同治三年（1864年）二至七月，左軍連陷杭州、湖州，十月，從杭州起程入閩。同治四年，各路清軍在左的指揮下，於廣東嘉應州絞殺了太平軍全部。
同治五年（1866年）春，左宗棠由粵返閩，當時清廷正在考慮購雇輪船。左致函總理衙門：“就局勢而言，借不如雇，雇不如買，買不如自造。”為加強海防，改變“人操舟而我結筏”“人跨駿而我騎驢”的局麵，他建議先在福州創辦造船廠。九月，他購買二百多畝地為廠營，聘請法國人日意格、得克碑為正副監，著手鐵廠、船槽、船廠、學堂等工程，並向國外購置機器、輪機、大鐵船槽，同時設立“求是堂藝局”（技術學校），以培養造船技術人才和海軍軍官。十月初三，左調任陝甘總督，受命鎮壓撚軍和西北回民起義。他推薦原江西巡撫沈葆楨任“總理船政大臣”，胡雪岩任提調。
同治六年（1867年）春，左宗棠入陝。他采取“剿撚宜急，剿回宜緩”的方針，期以五年，剿平撚回起義。他采取強硬措施，先後收降了董福祥部，攻破了馬化龍部。
同治十一年（1873年），他建立甘肅製造局，製造新式槍炮，並寫信給采運局委員胡雪岩，囑其在上海購置開礦、掘井、開河機器的同時，“留意訪購”織呢機器，準備“以中華所產羊毛，就中華織成呢片，普銷內地”。光緒五年（1879年），由德織呢技師石清勒末采購的機器四千箱裝運來華，由招商局的輪船運到漢口，然後取道陸路運往蘭州。光緒六年，織呢局正式開工，共有機器六十餘架，錠子一千零八十個，投資白銀一百萬餘兩，成為我國第一個用機器生產的紡織廠。
同治十三年（1874年），左宗棠晉升為東閣大學士，並留督陝甘。
正當左宗棠剿滅撚回起義時，新疆局勢日趨嚴重。同治三年（1864年），新疆庫車、伊犁等地相繼爆發反清叛亂，先後在天山南北建立了五個割據政權。中亞浩罕汗國軍官阿古柏乘虛入侵南疆，並於同治六年（1867年）建立“哲得沙爾”國。同治十年，沙俄出兵強占伊犁。
李鴻章為代表的“放棄論”者打著加強“海防”的旗號，提出停兵撤餉、暫罷西征。左宗棠據理力爭，指出“東則海防，西則塞防，二者並重”，先自撤藩籬，“則我退寸，而寇進尺，不獨隴上堪憂，即北路科布多、烏裏雅蘇台等處恐亦未能然。”清廷接受左宗棠的意見，於光緒元年（1875年）任命他為“欽差大臣，督辦新疆軍務”。
用兵新疆，軍餉竭蹶。經左宗棠一再催促，清政府決定從戶部海關稅中撥出二百萬兩，並令各省協餉，而其中大部分，同意左宗棠自籌外債解決。
左宗棠一麵屯田，一麵備戰。“先北後南，緩進速戰”，於1876年收複烏魯木齊，攻占瑪納斯城，結束了北疆之役。
1877年，左軍攻下達阪城，隨後進攻托克遜。阿古柏為部下所殺，“哲得沙爾”偽政權瓦解。
1877年底，清軍發動秋季攻勢，連下庫爾勒、庫車、阿克蘇、烏什等城，最後於1878年初收複和闐。由於成功收複新疆，左宗棠被封為二等侯。
光緒五年（1879年），崇厚屈於壓力和訛詐，擅自與俄訂約，除割去大片領土外，還要賠償五百萬盧布。消息傳來，左宗棠極為憤慨，自請出屯哈密，收複伊犁。光緒六年（1880年）四月，左宗棠率部“輿梓發肅州”，五月進抵哈密。沙俄也增兵伊犁，並派艦船來。清政府為避免衝突，於七月召左回京。光緒七年（1881年）一月，《中俄伊犁條約》在彼得堡簽訂，爭回了部分權益。
左至北京，以大學士任軍機大臣、總理衙門大臣。但其性格脾氣頗為同僚所不容，他自己也以繁瑣刻板的權臣生活為苦。九月，出任兩江總督、南洋通商大臣。
光緒九年（1883年），法國加緊侵略越南，並進逼中國。光緒十年（1884年）七月，法國艦隊襲擊馬尾，福建水師和造船廠毀於一旦。清廷被迫宣戰，並任命左為欽差大臣，督辦福建軍務。光緒十一年七月，左宗棠病逝於福州，在遺折中表示“迄未大伸撻伐，張我國威，遺恨平生，不能瞑目”。
蔣益澧。
蔣益澧，字薌泉，湖南湘鄉人。1853年隨湘軍王鑫部攻陷嶽州，以功敘從九品。後歸屬羅澤南部下，隨克黃梅、廣信、義寧州等地，累擢知縣。1855年，因隨羅澤南回攻鄂南，陷武昌，超擢知府。
1858年，因連克柳州、廣遠，加布政使銜，署廣西按察使。1859年實援按察使，尋遷布政使。不久，太平天國石鎮吉部進逼桂林，蔣益澧以防堵不力被劾，降為道員。嗣後，蔣益澧求功心切，愈戰愈凶，連敗義軍，得以陸續開複原職。