為何善會有“過”或“不及”呢？或者說，惡是怎樣產生的呢？
王陽明的回答是這樣的：“凡應物起念處，皆謂之意。意則有是有非，能知得意之是與非者，則謂之良知。”良知無有不善，這是毫無疑問的。但發出的“意”卻有是有非，所以“惡”是出現在“意”這個環節上。
問題是，正如我們前麵所談到的，意由“心”發，而心之本體是良知。“意”本身也是出自良知，這樣一說，“意”應該也是有善而無惡的。
可為什麼會有“惡意”呢？
王陽明說，問題就在“應物起念處”。“應物”是“心”感於物而動，動時，稍不留意就會“動了氣”，這個氣是習氣，是在社會中耳濡目染來的不良習慣和作風。比如我的心感於饑餓，但習氣會讓我想吃大魚大肉，這就是私欲，和“饑餓吃飯”這天理已背道而馳。
這樣看來，“惡”的出現是在應物之際，是私欲萌動之結果。有人問王陽明：“意有善惡，誠之將何稽？”（“意念有善有惡，這樣該如何考查呢？”）
王陽明用四句教回答他：“無善無惡者心也，有善有惡者意也，知善知惡者良知也，為善去惡者格物也。”
人再問：“意固有善惡乎？”
王陽明回答：“意者心之發，本自有善而無惡。惟動於私欲而後有惡也，惟良知自知之。故學問之要曰致良知。”
意思已很明了：惡既不在於良知之“心體”，亦不在於無善無惡的“物體”。惡沒有本體，隻是由“心”而發之“意”。在應物起念時，才表現出善念、惡念的區別。
而所謂的“私欲”指的就是那些好色、好利、好名之心，這是毋庸置疑的。但王陽明同時也指出，“閑思雜慮”也屬於私欲。
弟子陸澄就很不理解：“好色、好利、好名等心，固是私欲。如閑思雜慮，如何亦謂之私欲？”
王陽明笑道：“畢竟從好色、好利、好名等根上起，自尋其根便見。如汝心中，決知是無有做劫盜的思慮，何也？以汝原無是心也。汝若於貨色名利等心，一切皆如不做劫盜之心一般，都消滅了，光光隻是心之本體，看有甚閑思慮？此便是寂然不動，便是未發之中，便是廓然大公！自然感而遂通，自然發而中節，自然物來順應。”
也就是說，我們平時的“閑思雜慮”並非是閑的、雜的，而是有所指。人在胡思亂想時可能會想好的，也可能會想壞的。人人都會想自己發財，人人也會想自己會碰上倒黴事。這些胡思亂想的背後，其實都是我們對名利的奢望和對我們怕失去的擔憂，它們都屬於非分之想。如果你看淡名利，如果你真看透生死，就不可能在平時胡思亂想。
當然，王陽明之所以說閑思雜念中也屬於私欲，還因為閑思雜慮隻存在於我們腦海中，還沒有被實現。所以我們思慮的善惡、是非，並非如白晝和黑夜那樣容易分辨。我們以為正在對未來憧憬，實際上卻是貪欲。我們以為正在勾勒當一個偉大的人，實際上卻是好名的私欲。在這些真假難辨的閑思雜慮中，很容易會讓良知無法判斷，最終會遮蔽良知。
所以王陽明說，一定要根除閑思雜慮，唯一的辦法就是把那些影響閑思雜慮的私欲給克掉。
因為善惡本是一物，所以有弟子問他“心無惡念時，這個心就空空蕩蕩，是不是再需要存養一個善念”時，王陽明笑道：“既然除掉了惡念，就是善念，也就恢複了心的本體。例如，陽光被烏雲遮擋，當烏雲散去後，陽光又會重現。若惡念已經除掉，而又去存養一個善念，這豈不是在陽光下又添了一盞明燈？”