1602年，禮部的一位官員向當時的萬曆皇帝朱翊鈞控訴李贄，首先是他大逆不道的言論，然後就是李贄不檢點的私生活。據這位官員說，李贄在寺廟中招收女弟子，經常和這些女弟子裸泳。
李贄有女弟子不假，可真不至於達到裸泳的地步。朱翊鈞暴怒，下令緝拿李贄。李贄意料之中地被捕，下錦衣衛獄。審訊官要他交代大逆不道的罪行。李贄冷笑道：“我寫的書很多，而且在民間流傳，這些書的內容對國家，對真正的儒教有益無損，你們可去查。”
審訊官也冷笑，說：“和尚，你還不知你已大難臨頭？”
李贄望著陰森森的監獄，笑了笑，說：“今年不死，明年不死，年年等死。”
審訊官發現了他的頑固，以後就拒絕審問了。而李贄在監獄中有足夠的時間開始思考他的“天下第一好死”。
在獄中三月後的某一天，李贄要守衛給他拿來剃刀，他要剃頭。剃刀拿來，李贄趁看守不防備，一把奪過其手中的剃刀，用盡渾身力氣向喉管上切了進去，然後猛地拔出，一股鮮血噴射而出，黑暗的監獄中出現一道鮮紅的彩虹。
李贄倚著牆慢慢地坐了下去，鮮血染紅了他的前胸，開始向牢房的低窪處緩緩地流淌。看守目瞪口呆許久才反應過來，要跑出去找醫生，李贄拉住他，艱難地搖了搖頭。
看守小聲問：“和尚，痛不痛？”
李贄用手指蘸血寫了兩個字：“不痛。”
看守再問：“為何要自殺？”
李贄再蘸血艱難地寫道：“七十老翁何所求？”
此後，牢房裏再無聲息，隻有血水在地上流淌。李贄去世，享年75歲。
李贄的去世，使生機勃勃的王陽明心學左派戛然而止。李贄之後雖有“東林黨”黨徒信奉心學，但在李贄和他前輩們創造的輝煌麵前，微若螢火，不值一提。我們注意到一個很明顯的事實：自王陽明去世後，心學左派從迅速崛起到李贄之死的銷聲匿跡，明帝國政府對心學左派的態度並不強硬。心學左派唯一遭受的打擊就是張居正廢天下書院，但隨著張居正的去世，書院重開，左派心學家們重新回歸。何心隱的死和李贄的死隻是政府處理的個案，政府從來未對心學左派進行過全麵打擊。
李贄是把王陽明心學推到極致的第一人，也是最後一人。他對當時的道學家掌管天下思想的肮髒醜態進行了激烈的批駁，他希望國家和政府應該像大海一樣“不留死屍”，像龍門一樣“不點破額”（皆為裁汰冗員之意），如此，才能“一代比一代高”。王陽明在發現個人價值時主張“我”時還有些扭扭捏捏，但李贄主張“我”時就是毫無顧忌的赤裸裸，他就是上帝，就是人類的最終裁判，“顛倒了千萬世之是非”。
李贄讓平民階層覺醒的速度加快，質量提高，甚至影響到了高級知識分子階層。最被我們所知的明末“東林黨”已過分地強調自己，而和國家針鋒相對。這正是心學左派的思想：身為本，天下國家為末。萬曆中期的首輔王錫爵曾質問過東林黨領導人顧憲成：“為什麼朝廷說是，民間（在野的東林黨）就必說非。”顧憲成反問：“為什麼民間說是，朝廷就必說非？”
朝廷和民間在思想上已形成尖銳的對立，明帝國的覆亡指日可待了。
從王陽明去世的1529年到李贄去世的1602年，73年時間是王陽明心學左派的璀璨時代，之後，隨著明帝國的滅亡，滿清統治中國，王陽明心學被徹底掃蕩和鎮壓，從此銷聲匿跡了好久好久。
然而，人人都知道，王陽明心學思想是壓製不住的，它必然卷土重來。
四、心學在清朝
1644年，清帝國繼承了明帝國的遺產，統治中國。有些人在總結明朝滅亡的教訓時發現，明帝國政府在統一思想上做得很差勁，對百姓的思想控製太寬鬆。所以明帝國後期層出不窮的民變，除了天災外，一個最重要的原因就是，王陽明心學的泛濫，也就是心學洪流讓底層民眾過分覺醒，讓他們有理由去爭取獨立和平等。清朝統治者認為，王陽明心學是洪水猛獸，必須嚴厲禁止；朱熹理學最適合治國，必須高調提倡。
當然，清朝統治者們禁止的是王陽明心學左派，對於已經趨向於朱熹理學的右派，他們不太禁止但也不支持。這似乎給了王陽明心學滿血複活的機會，一批心學大師站到了清朝思想聖壇上。他們是孫奇逢、李顒、毛奇齡。確切地說，他們是王陽明心學的修正主義者。
孫奇逢在明帝國就是名聲大振的人物，他曾營救過被權監魏忠賢陷害的忠義之士，也曾帶領全族抵抗過清軍，明亡後，他帶領弟子隱居深山，講學不輟。清政府多次請他出山，都被他以“逃跑”的形式拒絕，後來在河南輝縣的蘇門山終老，他活得幾乎過了頭，享年九十二。