正當清軍集中兵力會攻襄陽白巾軍時，四川達縣徐天德率眾數千人，於九月十五日起義於亭子鋪；東鄉（今宣漢）冷天祿、王三槐起義於蓮池溝，巴州（今巴中）羅其清、通江冉文儔等先後響應，共有義軍十餘支，各有眾數千，“概以白巾裹首”，分別占據山區險要，築壘防守。署四川總督英善及成都將軍勒禮善率兵進擊東鄉，在娘娘廟老營灣兩次受挫被殲數千，此時白巾軍已遍布川東、川北。清軍兵力既少，兩次被殲後士氣又極低。但白巾軍既未能相互聯合，又未能擴張戰果，仍分散守寨，各自為戰。四川形勢未有更大發展。
襄陽白巾軍先在陳家河（襄陽北）以伏擊戰擊敗追擊清軍，後又擊敗河南巡撫景安所率4000人清軍於魏家集（今鄧縣南），迫其退守南陽。嘉慶帝將永保治罪，改令惠齡統一指揮各軍。二年正月，湖南苗疆暫時平定，鎮壓苗民起義之清軍萬餘人，轉用於進攻白巾軍，徐天德、王三槐部在金峨寺、香爐坪一帶，遭清軍重兵圍攻，損失嚴重，僅餘2000餘人。襄陽白巾軍在清軍圍攻下，亦損失甚重；遂改據守寨壘及硬拚戰法為流動遊擊戰法，分三路經河南、陝西向四川作戰略性轉移。沿途“不迎戰，不走平原，唯數百為群，忽分忽合，忽南忽北”，伺機以伏擊、突襲等戰術，痛擊追擊清軍。途經秦嶺，大批流民加入，隊伍日益壯大，經四月轉戰，六月二十三日到達東鄉，與四川白巾軍徐、王部會師。嘉慶帝切責各統兵大臣，再次更換統帥，命陝西總督宜綿取代惠齡統一指揮各軍。七月間，清軍集中於川東、川北，對白巾軍形成包圍態勢。當地人口稀少，義軍數萬人食糧難以籌集。襄陽白巾軍留一部兵力由李全率領，協同四川白巾軍作戰，主力分兩個梯隊重返湖北。姚之富、王聰兒部為一梯隊，由奉節出川，在白帝城與阻擊清軍激戰3晝夜，進入巴東、歸州（今秭歸）地區，乘虛攻下興山，經保康、南漳向襄陽前進；高均德等部為二梯隊，出川後經當陽、遠安向荊州（今江陵）前進。清軍急調重兵加強荊、襄防務。襄陽白巾軍突然回師房縣、竹山。八月，在鄖西大敗明亮部，殺護軍統領惠倫及豐伸布。爾後北進陝西。九月，李全部亦至安康。
襄陽白巾軍回師荊襄，調動清軍主力集中於湖北，四川白巾軍壓力遂減輕。大批群眾加入四川義軍，攻占巴州、達州地區許多城鎮，聲勢複振。十一月，襄陽白巾軍翻越大巴山，再度進入川北。俟清軍集中至通江、太平一帶時，再返陝西。清軍堵、追均無成效，陷於被動。嘉慶帝第三次易帥，命湖廣總督勒保統一指揮各軍。三年二月，襄陽白巾軍姚之富部進攻郡縣（今眉縣）不克，李全部經盞厔（今周至）進*西安，在焦家鎮與總兵王文雄部激戰失利。兩部遂分路向湖北轉進。三月，姚之富部在山陽之石河鋪、寬坪等處連遭挫折，至三岔河（今陝西鎮安東南與鄖西交界處）被清軍及鄉勇包圍。激戰終日，轉戰至鄖西之卻花坡，矢盡援絕，突圍未成，全軍覆沒，姚之富、王聰兒跳崖自殺。李全、高均德兩部在兩河關（今旬陽西北）、茅坪（今洋縣北）等地亦屢次失利，遂西進鳳縣，經略陽、寧羌（今寧強）入川，五月至儀隴，與羅其清、冉文儔部會合。白巾軍全部入川，清廷集中5萬兵力，三路進擊。在川白巾軍，仍多依險築壘，固守硬拚，遭很大損失。羅其清、冉文儔先後被殺，王三槐被誘俘，僅冷天祿等數部，轉移至梁山、忠州及川東地區。四年初，嘉慶帝親政，總結三年戰爭教訓，在政治、軍事上進行調整：撤換作戰不力的惠齡、宜綿、景安、秦承恩等領兵大臣；任勒保為經略大臣，統一指揮川、陝、楚、豫、甘五省軍隊；大力推行鄉勇、團練，保甲製度，築堡團守，堅壁清野，同時采用“剿撫並用”方針，宣傳“若能悔罪投誠”，“不咎既往”。白巾軍亦接受三年戰爭教訓，放棄固守寨壘戰術，改用分散出擊與流動作戰相結合的戰術，開始分路向川西、甘南及陝、楚作大範圍的往返流動，以便於保存自己、籌集軍糧、擴充人員、爭取主動及伺機殲敵。白巾軍的多路流動作戰，在一定程度上取得了主動，部隊日益壯大，清統兵大臣福寧上奏：“賊以脅從而日增……新起之賊實多於剿除之數”；清軍疲於奔命，大量減員。清領兵大臣明亮上奏：“臣自去秋至今，日夜追賊，往返五省，所領兵3000……僅存幹餘”。嘉慶帝於七月再次更換統帥，將上任僅半年之勒保“逮問治罪”，八月改任額勒登保為經略大臣。額勒登保任經略後，采取“驅各路之賊*歸川北”，然後“聚而殲旃”的作戰方針，同時大力推行團練、寨堡及堅壁清野政策。九十月間，張漢朝戰死、高均德被俘，徐天德部略有斬獲，唯冉文儔之侄冉天元一年來多次擊敗清軍，部隊又發展至萬餘人，活動於大竹地區。十二月間，川北各部白巾軍北進陝南，一部由略陽強渡嘉陵江進入甘肅秦州、鞏昌地區。清軍主力尾隨白巾軍進入甘陝，冉天元乘虛趨定遠，於五年正月十五元宵節搶渡嘉陵江進入川西，進攻蓬溪縣城。四川總督魁倫命總兵朱射鬥，率兵3000人馳援，冉天元圍城打援，於十九日在老虎岩以伏擊戰全殲清軍，殺朱射鬥。部隊迅速發展為5萬餘人，聲勢大振。德楞泰急從廣元、昭化南下增援。冉天元再以後退誘敵、設伏聚殲戰術，在江油包圍了清軍溫春、賽衝阿兩部，予以殲滅性打擊。三月，該部在馬蹄崗與清軍激戰三晝夜，德楞泰僅餘親兵數十人，行將就殲，都司羅思舉突率鄉勇來援，冉天元被俘，清軍反敗為勝。冉部萬·餘，由張子聰等率領，南下太和鎮（今射洪），渡過潼河，進入川西富庶地區。成都戒嚴。嘉慶帝逮魁倫入京，令其自殺，重任勒保為四川總督。