所以，清政府就采取了兩方麵的措施：一方麵迅速提拔和積極扶植曾國藩部下的湘軍將領，使之與曾國藩地位相近，感情疏遠，漸漸打破其從屬關係；清政府對曾國藩的部將和幕僚，如已經死去的塔齊布、羅澤南、江忠源、胡林翼、李續賓、李續宜和當時尚在的左宗棠、李鴻章、沈葆楨、楊載福、劉長佑等都實行拉攏和扶植政策，使他們漸漸與曾國藩分庭抗禮，甚至互相不和，以便於控製和利用。另一方麵，對於曾國藩的胞弟曾國荃的態度則恰恰相反。1863年5月曾國荃升任浙江巡撫之後，雖仍在雨花台辦理軍務，未去杭州赴任，亦本屬清政府的意旨，照例是可以單折奏事的。曾國藩遂讓曾國荃自己上奏軍情，以便攻陷天京後搶先報功。不料，奏折剛到立遭批駁。清政府以其尚未赴巡撫任為由，不準單折奏事，並聲明以後如有軍務要事，仍報告曾國藩，由曾國藩奏報。曾國藩恐曾國荃心情抑鬱，言詞不遜，在奏折中惹出禍來，特派頗有見識的心腹幕僚趙烈文迅速赴雨花台大營，專門負責草擬章奏谘察事項。
曾國荃攻陷天京後，當天夜裏就上奏報捷，滿心以為會受幾句讚揚，不料又挨當頭一棒。上諭指責曾國荃破城之日晚間，不應立即返回雨花台大營，以致讓千餘太平軍突圍。語氣相當嚴厲。事情發生後，曾國荃部下各將都埋怨趙烈文，以為是他起草的奏折中的不當言詞引起的。趙烈文則認為，這與奏折言詞無關，而完全是清政府節外生枝，有意苛求，否則，杭州城破時陳炳文等十多萬人突圍而去，左宗棠為何不受指責？幸好有人將李秀成捆送蕭營，否則曾國荃更無法下台。
但是，清政府並不就此了結，而是步步進逼，揪住不放。數日之後，清政府又追查天京金銀下落，令曾國藩迅速查清，報明戶部，以備撥用。尤其嚴重的是，上諭中直接點了曾國荃的名，對他提出嚴重警告。上諭說：“曾國藩以儒臣從戎，曆年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名。唯所部諸將，自曾國荃以下，均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。”這無疑是說，曾國藩兄弟如不知禁忌，就難以“永保勳名”“長承恩眷”了。真是寥寥數語，暗伏殺機。
曾國藩具有豐富的政治經驗和曆史知識，熟悉曆代掌故，當然能品出這些話的味道，掂出它的分量。何況，曾國荃確實非常驕傲，以為攻陷天京全是他一人的功勞。後來曾國藩對趙烈文說：“沅浦之攻金陵，幸而成功，皆歸功於己。餘常言：‘汝雖才能，亦須讓一半與天。’彼恒不謂然。”因而，攻陷天京前後，就成為曾國藩思想上最緊張的時期。他心裏很明白，如何處理好同清政府的關係，已成為能否保持其權力和地位的關鍵，而正確認識並擺脫自己目前的這種政治處境，則是他麵臨的迫切問題。
曾國荃在功名事業漸趨全盛的時候，還存有百尺竿頭更進一步的心念，這與曾國藩的憂讒畏譏、常怕盈滿的想法，恰形成強烈的對比。所以曾國藩在寫給曾國荃的信中，要曾國荃時時以此為戒，他自己更是身體力行，切實實踐。他在這些地方看得破，認得清。所以他在一開始就有這種如臨深淵、如履薄冰的戒懼心情了。
他在削平太平天國之亂、湘軍聲威達於極盛之時，毅然以“湘軍作戰年久，暮氣已深”為理由，奏請裁湘軍歸鄉裏，明白表示無挾軍權以自重的態度。至於湘軍的遣散，遠在攻克金陵之前，曾國藩兄弟就曾經有所商討，而非曾國藩個人的最先主張。裁軍最早的動機，當在同治三年正月金陵合圍之後，因為勝利在望，曾國藩此時已開始思考善後問題，這在曾國藩於2月初2日致曾國荃的信中，確已透露。曾國荃則表示速裁全裁，也與其當時鬱憤的心情有關，在曾國藩家書中皆可找到二人裁軍的藍圖與構想。
金陵克複之後，曾國荃堅辭任官，申請回籍休養，所部必須裁撤是自然之理。隻是曾國荃先行回籍，而裁軍之事，則留與曾國藩料理。至此可見，湘軍之裁撤與曾國荃的引退有密切關係。
至於遣散湘軍，從曾國藩這一方麵來考慮，可簡約地做幾點分析。
其一，戰後遣軍，為用兵常規，原為境兵將帥所需考慮。這是根本。
其二，曾國藩既居高位，又建大功獲祟爵，原已憂畏權重，豈可久掌兵權，徒增讒忌。遣散湘軍，正所謂保泰持盈之計。
其三，湘軍合圍金陵，成功在望，反而使神忌鬼瞰，曾氏兄弟實已陷於群疑眾謗之中。功成之後，更要解兵權以釋嫌怨。
其四，金陵城破，湘軍將校飽掠錢財，非常想返鄉置產，鬥誌已懈，銳氣全消，使曾國藩籲嗟於湘軍暮氣之深。此乃亦不得不裁。
其五，湘軍所恃軍餉，主要依靠湘、鄂、皖、粵、蘇五省厘金，軍務完竣，各省紛紛要求裁撒厘局。軍餉無所出，無以維係龐大軍力。