佛舍利神奇奧妙、疑案又發生在紫禁城慈寧宮裏，令勝人神往、又成為勝人難以破解之謎。
佛舍利的科學含義是什麼呢？據文獻記載：舍利為梵語SZYIYZ的音譯，又譯“設列羅”，意為“身骨”，指死者火葬後殘餘骨燼。通常指釋迦牟尼火葬後，遺留下來的一種固體物。如佛舍利子、佛牙舍利、佛指舍利。佛教經典中舍利有兩類：一為法身舍利，即釋迦牟尼所說的佛教經典。二為生身舍利，既釋迦牟尼火葬後，遺留下來的固體物。這一類舍利又可分為三種，按照（法苑珠林）的說法：一是骨舍利，白色；二是發舍利：黑色；三是肉舍利，紅色。但皆因圓明皎潔，堅固不碎，迥非世間珠寶可比。此外，菩薩、羅漢等也有舍利。惟其堅固程度不同。
敬仰和安奉舍利，是從釋迦牟尼的舍利開始的。釋迦牟尼火葬後，摩揭陀國王阿闔世王等七個國王，分別派遣使者到火葬地拘屍那城，向當地的末羅要求分給佛舍利。最初末羅人不肯分給，經盧那調解，才將佛舍利平分給八王。各國分到舍利後，回國建塔安奉並定期舉行紀念會。徒盧那將原來裝舍利的空瓶帶回去，建立了一個瓶塔。最後遲到的孔雀王分不到舍利，隻好將釋迦牟尼火葬後留下的炭和骨灰帶回去，也建塔安奉。因而釋迦牟尼的舍利被分為十處：（一）摩揭陀王，阿闔世王；（二）毗會離國，戾車毗族；（三）迦毗羅國釋迦族；（四）阿勒伽波，跋離族；（五）羅摩邑，拘利耶族；（六）毗塔底波邑，波羅門；（七）波婆邑，未羅族；（八）拘屍那羅市，末羅族；（九）蓽芭莉邑，孔雀族；（十）香姓波羅門，徒盧那。以上分舍利造塔安奉大事，原出巴利語之《涅經》，漢譯佛經中也有記載。所謂：“八王起八塔，金瓶及灰炭；如是閻浮提，始起於十塔。”
到公元前三世紀，阿育王弘揚佛教，並發掘“八王”修建的佛骨舍利塔，取出舍利，重建新塔安奉。從而增加了對佛骨舍利的崇敬。阿育王將所得舍利，分別盛入84000個寶函，進一步擴大了佛舍利的安奉範圍。阿育王弘揚佛教，造84000個塔供養舍利，在中國的有17所。今據《法苑珠林》列名如下：（1）西晉會稽鄖縣塔。（2）東晉金陵長幹塔。（3）石趙青州東城塔。（4）姚秦河東蒲板塔。（5）周岐州岐山南塔。（即法門寺塔）（6）周瓜州城東人塔。（7）周沙州城人大乘寺塔。（8）周洛州故都西塔。（9）周涼洲姑臧故塔。（10）周甘州長刪丹縣故塔。（11）周晉州霍山南塔。（12）齊代州城內大乘寺塔。（13）隋益州福感寺塔。（14）隋懷州妙樂寺塔。（15）隋並州淨明寺產塔。（16）隋並州榆社縣塔。（17）隋魏州臨黃縣塔。
1981年11月27日上午，北京房山縣文化科及雲居寺文物保管所人員在雷音洞內清理地麵，見佛座後邊地下五公分處有一方石，不覺有些詫異掀開方石，下有一穴，穴中有一石函。此時現場還有中國社會科學院世界宗教研究所專家。人們想到了史書上關於石經山藏有佛舍利的記載，於是小心往外拔取。經過緊張勞碌，上午12時15分，五重封函全部取出。佛舍利藏於內函中，共兩顆，黍粒般大小，米黃色，為肉舍利。現場拍照後，封函及佛舍利被北京市文物局送往北京保藏，隨後，佛教文物專家逐一打開封函，進行了反複研究。時過5年零5個月，1987年4月28日，北京市政府舉行中外記者新聞發布會宣布了這一重大發現。次日，各大報刊紛紛報道新聞發布會的情況及佛舍利發現的經過。
外函漢白玉大石函。長寬各49厘米。通高50.8厘米，此函為明增製。函蓋刻有172字銘文。
次函為青石函。長寬各30厘米，通高24厘米。內原有四五升靈骨，1981年發函時未見，看來是讓明人取出了。
三函為漢白玉石函。長寬各13.2厘米，通高13厘米。屬明人增製。
四函為鍍金銀函。長立各3.85厘米，高5厘米。頂部有蓮花，四坡中部飾蓮花，兩側為忍冬草花紋。函體四麵有線刻青龍、白虎、朱雀、玄武四靈圖案。周邊飾蓮花及忍冬草，鏨工極精。內藏木質彩繪香珠1顆，珍珠11顆。此函為隋佛舍利二函。被明人鍍金文飾了。函內的木珍、珍珠等物，均為明人安放。
佛舍利內函為一白玉函，長寬各1.2厘米，高1.7厘米，為明人增製。內有兩顆米黃色黍粒般大小的肉舍利及兩顆珍珠。
顯而易見，1981年發現的佛舍利“兩顆”與原隋佛舍利外函青石函字銘文記載“內安置佛舍利三粒”不相符合，少一粒佛舍利而多出顆珍珠，於是就成了樁令人費解的疑案。