就在曾國藩總理兩江不久，胡林翼又上奏皇上，保奏左宗棠。
左宗棠本來在湖南巡撫駱秉章的幕府中充任幕僚，很得駱秉章的信任，駱秉章對他可以說是言聽計從。每次駱秉章的部下向他請示彙報工作時，他總是令其問“左師爺”去。因此，湖南官場對左宗棠是唯命是從，把左宗棠“敬若神明”。左宗棠本來就恃才傲物、狂妄自負，這一來就更加目中無人。有一次，署理湖南提督、永州鎮總兵樊燮（xiè）找駱秉章議事，向駱秉章行完禮後，見左宗棠也在座，於是就向他行了一揖，問了聲“左師爺”好，然後落座。左宗棠見樊燮未向他行跪拜大禮，心中極不高興，厲聲責問樊燮說：“湖南武官，無論大小，見我都要請安，你為何不向我施禮請安？”樊燮也頗惱怒，大聲反駁道：“朝廷體製並未規定武官要向師爺請安，武官雖輕，也不比師爺賤。何況樊某乃朝廷任命的正二品總兵，豈有向一個幕僚請安的道理。”左宗棠一時語塞，勃然大怒，破口大罵，從椅子上跳起來，衝過去將樊燮痛打一頓，幸好被駱秉章拉開。打過樊燮之後，左宗棠還氣憤不過，又以驕倨的罪名將其革職。樊燮一個堂堂二品武職大員的身份竟被一個舉人如此侮辱，如何能忍受？於是他立即上訴於湖廣總督官文，添枝加葉地把左宗棠如何無視朝廷命官、驕橫跋扈、獨斷專行的情形向官文訴說了一遍。官文對左宗棠早就不滿，便趁機向鹹豐帝上了一個折子，將樊燮所說的罪狀羅列了幾條，又給左宗棠戴了一頂“劣幕”的帽子，說他把持湖南為非作歹。
鹹豐看到官文的折子，立即派人前去核查此案，並授權查案人員：倘若真有不法之事，將左宗棠就地處決。胡林翼、駱秉章等人立刻慌了手腳，一邊出麵保奏，一邊在京城活動，請肅順出頭保薦。肅順說必須有內外大員的保奏，皇上問起時才好說。一時間，保薦左宗棠的奏折雪片般地向鹹豐飛來，以至於有了“國家不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠”這樣的稱讚之辭。肅順也乘機推薦，左宗棠不僅性命得以保全，而且賞給四品卿銜，幫助曾國藩辦理軍務。
得到了夢寐已久的兩江總督的職位，同時又有了胡林翼、左宗棠、李鴻章等人的支持，曾國藩開始站在與太平軍作戰最高統帥的高度，思考以後的用兵計劃。
首先他清醒地意識到，朝廷從江浙入手，通過蘇州、常州包圍天京，從天京下遊進攻的決策是行不通的，要想攻克天京，必須從長江上遊向天京包圍，即繼續執行自己複出時定下的進軍皖中的計劃，拿下安慶，消滅陳玉成的部隊，步步進逼天京。所以他拒絕了清政府讓他率兵攻下蘇州、常州的要求，隻把大營紮在安徽、江西、浙江三省之間的祁門，一心一意圍攻安慶。
安慶自1853年6月為太平軍占領後，是僅次於天京（今南京）的政治、軍事中心，1858年5月九江失陷後，又成為天京上遊唯一的重要屏障，一旦有失，湘軍便可直窺天京。1860年夏，正當太平軍二破清軍江南大營和東征蘇州、常州之際，湘軍統帥曾國藩和湖北巡撫胡林翼統率湘、鄂軍水陸師五萬餘，自湖北大舉入皖，連陷太湖、潛山、石牌（今懷寧），直逼安慶。道員曾國荃率湘軍陸師萬餘人相繼進紮安慶北麵的集賢關，與提督楊載福部湘軍水師四千餘人擔任圍城任務；副都統多隆阿、按察使李續宜率湘鄂軍兩萬人駐紮桐城西南掛車河、青草塥，阻擊太平軍援軍。6月20日，楊載福水師攻陷安慶東路要地樅陽鎮（今樅陽縣），安慶被合圍。
是年秋，曾國荃督軍在安慶城外掘長壕兩道，前壕圍城，後壕拒援。時安慶由受天安葉芸來、謝天義張朝爵率兩萬餘人駐守。太平軍二破清軍江南大營後，天王洪秀全等決定俟東征蘇，即沿長江上取湖北，迫使湘軍回撤以解安慶之圍。9月下旬，洪秀全從江、浙戰場調集兵力，分五路由大江南北並進，其部署為：英王陳玉成率軍從長江北岸西進，經皖北入鄂東；忠王李秀成率軍從長江南岸西進，經皖南、江西入鄂東南；輔王楊輔清、定南主將黃文金率軍沿長江南岸趨贛北；侍王李世賢率軍經皖南入贛東；右軍主將劉官芳率軍攻祁門曾國藩大營。五路中，陳玉成、李秀成為主力，取鉗形攻勢，預定於次年春會師武漢，以調動圍攻安慶之敵，其他三路主要是牽製皖南和江西湘軍，並伺機殲敵。