撚軍的最終失敗，仍敗於曾國藩製定的“河防大計”。曾國藩知道自己的失敗不在於剿撚的戰略失誤，而是另有原因。其中主要是清政府不願把剿撚之功再授予這位已撲滅了太平天國的大功臣，以免功勞太高，將來難以駕馭。事後，曾國藩總結失敗的教訓時，也承認自己仍有“不耐煩”之處，其中主要是指沒有處理好與河南地方大員的利益關係。在讀書治學上，曾國藩也有一“耐字訣”，即要以字句為基礎，不弄明白絕不罷休，切忌好高騖遠，以速取勝。
曾國藩認為，學問來自於一點一滴的積累，不可速求：“求速效必助長，非徒無益，而又害之。隻要日積月累，如愚公之移山，終久必有豁然貫通之候；愈欲速則錮蔽矣。”
曾國藩的“耐”字中有“困知勉行”，努力發奮的意思，隻要能熬得住，打得通，便是好漢，便是成功。同治五年（1866年）正月，他在給正在練字的兒子紀鴻的信中說：
“爾不可求名太驟，求效太捷也……困時切莫間斷，熬過此關，便可少進。再造再困，再熬再奮，自有亨通精進之日。不特習字，凡事皆有極困極難之時，打得通的，便是好漢。”
有人看書總是貪多求快，今天拿本書來亂翻幾頁，明天又翻開一本書瀏覽幾行，結果功夫花了不少，知識卻學得零零碎碎、不成係統，這也是缺乏“耐”心的表現。
曾國藩的治學“耐字訣”還可有一形象的比喻。他說：
“子思、朱子言為學譬如熬肉，先須用猛火煮，然後用慢火溫。”這裏的“熬肉”、“慢火溫”都是耐字功夫。對於誌向遠大、心浮氣躁、抱有極強的救世使命感的人來說，現實世界中充滿了太多的黑暗和不如意。他想去改變，想去拯救，但書生的意氣又使他在許多方麵與這個世界格格不入，誌大才疏的他不僅難行救世之誌，別人不買他的賬，他自己卻氣憤難平，結果言語行事更走極端。這當然更不能改變他與周圍社會的關係，自己的救世之誌更加難以實現。
受重用署理兩江。
正當曾國藩全力圍攻安慶的時候，天京戰局發生了重大變化。拜上帝會的最早成員之一、洪秀全的族弟洪仁玕從香港輾轉來到天京。洪秀全此時正感到身邊無人，洪仁玕的到來令他萬分高興，遂封之為幹王，總理朝政。1860年初，為解天京之圍，忠王李秀成、英王陳玉成等太平軍將領策劃了一場大的軍事行動。李秀成率兵由蘇南入浙，大兵猛壓杭州。浙江巡撫羅遵殿慌忙向江南大營統帥和春求援。和春派總兵張玉良帶兵二萬，由江寧趕赴救杭州。張玉良剛走到半路，李秀成突然率兵北上，猛撲江南大營。此時，陳玉成也率兵強渡長江，兩軍會合。數日之內，連破江南大營外圍要地，將江南大營緊緊包圍起來。和春、張國梁拚死抵抗。九晝夜的激戰過後，江南大營徹底瓦解。和春、張國梁倉皇逃出，太平軍乘勝追擊，接連攻下蘇州、常州。和春自縊，張國粱落水而死，江蘇巡撫徐有任自殺，兩江總督與其他江蘇官員逃往上海，一時形成了樹倒猢猻散的局麵。江南七萬綠營全軍覆沒，清政府在南方的綠營武裝已基本瓦解，再也沒有力量組織對天京的包圍了。
江南大營的覆滅對清政府來說是個沉重的打擊，讓湘勇出力、綠營兵坐收漁利的想法徹底破滅。從此，隻得一心一意依靠湘軍剿滅太平天國了。
這樣的消息對清政府來說，幾乎是晴天霹靂，但對曾國藩來說，這無異於“天助我也”。他和幕府得知這一消息後，欣喜萬分，左宗棠、李鴻章、胡林翼等人無不倍感歡欣鼓舞，認為自己的出頭之日已到。
事實證明也是如此，原兩江總督何桂清逃走之後，鹹豐一怒之下將其革職，後來由肅順推薦了曾國藩。鹹豐皇帝下詔令曾國藩為兩江總督，速往江蘇署理兩江事務。肅順精明幹練，魄力宏大，敢於重用漢人。他認為要想剿滅太平天國，就必須依靠胡曾這幫漢人，所以無論是曾國藩，還是胡林翼、駱秉章等漢人，他們之所以能夠得到皇上重用，都與肅順的極力保薦分不開。曾國藩第一次墨絰出山就曾深得肅順的推薦，現在又仰仗他登上兩江總督的寶座，這對於苦於得不到撫督大權而苦惱的曾國藩來說，真可謂是莫大的恩典。因此，曾國藩從心底感激肅順。然而，一向以老成持重著稱的曾國藩並沒有因一時的衝動與肅順有任何私下聯係。後來慈禧太後發動宮廷政變，處死肅順時，從肅順家中搜出許多阿諛追隨的信件，其中獨獨沒有曾國藩的，這使慈禧大為感歎。因此，曾國藩在慈禧掌權時期，仍能得以重任。