在葬禮上，主持人回顧了方教授不平凡的一生。方教授早年對於中國生物學的教學做出了很多貢獻，不斷引進國外的研究成果，並為中國加入人類基因組計劃貢獻了重要的力量。然而和很多科學家一樣，方教授也在上世紀70年代那個動蕩的歲月中遭遇了嚴酷的批鬥，也曾因為在學潮時保護學生，遭到調查和不公平待遇。當曆史的錯誤不斷被修正，很多人在考慮給方教授更好的職位和科研環境，也許是清貧慣了，方教授一一拒絕，仍就堅持在自己的崗位上。在他去世的前一天晚上，生命最後一刻，手裏仍然握著一支筆。
方教授的書大部分捐給了學校的圖書館，除了書，他還留下了很多筆記。讓路淼意外的是，按照遺囑，這些筆記全都留給了路淼。路淼來的時候並不知道這件事情，他兩手空空，看著好幾箱子的筆記，不知道該怎麼帶回去。還好學長曹秋雪開了私家車，就幫路淼把這些筆記運了回去。
葬禮結束了，因為裝筆記的箱子太多太大，曹秋雪的車上塞得滿滿的，三個人和兩條狗擠在一起，氣氛也隨著葬禮的結束輕鬆了不少，他們就聊了一些開心的事情。曹秋雪還跟路淼分享，他老婆白三姐懷孕了，路淼問學長，都計劃生孩子了，養狗不怕出問題嗎？曹秋雪說沒問題，方教授把這兩條狗調教得特別好。看著這兩個人即將變成幸福的三個人，或者更幸福的五口之家，路淼在想，他和乃安有沒有這樣的運氣？
方教授是什麼用意呢？路淼真希望方教授還活著並親口告訴他。現在解答這個問題，可能隻有從這些筆記中找到答案了。可是這麼多筆記，他不知道何時才能看完。
翻開其中一本，路淼感覺進入了時光機器，想象著十年前方教授寫筆記時的狀態。
方教授的字跡非常工整，剛勁有力。大部分內容都是方教授教學和研究的心得，因為是筆記，其中不免有大量的修改、刪減或者是備注，所以每篇筆記之間都會空出一頁，如果有了新的發現或者新的想法，方教授會在這些空白處進行補充。有的時候寫不完，方教授會寫在別的紙上，再粘上去。幾十年前過去了，筆記的紙張早已泛黃，路淼翻得很小心，生怕一不小心毀掉了這些寶貴的東西。筆記是方教授為自己寫的，路淼讀起來一點也不費勁，似乎方教授就是寫給別人看的。
翻了幾十頁，路淼覺得這些文字足夠集結成冊進行出版。除了對科研工作的總結，路淼還讀到了方教授的一些心得體會，對於科學、曆史、社會以及人文的思考。其中一篇日記，標題是《人和自然》。
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人和自然的關係是一個值得思考的題目。原始時代，人類敬畏自然；掌握了科學技術之後，又嚐試征服自然，可惜的是，很多人連自然是什麼都沒搞清楚。似乎我們太習慣於它的存在，卻很少用嚴謹的態度去定義或者去區分自然，當然，我的見解肯定是有限且淺薄的。
有人認為，自然是人類以外的東西，把森林、海洋、山脈以及動物都歸為自然。從生物學的角度，嚴格來講，我認為自然應該是一個相對的概念。對於一個生命體來說，它以外的都是自然；所以對於人類來說，動物、植物屬於自然；對於其他生物來說，人類也是他們的自然的一部分。我們知道，生命徹底改變了地球，更宏觀的看，應該站在全部地球生命的角度，我認為，除去所有的地球生命，剩下的才是純粹的自然。
人和自然的關係不是簡單的對抗，更多情況下是共生的關係。人類一直被自然所汲養著，但也不需要過於敬畏自然，這會造成前進的障礙。人類應該學習自然，實際上，人類一直在這麼做，文明出現後，還嚐試總結自然的規律。遠古時代，人類就從自然中學會如何利用工具；進入工業時代，人類開始利用自然規律為自己服務。無論是物理、化學，還是音樂、舞蹈，他們都是源自於自然，人類雖然有創造力，這種創造力隻不過是對自然規律的利用罷了。
除了人類，其他的生物也在利用自然規律。看看那豐富多彩的自然世界，每一個物種都有自己神奇之處，無論是那些在人類看來美麗，還是可怕的物種。
跟人類不同，人類利用自然規律，更多情況下是意識引導的主動行為。其他的生物利用自然規律不是這樣的，他們是用千百萬年的進化，實踐著對自然規律的“理解”，最終形成了我們今天看到的樣子。
對於自然規律的利用，無論是人類有意識，還是自然界其他生物的無意識，孰優孰劣，暫時無法回答。大自然本身就是一個天然的實驗室，其中值得人類去學習的太多太多。
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讀完這篇，路淼想起了大學課堂上的情形，方教授的形象仍然曆曆在目。路淼覺得，死神帶走的不僅僅是一個生命，更是人類無價的資產。
從筆記中了解到，方教授不僅對於自己的專業嚴謹認真，對於新事物也持非常歡迎的態度。方教授是國內最早一批接觸計算機的人，一篇筆記中寫道：
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計算機真是一個是神奇的東西，一定會是偉大的發明。生命的進化出現人類，人類進化出獨立意識，這已經很了不起了。人類正因為擁有獨立意識，才能夠思考、總結，最後催生了文明，然而遺憾的是，人類的意識隻能保存在人的大腦中。人類過去用雕刻、繪畫、文字等很多方式試圖保留自己的意識，這些“意識”都是靜止的。計算機不同，計算機在一定程度上模擬了人類的意識，雖然這種模擬顯得很初級，效率也不高，可是未來計算機會發展成什麼樣，又有誰能預言。總之，計算機一定會變得越來越強大，怪不得很多人把計算機叫做電腦。
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路淼看了一下日期，方教授寫這篇筆記的時候，他還沒出生。路淼接觸計算機算晚了，對於那些千禧年之後出生的小朋友，計算機早都失去了神秘的色彩。正是因為平常，他們很少從這個角度思考。方教授關於計算機的話題，應該還寫了不少。路淼放下那一本筆記，從箱子裏麵抽出2000年的一本筆記，翻開來第一篇，剛好是關於計算機的。這篇筆記中，方教授的筆記中寫道：
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計算機的發展太快了，地球上的生命演化了上億年才有了今天，人類對於計算機的研究幾乎每隔幾個月就有新的突破。計算機越做越小，性能越來越強。早年，我認為計算機隻是模仿了人類意識中的一部分，現在來看，當時的計算機隻是繼承了人類的運算能力，各項性能提高之後，計算機能做的不僅僅是計算了。人類之所有產生出意識，擁有了智慧，也是人腦的計算能力在進化中逐漸增長的結果，那計算機未來會不會也像人類一樣擁有意識，會不會也誕生出智慧？