇到大量不想做、不願做、不屑做、但卻不得不做之事，官場的繁瑣應酬與扯皮因循常令他厭煩，曾國藩曾與這種官場習氣做過針鋒相對地鬥爭。但事實證明，這種習氣絕不是幾個人所能改變的。幾經挫折的曾國藩逐漸從中悟出了官場生存之道，那就是一個“耐”字。
任京官時，曾國藩盡管還未在實踐上養成高深的“耐”字功夫，但十年的京官生活，卻也使好學深思的他在理論上形成一番對“耐”的高見。
曾國藩將“耐”分為“耐冷”“耐苦”“耐勞”“耐閑”四個方麵，分的細致全麵。曾國藩對“耐”字的深刻理解，是在長期的從政、治學生涯中獲取的。曾國藩之所以極力強調“耐”在治軍、從政、為官領域中的作用，是因為他認識到軍事、政事都是極為繁瑣細碎、直接具體的。好高騖遠、誌大才疏的人往往不耐煩，易輕率，愛放言高論，不慣細致躬行，尤其是在事機棘手之際，往往更是沉不住氣，因而往往壞事。
曾國藩正是從繁巨和艱難的軍事、政治鬥爭中磨練出其“耐”性及對“耐”字的深刻認識。
在與太平軍的軍事鬥爭中，曾國藩常常占不到便宜，尤其在初期，幾乎屢戰屢敗。靖港之敗、湖口之敗中，曾國藩情急之下，皆欲投水自盡，都被部下所救。江西受困、祁門遭圍時，曾國藩心膽俱碎，魂夢屢驚，以至寫下遺囑。但他都頑強地咬牙挺了過來，迎來了轉機。曾國藩所以能夠如此，正在於他那咬牙堅挺的“耐”性。
曾國藩還以自己的親身經曆和感受告誡正處於戰事棘手之際的曾國荃，身處逆境時，不必怨天尤人，那不是好漢的做法，真正的好漢是牙齒被打落了也不吭一聲，和血吞之，要咬牙忍耐，徐圖自強，去迎接對自己有利的轉機。
同治四年（1865年），曾國藩奉命剿撚，針對撚軍以騎兵為主、行動迅捷的特點和僧格林沁追剿敗亡教訓，曾國藩逐步確立了“河防”的戰略。次年六月十四日，曾國藩在徐州與劉銘傳商定了“河防大計”，計劃利用自然河道把撚軍的活動限製在一定範圍之內，進行分段防剿，進而消滅。具體內容是把他的部隊與地方勢力配合，分守黃河、運河、沙河與賈魯河、淮河，把撚軍困於黃淮之間的狹窄地帶，加以殲滅。運河防務，由他與漕運總督吳棠、山東巡撫閻敬銘分守；潘鼎新、劉秉章兩軍相配合；黃河的防務，則由直隸總督劉長佑、山東巡撫閻敬銘分守；西線的沙河、賈魯河防務，曾國藩調集鮑超、劉鬆山、張詩日、劉秉章、楊鼎勳五軍，配合河南巡撫李鶴年一同防守；沙河、準河一線則調劉銘傳、張樹珊與豫、皖地方軍隊配合防守。
六月中旬，張宗禹一部在河南西華、上蔡與湘軍劉鬆山、張詩日兩軍相遇。雙方激戰7日，撚軍損失約6000人，這是自曾國藩率軍北上以來的第一次大仗。曾國藩十分高興，打算利用“河防”之策調集人馬，把撚軍殲滅在賈魯河以西、沙河以南地區。但由於湘淮各軍分兵防守，戰線太長，一時間很難集中，張宗禹、賴文光、任化邦、牛宏升四軍已往河南許州、禹州一帶會合。撚軍看破了曾國藩的陰謀，於八月十六日夜間對河南撫標營發動攻擊，很快突破防線，於開封城內越過壕防東去，進入山東。
一些人認為曾國藩放棄了“河防大計”，改用追擊堵截戰術了，也就認為“河防”之策宣告大敗。於是朝野內外又開始對曾國藩不滿，他的敵對勢力則借故大肆攻擊。禦史阿淩阿等多人上疏彈劾曾國藩“剿撚”無方，要求撤去曾國藩的兩江總督之職，收回欽差大臣之命，清政府也深怪曾國藩與撚軍作戰一年有餘，未見實效，也連發上諭，嚴厲斥責。
麵對皇帝的嚴責，曾國藩隻得以身體欠佳為由，上疏太後、皇上，請開缺辦大學士、兩江總督，另派欽差大臣接辦軍務，而自己並不準備離開戰場，仍要以“散員”身份留在大營內，協助辦理事務。然而，由於各方麵的原因，他終於沒能留在軍營，仍以全盤失敗的結果回任兩江。
他的學生李鴻章接任後，一開始也對其“河防”政策不以為然，輕兵四出，結果部下郭鬆林、張樹珊、劉銘傳、彭毓橘等大將接連遭敗，張、彭戰死，對李鴻章產生了極大震動，使他認識到老師策略的正確。此後，李鴻章拒絕任何建議，頂住輿論壓力，堅持“河防之策”，把撚軍困在黃河、運河、大海之間的狹窄地帶，使其馬隊無法施展特長。賴文光、任化邦的東撚軍首先被殲；張宗禹領導的西撚軍還軍東救，也被阻於黃河、運河、徒駭河之間，為清軍殲滅。