活動於甘肅之高天升、馬學理等部白巾軍，由階州（今武都）進入龍安。閏四月，在竹子山口擊敗清軍，殺總兵施縉後再返甘肅；八月間，夜襲陝甘總督長麟於徽縣伏家鎮，殺將軍富成及遊擊台清阿等官兵千餘；九月，進至陝西，在略陽、沔縣（今勉縣），殺總兵劄勒杭阿，在西鄉法寶山殺提督王文雄、副將鮑貴等。
活動於湖北之徐天德、樊人傑等部白巾軍，轉戰鄂西北，六月間在南漳馬家營擊敗明亮部，殺總兵王凱等；十月，在遠安牛鹿坡擊敗追擊清軍，殺總兵李紹祖、參將沈慶春等。
白巾軍雖然仍獲多次作戰勝利，但自身損失很大。自五年夏起，清廷“築寨團練”及“堅壁清野”等措施逐漸生效，使白巾軍在戰略上開始轉入被動，不僅糧源、兵源日漸減少，而且行動經常受阻，難以進行大範圍的流動作戰，而主要在川、陝、楚邊境地區進行出擊及流動。六年正月至七月間，在清軍連續進擊下，各部白巾軍僅剩幹餘或數百、數十人，基本上被限製在南山老林之中。實力較強者，尚有苟文明、樊人傑及蒲景等少數幾部。至七年七月時，此三部亦先後被清軍殲滅。十二月，額勒登保上報嘉慶帝“大功底成，川、陝、楚著名首逆全數肅清”，實際上尚有多部小支白巾軍活動於南山老林進行遊擊作戰。八年二月，清驍將、提督穆克登布深入老林追擊，為少數伏擊戰士格殺。八月，被清廷解散之部分鄉勇，參加白巾軍，不時向老林以外出擊。九月，在西鄉附近擊敗堵擊的清軍，殺副將朱槐。白巾軍在極為艱苦的環境中，又堅持戰鬥1年餘，直至九年九月，最後一位白巾軍首領苟文潤被叛徒殺害，曆時9年的白巾軍（白蓮教）大起義方告結束。以川、楚、陝白巾軍大起義為轉折點，清朝開始由盛世走向衰落。